Dopo essere stato ingaggiato non solo per scrivere, ma anche per dirigere The Bourne Legacy, Tony Gilroy ha sentito la necessità di mettere le mani avanti bloccando immediatamente le voci legate alla presenza della star Matt Damon nel nuovo capitolo delle avventure di Jason Bourne. In un'intervista Gilroy precisa che "il nuovo film prende in prestito il titolo da uno dei romanzi firmato da Robert Ludlum con Eric Van Lustbader, ma la storia è completamente diversa. Sarà un'idea originale. Il film non sarà un reboot dei primi tre capitoli e non ci sarà un rimpiazzo di Matt Damon. Semplicemente ci sarà un nuovo eroe, un personaggio completamente differente. Questo è un progetto indipendente, con una vità a sé".
Il regista di Michael Clayton prosegue spiegando che "l'unico modo per pensare al nuovo film è considerarlo una sorta di espansione della storia. Jason Bourne non sarà nel plot, ma è comunque collegato alla trama. Quello che accade nei primi tre film è alla base del quarto, è accaduto realmente, rappresenta l'innesco di questa storia. Sto costruendo una leggenda e un'ampia cospirazione calata in un mondo coerente. In questo mondo, più avanti, ci sarà posto anche per il ritorno di Jason Bourne".