Christopher McQuarrie nasce a Princeton, nel New Jersey, nel 1968. Frequenta la West Windsor-Plainsboro High School South insieme al regista Bryan Singer, all'attore Ethan Hawke ed il musicista James Murphy. Durante il college accetta un lavoro come assistente in una scuola di Perth, in Australia, per poi viaggiare in autostop per un anno nella parte Ovest del continente. Tornato negli Stati Uniti lavora per alcuni anni in un'agenzia di investigatori privati, per poi tentare l'accesso al New York Police Department. Mentre era nella sua strada per l'accademia di Polizia l'ex compagno di scuola Bryan Singer lo chiama per offrirgli di scrivere il suo primo lungometraggio, Public Access, insieme a Michael Fait Dougan e Singer stesso. Il film vince il Sundance Film Festival del 1993.
Forti del successo ottenuto col primo lungometraggio, tornano a lavorare insieme a I soliti sospetti, uscito nel 1995. Interpretato da Gabriel Byrne, Kevin Spacey e Benicio Del Toro, è un thriller poliziesco nel quale cinque noti criminali vengono convinti a fare un colpo per pagare i loro debiti verso Keyser Soze, leggendario criminale, al quale ognuno di loro aveva fatto un torno in passato. Il film è un successo planetario, vince due Academy Awards - uno a Kevin Spacey per la sua interpretazione di Verbal Kint, ed uno allo stesso McQuarrie, per Miglio Sceneggiatura Originale, ed è tuttora al 25 posto tra i migliori film secondo IMDb. Nel 2006 la sceneggiatura è stata votata al 35esimo posto nella classifica delle 101 Migliori Sceneggiature dalla Writers Guild of America.
McQuarrie ha speso gli anni successivi a riscrivere film per gli studio - tra i quali X-Men per Singer, script poi completata da David Hayter - ed a sviluppare, insieme a Peter Buchman, un adattamento della storia di Alessandro Magno, che doveva essere diretta da Martin Scorsese ed interpretata da Leonardo DiCaprio - i due hanno però scelto di occuparsi di The Aviator e lasciare spazio ad Oliver Stone. Nel 2000 fa il suo debutto alla regia nel thriller Le vie della violenza, da lui anche scritto, interpretato da Ryan Phillippe e Benicio Del Toro e James Caan. In questo film cerca di staccarsi dallo schema solito dei film sul crimine, cercando di ricreare dei personaggi reali non mossi da una loro storia personale, nei quali è difficile immedesimarsi. Il film passa inosservato e non riusce a recuperare i $21 milioni spesi per la realizzazione.
L'insuccesso lo tiene fermo per parecchi anni, nei quali si ritrova a lavorare come script doctor per sceneggiature già in produzione. Riesce a tornare sugli schermi solo nel 2008, di nuovo grazie all'amico di vecchia data Bryan Singer. Questa volta si tratta di Operazione Valchiria, interpretato da Tom Cruise, Kenneth Branagh e Tom Wilkinson. Nel film McQuarrie si occupa sia della sceneggiatura che della produzione. La trama è ispirata al tentato assassinio di Adolf Hitler del 20 Luglio 1944, ad opera del Colonnello von Stauffenberg. In un'intervista McQuarrie si dichiara soddisfatto del risultato del film: il punto chiave della sceneggiatura era, infatti, non tanto mettere in scena l'attentato fallito, quanto mostrare come non tutti i tedeschi, e soprattutto non tutti i militari, fossero d'accordo con Hitler. Non bisogna dimenticare, tra l'altro, che Bryan Singer è di origine ebrea, ed è quindi molto sensibile all'argomento. Il film ottiene critiche miste, per lo più positive, ed ha un buon successo al botteghino.
Dopo Operazione Valchiria si occupa della sceneggiatura di The Tourist insieme a Julian Fellowes e Florian Henckel von Donnersmarck, regista premio Oscar per Le vite degli altri. Il film è un thriller di spionaggio ambientato della Berlino degli anni '80; vi hanno preso parte Johnny Depp, Angelina Jolie e Paul Bettany, e l'uscita nelle sale (USA) è prevista per dicembre 2010. Nello stesso anno crea la serie televisiva Persone sconosciute, per la NBC, dal 10 settembre 2010 in onda su Rai 2, della quale è produttore esecutivo e scrive i 13 episodi della prima serie.
Attualmente sta scrivendo il sequel di X-Men - Le origini: Wolverine, atteso per il 2011, che verrà diretto da David Slade, e di Jack the Giant Killer, prossimo lavoro di Bryan Singer per la Legendary Pictures, di cui verrà iniziata la lavorazione a febbraio 2011. Nel 2011 lo vedremo di nuovo alla regia con The Stanford Prison Experiment, interpretato dalla stella nascente di The Social Network Jesse Eisenberg. In più ha scritto The Monster of Florence, sul mostro di Firenze, progetto che non ha ancora trovato un regista.
1996 Premio Miglior sceneggiatura originale per I soliti sospetti
2015 Candidatura Miglior sceneggiatore per Edge of Tomorrow - Senza domani
2023 Regia, Sceneggiatura, Soggetto, Produzione
2022 Produzione, Sceneggiatura
2018 Regia, Sceneggiatura, Soggetto, Produzione
2017 Sceneggiatura
Il regista Christopher McQuarrie ha condiviso un aggiornamento sul film vietato ai minori che vuole realizzare con Tom Cruise.
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