Joseph Fiennes nasce a Salisbury, Inghilterra, il 27 Maggio del 1970; ultimo di una genia di fratelli impegnati nel campo artistico, dall'attore Ralph Fiennes, alle registe Sophie Fiennes e Martha Fiennes, fino al compositore Magnus Fiennes.
Studia recitazione a Londra prima al Young Vic Theatre e poi, fino al '93, al Guildhall School of Music and Drama. Per due stagioni entra a far parte della Royal Shakespeare Company e quindi debutta al cinema in una piccola parte in Io ballo da sola (1996) di Bernardo Bertolucci.
Il 1998 è già il suo anno di grazia perché, dopo aver partecipato alla commedia Martha da legare, ottiene due ruoli che gli danno fama mondiale: il conte di Leicester in Elizabeth di Shekhar Kapur e, soprattutto, William Shakespeare da giovane in Shakespeare in Love di John Madden, dove recita accanto a Gwyneth Paltrow. È un successo planetario che fa sì che il volto dell'attore veicoli più di ogni altro il neo-romanticismo shakespeariano di fine millennio, rischiando però allo stesso tempo di limitarne le potenzialità recitative.
Ma Fiennes ha la fortuna e il talento per uscire immediatamente dall'angolo interpretando il bifronte Riply/Esquema de Le due verità (1999). L'uomo che visse due volte del film di Paul Schrader permette all'attore britannico di ribaltare, persino nella sua fisionomia, il romanticismo da "belloccio" in amor fou orrorifico e mostruoso, per una interpretazione sovraccarica e intensa che è a tutt'oggi la migliore della sua carriera.
Negli anni seguenti Fiennes non riuscirà a ottenere parti così complesse né in grandi (e superficiali) produzioni quali Il nemico alle porte (2001), Luther (2003) e Il mercante di Venezia (2004), nuovo capitolo shakespeariano, né nelle contraddittorie prove d'autore di Milčo Mančevski (Dust, 2001) e Chen Kaige (Killing me softly, 2002), per quanto per quest'ultimo l'attore britannico si misuri in un ruolo che estremizza nuovamente le conseguenze degenerative della follia amorosa.
Nel 2006 con The Darwin Awards e Correndo con le forbici in mano si misura sul terreno dell'indie americano, lavorando per l'occasione su esteriorizzanti tic recitativi come richiesto dal tono malinconicamente leggero delle due commedie.
Dopo aver interpretato il carceriere di Nelson Mandela ne Il colore della libertà (2007), recita nel titolo polacco (Spring 1941, 2008) e in quello tedesco (The Red Baron, 2008), non usciti in Italia, a dimostrazione di come, dalla Turchia al Sud Africa, non gli manchi un certo spirito avventuroso nell'imbarcarsi in produzioni eterodosse.
Attore comunque molto dotato, non sembra aver espresso ancora appieno il suo talento, forse vittima a volte di seduzioni eclettiche. Dal 2009 è tra i protagonisti della nuova serie televisiva FlashForward, lanciata a livello mondiale come l'erede di Lost e proprio per questo durata solamente una stagione sulla stessa rete, la ABC; altrettanto sfortunata è Camelot (2011) su Starz in cui è Merlino. Finalmente dal 2012 arrivano le occasioni giuste: è nella seconda stagione della serie antologica American Horror Story: Asylum, nelle vesti dell'ambizioso e corrotto Monsignor Timothy Howard.
Dal 2017 è tra i protagonisti della serie tv The Handmaid's Tale, adattamento HULU di Bruce Miller del romanzo distopico del 1985 Il racconto dell'ancella di Margaret Atwood, in cui è il Comandante Fred Waterford, ruolo grazie al quale viene nominato all'Emmy. Rimarrà fino alla quarta stagione nel 2021. Dal 2026 è Silas Holmes nella serie Prime Video Young Sherlock diretta da Guy Ritchie, dove recita accanto al nipote Hero Fiennes Tiffin, che interpreta il protagonista nato dalla penna di Arthur Conan Doyle ai tempi del collegio.
Dopo una relazione con l'attrice Natalie Mendoza, nel 2009 sposa in Italia, a Barga, con la modella svizzero-iberica Maria Dolores Dieguez e da lei ha due figlie: Sam, nata l'8 marzo 2010, e Isabel, nata il 29 dicembre 2011.
1999 Premio Miglior bacio per Shakespeare in Love
1999 Candidatura Miglior rivelazione maschile per Shakespeare in Love
1999 Premio Miglior performance dell'intero cast per Shakespeare in Love
1999 Candidatura Migliore attore protagonista per Shakespeare in Love
1999 Premio Migliore artista emergente per Elizabeth
1999 Candidatura Scena d'amore più sexy per Shakespeare in Love
2016 Recitazione
2014 Recitazione
2006 Recitazione
2007 Recitazione
L'attore ha affermato di essere stato messo da parte dal produttore, poi condannato per molestie sessuali e caduto in disgrazia.
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