Per rintracciare il Custode che porta con sé la quarta parte del database, la squadra decide di operare in un ippodromo. Il piano è bloccare il cancello dal quale il cavallo considerato vincente dovrebbe uscire, in modo da indurre il Custode ad andare nell'ufficio del direttore a lamentarsi. Michael, infatti, ha precedentemente posizionato il dispositivo che permette la copia dei dati sotto alla scrivania di questi. Le cose, però, non vanno come ci si aspetta: la copia viene eseguita con successo ed il piano è portato a termine ma, durante la ritirata, qualcosa va storto e Mahone viene bloccato da una guardia che, nonostante i tentativi di fuga, lo arresta.
Gretchen, come abbiamo potuto vedere nello scorso episodio, è riuscita a scappare dalla prigionia. Si reca dunque dalla sorella per rimettersi in sesto; armata di pistola, denaro e carte di credito, strumenti necessari per portare a termine la sua missione, è pronta a rimettersi in marcia. In seguito scopriremo che Emily, la bambina che vive con la sorella, è in realtà figlia di Gretchen.
La donna si reca presso il coroner di Los Angeles e, spacciandosi per la moglie di Gary Miller (cioè Whistler), s'impossessa dei suoi beni personali, tra i quali un cellulare ed ascolta il messaggio vocale registrato nella segreteria destinato a Cole Pfeiffer.
Il Generale vuole scoprire la ragione per cui Self si sia interessato a lui e, dopo aver mandato un tecnico nel suo ufficio con lo scopo di rintracciare file sospetti nel computer, chiede a Wyatt, il killer di cui si serve la Compagnia, d'intimidirlo.
Alex Mahone è trattenuto presso il dipartimento della polizia di Los Angeles, dove viene schedato con un falso nome; qui gli vengono confiscati i beni personali, tra i quali è presente proprio il dispositivo utilizzato per la copia di Scylla. Don Self non riesce ad ottenere la sua libertà ma, quando la situazione sembra precipitare, Michael e Lincoln intervengono con una nuova strategia di evasione: poco prima che inizi l'udienza in tribunale, Sara fa il suo ingresso in aula presentandosi come avvocato di Mahone, in modo da ottenere il suo fascicolo contenente le impronte digitali, pericolose in quanto potrebbero condurre le autorità al riconoscimento dell'indagato. Contemporaneamente i fratelli fanno saltare la corrente, permettendo a Sara e ad Alex di scappare. Tutto ciò avviene sotto allo sguardo impotente di Wyatt, il quale non riesce a raggiungere in tempo i fuggitivi.
Ormai mancano soltanto due schede per completare Scylla: nel prossimo episodio vedremo Michael e soci alle prese con Howard Scuderi, il quinto Custode e capo dell'Agrisow, il più grosso conglomerato agricolo del modo, invischiato anch'egli negli affari della Compagnia in Laos.