Durante le riprese di The Bourne Identity Matt Damon ha portato a termine quello che lui stesso ha definito come "il suo stunt più raccapricciante di sempre", l'attore è sceso da solo per più di venti metri da un grattacielo, senza ricorrere all'utilizzo di una controfigura.
Damon si è allenato intensamente in sala pesi e nell'arte marziale filippina del Kali per prepararsi alle riprese del film. Questa disciplina consiste nell'utilizzare l'energia dell'aggressore contro di lui conservando la propria energia, secondo il suo istruttore Damon si è rivelato un vero e proprio talento naturale.
Il tipo di arti marziali utilizzate da Jason Bourne è una combinazione di Filpino Kali insieme al Jeet Kune Do di Bruce Lee. Molti pensano che anche il Krav Maga si ampiamente utilizzato dal protagonista durante molte scene della pellicola ma non è affatto così.
I due istruttori e coordinatori non accreditati del film sono Damon Caro e Jonathan Eusebio: entrambi sono maestri di Kali e di Jeet Kune Do e nessuno dei due è esperto di Krav Maga.
Damon ha anche passato centinaia di ore ad addestrarsi con le armi in modo da sembrare a suo agio con una pistola in mano, si è anche esercitato per tre mesi con il coreografo Nick Powell nel pugilato e nell'escrima, eseguendo così in prima persona una notevole quantità di scene d'azione, tra cui tutti i combattimenti a mani nude.