La terza stagione della serie televisiva Gotham (3), composta da 22 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 19 Settembre 2016 al 5 Giugno 2017. Disponibile in Italia dal 15 Febbraio 2017 al 12 Luglio 2017.
Gordon sta lavorando alacremente per liberare Gotham in veste di cacciatore di taglie e allo stesso tempo cerca risposte sugli evasi di Indian Hill. Il doppelganger di Bruce sta girando per le strade della città mentre Barbara e Tabitha aprono un nightclub chiamato The Sirens.
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Fish Mooney prende in mano le redini per le ricerche di Hugo Strange, costringendo Gordon a fare squadra con Valerie Vale per trovarla. La popolarità del Pinguino cresce che lui critica il lavoro del Dipartimento di polizia e le indagini di Bruce subiscono una battuta di arresto. Intanto Ivy Pepper ritorna a Gotham City.
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Jervis Tech, alias Mad Hatter, arriva a Gotham in cerca di sua sorella Alice e ingaggia Gordon per farsi aiutare. Il Pinguino intanto decide di candidarsi a Sindaco mentre il doppelganger di Bruce causa confusione in città.
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Il Pinguino acquista potere e si avvicina sempre di più al suo traguardo. Gordon porta Alice alla polizia per riscuotere la taglia. Bruce e Alfred cercano di trovare il doppelganger di Bruce dopo aver scoperto che ha assunto l'identità del legittimo Wayne.
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Il crimine dilaga a Gotham e il Pinguino fa fatica a mantenere le promesse fatte durante la campagna elettorale. Butch intanto ha intrapreso una brutta strada con la famigerata Red Hood Gang mentre Bruce sta cercando di scoprire dove si trova Ivy.
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Il Cappellaio Matto ha puntato la mira sulle sue prossime vittime, costringendo Jim Gordon a prendere delle decisioni impossibili. Nel frattempo il rapporto tra il Pinguino e Nygma si evolve ma un volto familiare torna nella vita di Nygma.
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Dopo essere venuto a contatto con una strana sostanza per colpa del Cappellaio Matto, Gordon è intrappolato in un viaggio psichedelico che lo costringerà ad affrontare il suo passato, presente e futuro. Intanto il Pinguino ha difficoltà ad accettare la nuova relazione di Nygma.
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Ed teme di fare del male a Isabella e chiede a Oswald una mano per troncare la relazione tra loro due. Barnes continua a sentire gli effetti collaterali del sangue di Alice Tetch e chiede aiuto a Jervis. Gordon è di nuovo in forze alla polizia e si reca su una brutale scena del crimine. Carmine Falcone organizza una festa di fidanzamento per Mario e Lee.
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Nygma scopre che la morte di Isabella non è stata un incidente ma è convinto che sia opera di Butch e chiede aiuto a Pinguino per catturarlo. Gordon sospetta che Barnes è colpevole di omicidio e cerca prove per confermare la sua teoria, Bullock accetta di aiutarlo ma solo per scagionare Barnes che lui ritiene innocente. Ivy sta usando la sua bellezza - e un siero estratto dalle piante - per piegare gli uomini influenti di Gotham al suo volere, ma finisce nei pasticci e chiede aiuto a Selina.
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Barbara è alla ricerca di Butch e Tabitha che sono stati rapiti da Nygma per vendicare la morte di Isabella, ma Barbara scopre chi è il vero assassino. Dopo un tentato omicidio a casa Falcone, Carmine si rivolge a James per avere aiuto ma si scopre che la vittima designata era Mario, non l'ex boss del crimine. Bullock diventa Capitano in assenza di Barnes mentre Bruce, Selina, Alfred e Ivy scoprono qualcosa che ha a che fare con la Corte dei Gufi.
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Dopo essere stato infettato con il sangue di Alice Tetch, Mario giura di spingere Lee a odiare Gordon e per farlo organizza una serie di eventi per incolpare Gordon di sabotare il loro matrimonio. Il suo piano funziona, ma durante la loro luna di miele, Mario minaccia di uccidere Lee. Barbara intanto informa Nygma che Oswald ha ucciso Isabella perchè è innamorato di lui. Bruce e Selina cercano di usare la chiave in loro possesso ma sono scoperti...
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I cittadini di Gotham sono perseguitati dai fantasmi, Oswald vede il fantasma di suo padre, Jim invece viene perseguitato da Zsaz, su ordine di Lee e di Falcone. Intanto Jim e Harvey indagano su una persona che è morta due volte, inoltre si scopre un culto segreto devoto a Jerome. Bruce e Alfred danno il benvenuto alla madre di Selina nella loro casa, ma si rendono conto di aver commesso un passo falso.
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I piani di Barbara cominciano ad andare in porto e la situazione tra Nygma e Pinguino si fa sempre più tesa. Le intenzioni della madre di Selina vengono svelate mentre Dwight, in fuga da Bullock e Gordon, raccoglie i suoi seguaci e cerca di resuscitare Jerome.
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La tensione continua a crescere quando Nygma riesce a catturare Oswald e a sconfiggerlo. Gotham è immersa nell'oscurità, proprio come voleva Jerome. Le strade sono invase da persone in rivolta mentre Jerome ha un confronto con Bruce Wayne e Alfred.
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Ed finalmente riesce ad avere la sua vendetta sul Pinguino per le terribili azioni che ha commesso ma ora si trova di fronte a un dilemma su quale strada intraprendere.
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Gordon scopre delle nuove informazioni sul passato di suo padre e di suo zio proprio mentre la Corte sta preparando un nuovo piano per il futuro di Gotham.
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I villain più pericolosi di Gotham si uniscono mentre l'Enigmista continua la sua conquista. Gordon continua a cercare risposte che però lo portano sempre nella stessa direzione. Alfred nota un cambiamento in Bruce mentre Bruce 2 si confida con Selina.
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Gordon rintraccia l'arma che la Corte intende usare per la distruzione di Gotham. Kathryn e Temple Shaman riferiscono a Bruce la loro prossima mossa. Ivy offre a Selina il suo aiuto.
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Shaman porta Bruce a un nuovo livello di training, Gordon e Bullock scoprono un cristallo che contiene i più grandi segreti del mondo criminale di Gotham. Nygma e Pinguino devono lavorare insieme per uscire da una situazione difficile.
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Gordon lotta contro il tempo per salvare la città dal virus di Alice Tetch. Alfred nota un enorme cambiamento in Bruce mentre alcuni dei villain più squilibrati di Gotham formano un'alleanza.
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Il virus si sta espandendo nella città e la ricerca di un antidoto continua, l'Enigmista, Fish Mooney e il Pinguino svelano i loro piani. Bruce incontra Ra's Al Ghul e completa la missione che gli è stata assegnata per portare a termine il suo destino ma si rende conto che non riesce a lasciarsi il passato alle spalle. Gordon cerca di raggiungere Lee.
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Gordon e Lee cercano di lasciare Gotham invasa dal virus Tetch, ma alla fine, dopo aver ricevuto l'antidoto Lee si allontana ma spinge Gordon a salvare la sua città.
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Il folle villain farà la sua comparsa nella città del crimine per ritrovare la sorella Alice.
I villain di Gotham si riorganizzano per far spazio a un team temibile che darà del filo da torcere a Jim Gordon.
James Carpinello si unisce al cast per dar vita al futuro boss del crimine, attualmente medico onesto in forza al Pronto Soccorso di Gotham.
L'attrice sostituirà Claire Foley nel ruolo di Ivy nella serie prequel delle avventure di Batman.
La Valerie, giornalista della Gotham Gazette, che vedremo in azione non sarà il personaggio noto ai più dai fumetti.
E' in corso il casting per trovare la nuova interprete della giornalista rampante che, in futuro, avrà una relazione con Bruce Wayne.