La scena di Pearl Harbour che mostra gli aerei giapponesi che attaccano l'ospedale ha causato un grande clamore, sia in Giappone che tra i veterani americani, perché secondo la versione ufficiale e secondo quanto dichiarato dai sopravvissuti di entrambi i paesi, una cosa simile non è mai accaduta.
I piloti giapponesi avevano ordini ben precisi: non attaccare obiettivi civili. I veterani hanno detto più volte che anche quando i giapponesi avevano una linea diritta di attacco, non hanno mai bombardato l'ospedale stesso. Il regista Michael Bay ha detto di aver aggiunto la scena per rendere l'attacco più barbaro.
Per le scene del decollo degli aerei giapponesi è stata utilizzata una portaerei americana: questo, secondo Bay, ha gravemente offeso alcuni dei veterani di Pearl Harbor; quest'ultimi pensavano che le scene in questione disonorassero i soldati morti sul campo di battaglia.
Il regista di Pearl Harbour, tuttavia, fece loro notare che durante la guerra erano state distrutte tutte le portaerei giapponesi, quindi doveva necessariamente essere usata una portaerei americana per la scena. Bay ha dichiarato che dopo averglielo fatto notare i veterani hanno acconsentito all'uso della portaerei americana.