Moltissime scene girate per Resident Evil: Extinction, provenienti della sceneggiatura originale, furono scartate e la trama del film cambiò notevolmente sotto molti aspetti. In una sequenza che non è stata inclusa nel montaggio finale della pellicola, ad esempio, viene rivelato il vero nome di Alice.
Nella scena Alice riesce ad hackerare i file di Umbrella e questi rivelano che il suo vero nome non è Alice Abernathy, bensì Janice Prospero. Nella sceneggiatura originale c'erano anche alcune sequenze di flashback che descrivevano il processo alla Corte internazionale di Ginevra. I dirigenti dell'Umbrella furono condannati per il genocidio, ma l'udienza si interruppe bruscamente a causa di un esercito di non morti.
Il copione originale implicava che la causa scatenante dell'epidemia globale fossero i ratti, apparentemente, il fatto che questi roditori sono sopravvissuti perché abituati a vivere sottoterra. Sebbene questa parte della trama sia stata scartata, nella scena finale del film c'è una sequenza in cui si vedono i topi che abitano nelle fogne di Tokyo.
Resident Evil: Extinction è stato accolto piuttosto negativamente, sia dalla critica che dal pubblico, al momento dell'uscita nelle sale cinematografiche. La pellicola ha ricevuto, su Rotten Tomatoes, un punteggio del 23% sulla base di 94 recensioni mentre invece Metacritic ha dato una valutazione "media" pari a 41 punti su un totale di 100.