Nato da genitori irlandesi e ferventi cattolici, emigrati a Chicago, Aidan Quinn, dopo aver intrapreso diversi lavori, ha deciso di seguire la via della recitazione, cimentandosi sul palcoscenico del Chicago Theater e in seguito di numerosi teatri di New York. Esordisce al cinema nel 1985 con un ruolo da protagonista in Amare con rabbia di James Foley, dove è un giovane ribelle che intreccia una tormentata relazione con l'affascinante Daryl Hannah.
Grazie anche alla prestanza fisica, si impone in breve nel cinema degli anni Ottanta, prendendo parte ai successi
Cercasi Susan disperatamente, con Madonna, e Mission, con Robert De Niro e Jeremy Irons. Dopo quest'ultimo exploit, viene scelto dalla Paramount per interpretare Gesù nel controverso L'ultima tentazione di Cristo di Martin Scorsese; ma poi, a causa di una serie di problemi, il film passa in mano alla Universal, che ha scelto al suo posto Willem Dafoe. Tuttavia la carriera di Quinn non si arresta, e l'attore è nel cast di altri titoli commerciali del periodo, come la commedia Sorveglianza... speciale e Crusoe, dove impersona il celebre naufrago creato dalla penna di Daniel Defoe.
Nel corso degli anni Novanta, Quinn intensifica la sua attività, prendendo parte a decine di pellicole, tra cui la fantascienza sociologica de Il racconto dell'ancella; l'epopea Avalon di Barry Levinson; il dramma di Hector Babenco Giocando nei campi del signore, dove veste i panni di un missionario; il romantico Playboys - Donnaioli, in cui seduce la bella Robin Wright; lo stralunato Benny & Joon, nel quale è in coppia con un giovanissimo Johnny Depp, e il thriller Occhi nelle tenebre, in cui è un detective che protegge la violoncellista non vedente Madeleine Stowe.
In seguito partecipa a diversi successi commerciali, dove si cala spesso in costumi d'epoca, dalla trasposizione Frankenstein di Mary Shelley di Kenneth Branagh all'affresco familiare Vento di passioni, dove è il fratello di Brad Pitt; dal biografico Michael Collins dell'irlandese Neil Jordan, che lo vorrà anche nel suo successivo In Dreams, all'insolito adattamento Riccardo III - Un uomo, un re di Al Pacino, passando per il mystery Fantasmi, lo spionistico L'incarico, il divertente Amori e incantesimi e il melodrammatico La musica del cuore.
Il nuovo millennio comincia con un premio speciale della giuria al Sundance Film Festival per la sua interpretazione nel melodramma a sfondo musicale Songcatcher, cui seguono i drammi L'ultima estate e Angeli ribelli, quest'ultimo di nuovo ambientato nell'Irlanda del passato. Dopo lo sportivo Bobby Jones - Genio del golf, è coinvolto in alcune produzioni indipendenti, come il dramma Cavedweller di Lisa Cholodenko, il carcerario L'ora della verità, l'impegnato Proud e l'affresco al femminile di Nove vite da donna di Rodrigo García.
Negli ultimi anni Aidan Quinn si è dedicato con costanza anche al mondo del piccolo schermo, recitando nei film tv The Exonerated, con Susan Sarandon e Danny Glover,Empire Falls - Le cascate del cuore, insieme a Paul Newman, e L'ultimo pellerossa, che gli valgono una nomination al premio Emmy; nonché prendendo parte a svariate serie, come Camelot - Squadra emergenza, The Book of Daniel, e Canterbury's Law.
Di recente è stato coinvolto, tra gli altri, nel dramma ambientato in Cina Dark Matter, dove torna al fianco di Meryl Streep, nel grottesco comic-movie Jonah Hex, nel thriller Handsome Harry, nella commedia romantica Flipped e nel thriller psicologico Unknown - Senza identità, dove torna a recitare con Liam Neeson.
2005 Candidatura Migliore attore non protagonista per Cavedweller
2007 Candidatura Miglior attore non protagonista in una miniserie o film TV per L'ultimo pellerossa
2007 Candidatura Miglior attore (Miniserie o film per la tv) per L'ultimo pellerossa
2005 Candidatura Migliore performance dell'intero cast per 9 vite da donna
2010 Recitazione
2010 Recitazione
2011 Recitazione
2005 Recitazione
L'attore affiancherà Maria Bello nel reboot di Prime Suspect e vestirà i panni del suo capo, il comandante Kenny Rowe.
Supercast per l'avventuroso crime movie The Exodus of Charlie Wright, diretto da R. Ellis Frazier. Nel cast anche Luke Goss.
Triangolo sentimentale tra Marcia Gay Harden, Aidan Queen e la bella spagnola Leonor Watling in If I Were You, toccante dramedy girato in Canada.
Il romanzo 'Corro da te, scappo da te' diventa un film. Tra gli interpreti Anthony 'Dottor Green' Edwards, Rebecca De Mornay, Aidan Quinn e Penelope Ann Miller. Dirige Rob Reiner.
L'attore olandese si è aggiunto al cast del pilot di una nuova serie prodotta dalla ABC. Accanto a lui ci saranno anche Aidan Quinn, Piper Perabo e Andie MacDowell.