Wyatt, lo spietato killer che, nel corso di questa stagione, ha ucciso fin troppe persone collegate ai fratelli Scofield e Burrows, è ora tenuto prigioniero dall'intero gruppo, sotto la stretta sorveglianza di Don Self. Mahone non riesce a resistere alla voglia di vendetta ma deve aspettare perché Wyatt risulta essere di estrema importanza per la missione.
Michael, Lincoln, Bellick e Sucre si trovano nei sotterranei della GATE, mentre T-Bag sorveglia l'ufficio. Scofield è impegnato a seguire la mappa che Whistler aveva disegnato sul libro degli uccelli; i quattro si aggirano nelle fondamenta dell'edificio finché non raggiungono un ostacolo invalicabile: uno dei condotti principali del sistema idrico di Los Angeles. Il piano di Michael è bloccare il flusso in modo da creare un passaggio che possa condurre oltre il tubo. Per questa ragione Lincoln e Bellick devono abbandonare i compagni per recarsi nel luogo presso il quale è conservato il quadro di controllo dell'acqua, con l'intento di dargli fuoco e creare quindi un guasto temporaneo.
T- Bag, oltre ad essere impegnato a fare la guardia all'ufficio, cercando quindi di non far scoprire i compagni, deve affrontare una serie di nuovi problemi alla GATE: i suoi superiori hanno denunciato la scomparsa del collega Andrew Blauner, ucciso da Gretchen proprio perché risultava essere d'intralcio. T-Bag viene interrogato dal detective Mara e, nonostante appaia piuttosto innervosito dall'intera vicenda, riesce a mostrarsi convincente e sicuro di sé, depistando così i possibili sospetti. Anche in quest'occasione la sua furbizia ha la meglio: chiede alla segretaria Trishanne di falsificare alcuni dati di vendita relativi a Blauner e fa credere a White, il suo superiore, che il collega può aver riciclato denaro sporco per delle attività criminali, ecco dunque il motivo della sua scomparsa.Self riesce ad ottenere da Wyatt ciò che gli serviva, grazie anche all'aiuto di Sara: attraverso un registratore e ad un software di campionamento della voce, l'agente è in grado di creare un collage di parole pronunciate dall'uomo che, messe insieme, compongono la frase "Sono morti, sono tutti morti. E' finita". Self può dunque telefonare al Generale, fargli sentire la registrazione come se fosse proprio Wyatt a parlare al telefono, in modo da indurlo a credere che l'intero gruppo che lavora contro la Compagnia sia stato eliminato.
A questo punto Wyatt non è più indispensabile e Mahone può finalmente vendicarsi: dopo aver torturato l'assassino di suo figlio ed averlo obbligato a chiedere in qualche modo perdono a sua moglie Pam, l'ex agente federale si sbarazza di lui gettandolo in mare.
Gretchen si presenta armata dal Generale, il quale è impegnato nella questione riguardante lo spostamento di Scylla. Scopriamo che i due hanno avuto una relazione in passato e sembra che, nonostante tutto, l'uomo riesca ancora ad avere una forte influenza su di lei. Non è chiaro se Gretchen sia davvero pronta a collaborare nuovamente con la Compagnia, diventando il braccio destro del capo (così come lui le ha chiesto), o se sia tutta una messinscena per arrivare a Scylla. Krantz ordina ai Custodi di spostare Scylla entro il giorno seguente.
Michael ha un altro dei suoi malori proprio mentre è impegnato a creare il varco nel condotto dell'acqua, Sucre deve quindi completare il lavoro da solo. Lincoln e Bellick li raggiungono ma la tubatura che deve passare in mezzo in modo da creare il passaggio è molto pesante ed il tempo rimasto, prima che il condotto venga di nuovo riempito dall'acqua, è poco. Bellick decide quindi di sacrificarsi, consapevole di ciò che gli accadrà: stando all'interno del condotto spinge verso l'esterno la tubatura, così da permettere l'attraversamento, ma viene travolto dall'acqua che riprende a scorrere nel condotto. Lincoln, Michael e Sucre assistono impotenti alla morte del compagno.Come era successo nello scorso episodio, Greatness Achieved si conclude con la morte di un personaggio. Bellick ha avuto sempre un ruolo scomodo nello svolgimento delle vicende (da secondino di Fox River a ladro, per poi ritrovarsi con gli altri nella prigione di Panama) ma ora sembra che quest'immolazione sia stata prova del suo riscatto.
Per raggiungere Scylla ci sono voluti molti sacrifici e molti altri ne serviranno... E' inevitabile pensare che anche Michael possa riservarci qualche brutta sorpresa, ma niente si può dare per scontato a Prison Break.