Le riprese di Miss Peregrine - La casa dei ragazzi speciali si sono svolte in Belgio, Florida e Inghilterra. Dopo una estenuante ricerca, la produzione è riuscita a trovare la location perfetta per la casa dei ragazzi: l'abitazione non è stata costruita su un set cinematografico, la casa è vera, si chiama "Torenhof" e si trova vicino ad Anversa, in Belgio.
"Dava proprio la sensazione di essere una casa per ragazzi speciali", afferma Tim Burton in un'intervista. "Aveva un'aria un po' logora ma al tempo stesso confortevole e accogliente. Sembrava un posto in cui ai ragazzi sarebbe piaciuto vivere".
Il Kasteel Torenhof, location di una parte delle riprese del film di Burton, si trova a circa dieci chilometri da Anversa, nel comune di Brasschaat. "Tim voleva che assomigliasse a una casa" ha dichiarato lo scenografo Gavin Bocquet. "Ma la maggior parte di quelle che avevo visto prima di trovare questa non davano affatto quella sensazione, troppo cittadine o simili ai castelletti cui siamo abituati, non come quelli del Belgio".
La sala principale del castello conteneva già degli arredi in stile anni trenta che Burton ha deciso di includere nel film, altri accessori invece sono pezzi originali, acquistati direttamente su eBay, mentre la serra della dimora è stata ingrandita e modificata digitalmente per le riprese di Miss Peregrine - La casa dei ragazzi speciali.