Dopo il grande successo della prima stagione, torna da stasera L'Allieva, la fiction di Rai 1, coprodotta da Rai Fiction ed Endemol Shine Italy con Alessandra Mastronardi, nei panni della specializzanda in medicina legale Alice Allevi, e Lino Guanciale, nel ruolo del dott. Claudio Conforti, suo affascinante e severissimo mentore. La serie, sei nuove prime serate per la regia di Fabrizio Costa, è tratta dai romanzi best-seller di Alessia Gazzola Le ossa della principessa e Una lunga estate crudele (ed. Longanesi).
In questa stagione Alice è alle prese con un nuovo anno di specializzazione in medicina legale. È cresciuta, ma continua ad avere la testa tra le nuvole e a combinare guai sul lavoro e in amore. Con il suo mentore, il Dottor Claudio Conforti (Lino Guanciale), il rapporto continua a oscillare. I due, inevitabilmente attratti l'uno dall'altra, continuano ad essere molto diversi e ad avere idee opposte sull'amore. A complicare ulteriormente le cose, ci pensa l'arrivo di un nuovo personaggio: il fascinoso PM Sergio Einardi, interpretato da Giorgio Marchesi. Einardi è una vecchia conoscenza di Conforti, ma tra i due i rapporti sono tutt'altro che amichevoli.
Immediata è, invece, la simpatia tra Alice (Alessandra Mastronardi) e il PM, che manifesta ben presto un interesse, non solo professionale, per la giovane allieva. Come se non bastasse, ad alimentare la "sindrome da cuore in sospeso" della protagonista, ci pensa anche Arthur (Dario Aita), che decide di tornare a vivere a Roma. I due avevano interrotto la loro storia d'amore, ma il rientro nella capitale del giovane reporter potrebbe riaccendere un sentimento mai del tutto sopito. Anche la vita nell'Istituto di Medicina Legale è piuttosto movimentata: il "Supremo" Prof. Malcomess, direttore dell'Istituto, interpretato da Tullio Solenghi, ha deciso di andare in pensione, aprendo una corsa alla sua successione. La competizione è alta anche tra gli specializzandi: viene infatti indetto un concorso che porterà uno di loro a proseguire gli studi a Baltimora. A dare filo da torcere ad Alice ci pensa la Prof.ssa Boschi (Giselda Volodi), detta "la Wally", che continua ad assegnarle mille compiti, tra cui quello di fare da tutor a una nuova specializzanda, Erika Lastella (Claudia Gusmano). In Istituto Alice ritroverà anche Lara (Francesca Agostini), Paolone (Emmanuele Aita), l'Ape Regina Ambra (Martina Stella), il dott. Anceschi (Francesco Procopio) e l'anatomopatologa Beatrice Alimondi (Chiara Ricci).
Sempre presente sulla scena del crimine sarà il Vice Questore Calligaris (Michele Di Mauro), affiancato dall'agente Visone (Fabrizio Coniglio). Dopo la partenza di Yukino (Jun Ichikawa), tornata in Giappone spezzando il cuore di Marco (Pierpaolo Spollon), Alice è andata a vivere con Cordelia (Anna Dalton), sorella di Arthur e aspirante attrice teatrale. La confidente preferita di Alice resta comunque la saggia ed esuberante nonna Amalia (Marzia Ubaldi), sempre pronta ad ascoltarla e a darle consigli.
L'allieva è scritta da Peter Exacoustos, Fabrizia Midulla, Cecilia Calvi, Valerio D'Annunzio, con la collaborazione di Alessia Gazzola che, anche in questa seconda stagione, sarà protagonista di un cameo nella prima puntata.