Mel Gibson e i produttori di Apocalypto assunsero Richard D. Hansen, un consulente specializzato in cultura Maya, tuttavia il film è stato criticato da alcuni studiosi della storia mesoamericana per quelle che hanno detto essere numerose inesattezze storiche. Nel 2006 National Geographic ha intervistato Zachary Hruby, un esperto della cultura Maya presso l'Università della California, Riverside.
L'esperto ha spiegato che la pellicola descrive i Maya come un popolo molto sanguinario e primitivo; benché esistano notevoli prove storiche, archeologiche e antropologiche sui loro sacrifici, i Maya erano anche un popolo di grande cultura e intelletto e con una profonda cura per l'igiene: tutti questi aspetti non vengono mostrati nel film.
Un'altra scena analizzata da Hruby è quella dell'eclissi che getta nel panico l'intera popolazione Maya; questa sarebbe in contrasto con le conoscenze del popolo mesoamericano. Tuttavia non è da considerarsi un errore del regista poiché i sacerdoti, che nel film sembrano essere consapevoli del fenomeno, erano soliti usare le loro conoscenze riguardanti le eclissi per intimorire la popolazione e far credere loro che i sacrifici servissero a far risorgere il sole.
L'ultimo aspetto analizzato dal professore è quello della deformazione storico-temporale: "Il film si conclude con l'arrivo degli spagnoli, cosa che non accadde in Messico fino a molto tempo dopo il crollo dei Maya. Quindi fondamentalmente stiamo osservando una differenza di 400 anni nello stile architettonico e nella storia."