L'anno successivo alla statuetta conquistata per I soliti sospetti, Bryan Singer è stato accusato da un quattordicenne di avere chiesto a lui e ad altri minori di girare una scena nudi nella doccia durante le riprese di L'allievo. Le accuse sono cadute per insufficienza di prove.
Da allora a Hollywood hanno cominciato a circolare una serie di rumor legati ai comportamenti inappropriati di Singer, ma nessuna vittima ha mai denunciato pubblicamente il regista. Quanto accaduto non ha però spaventato l'attore Michael Egan III che, nell'aprile 2014, ha accusato Singer di averlo aggredito in un incidente occorso nel 1999. Singer avrebbe drogato e violentato Egan, allora minorenne, alle Hawaii e a Los Angeles all'epoca di Apt Pupil. Il regista ha respinto le accuse definendole oltraggiose, viziose e completamente false. Nel frattempo sono emerse altre accuse ai danni del regista mosse da un uomo inglese assalito ai tempi di Superman Returns, ma Bryan Singer ha continuato a fare film.
All'inizio di novembre, però, un uomo di nome Justin Smith avrebbe postato una serie di tweet in cui afferma di essere stato molestato sessualmente da Singer. I tweet sarebbero poi stati cancellati, ma sono stati salvati e pubblicati da vari siti americani.
Bryan Singer non ha commentato pubblicamente le accuse, ma ha cancellato il suo account Twitter e successivamente sono scomparsi dal web alcuni articoli che ne davano notizia. Gli studenti della USC School of Cinematic Arts avrebbero lanciato su Change una petizione per rimuovere Singer dalla Division of Cinema and Media Studios.
Il regista ha da poco concluso le riprese del biopic su Freddie Mercury Bohemian Rhapsody , interpretato da Rami Malek.