Fernando Popoli è nato a Vico Equense, ma abita a Ferentino, nella provincia di Frosinone. Dopo aver terminato il liceo classico si è diplomato in Stile e Tecnica della Moda a Napoli, dove ha vissuto sino all'età di ventidue anni. In seguito ha maturato la sua formazione culturale grazieai gruppi intellettuali che frequentavano la libreria Guida e il cineclub Napoli, tra cui vi erano Domenico Rea, Achille Bonito Oliva, Pasquale Squitieri, Franco Muscariello, Gastone De Luca, e numerosi altri.
Alla fine degli anni Sessanta è stato critico cinematografico sul periodico "Cineribaltasport" e collaboratore nella pagina degli spettacoli di "Napoli Notte". Successivamente Popoli ha fondato il teatro d'avanguardia "Da-da", insieme al giornalista, nonché nipote di Edoardo De Filippo, Gastone De Luca, realizzando spettacoli alternativi di cabaret e concerti jazz. È stato, inoltre, assistente alla regia nella Boheme di Puccini al Teatro S. Carlo di Napoli, per la regia di Vittorio Viviani.
Trasferitosi a Roma, dalla fine degli anni Sessanta, ha lavorato come aiuto regista per gli spaghetti-western I giorni dell'ira (1967) di Tonino Valerii, con Giuliano Gemma e Lee Van Cleef, Diecimila dollari per un massacro (1967) di Romolo Guerrieri, con Claudio Volontè e Gianni Garko e Arizona si scatenò e li fece fuori tutti (1970) di Sergio Martino, con George Hilton.
È stato anche aiuto regista per il thriller Duello nel mondo (1967) di Luigi Scattini, con Dominique Boschero, George Harrison e Giacomo Rossi Stuart, per il bellico La battaglia di El Alamain (1968) di Giorgio Ferroni, interpretato da Enrico Maria Salerno e per il poliziottesco Milano trema, la polizia vuole giustizia (1973) di Sergio Martino, con protagonista Luc Merenda.
Fernando Popoli ha inoltre firmato il soggetto e la sceneggiatura di alcune produzioni commerciali degli anni Settanta, come le commedie erotiche Cugini carnali (1974) di Sergio Martino, Il medico... La studentessa (1976) di Silvio Amadio, con la star dell'epoca Gloria Guida, e Professoressa di lingue (1976) di Demofilo Fidani, con la sexy Femi Benussi; nonché il western in coproduzione italo-spagnola La preda e l'avvoltoio (1973) di Rafael Romero Marchent.
Popoli ha collaborato alla stesura di soggetti e sceneggiature non realizzate con Luigi Cozzi per Dario Argento, con Alberto Silvestri, Sauro Scavolini, Umberto Lenzi, e ha scritto soggetti non realizzati per Mario Cecchi Gori, Luciano Martino, Italo Zingarelli, Mino Loy e numerosi altri.
Alla fine degli anni Ottanta ha diretto la stazione televisiva C. R. T. Campania Radiotelevisione S. p. A., in quegli anni una delle più importanti nel centro-sud, dove ha diretto e presentato il programma d'attualità, moda e cultura Ultima Moda, nonché altri special televisivi, e ha diretto il cortometraggio Tre cose solamente m'hanno in grado, sulla vita di Carlo V.
Nel 2002 ha fondato a Ferentino l'associazione culturale Atelier Lumière, che organizza corsi di cinema e cura rassegne cinematografiche. Insieme all'associazione ha realizzato, in qualità di regista e sceneggiatore, numerosi cortometraggi, tra cui: Il metodo perfetto, con protagonisti i pazienti di un centro di salute mentale di Frosinone e Ferentino, premiato come migliore fiction al Primo Concorso di Audiovisivi sulla Salute Mentale "Specchi Rotti e Lanterne Magiche"; Un Uomo di nome Ambrogio, ispirato alla vita del Santo patrono della città di Ferentino, vincitore del Premio Oscar Anoci (Associazione Nazionale Oscar Cinema Indipendente) 2006 per la regia; Dimmelo tu...cos'è? realizzato in collaborazione con gli studenti di Scienze della Comunicazione dell'Università di Cassino; Lulù e Renè, ambientato nel mondo dei barboni; Blàblàblàblà, satira sulla comunicazione sociale, politica e familiare, Okkay!, commedia che racconta in chiave ironica il rapporto tra la seduzione femminile e l'istituzione maschile, pubblicata sulla piattaforma internet:www.revver.com; la satira politica Sono Silvio!, su uno psicopatico che crede di essere un "grande uomo"; Il luogo dei sogni, girato nell'antico teatro romano di Ferentino; Bull, realizzato con alcuni studenti di liceo e dedicato al tema del bullismo.