Michael, per il bene dell'intera missione, si vede costretto ad accordarsi con Gretchen, la quale possiede informazioni estremamente importanti; permettendole di entrare nella squadra, assieme a T-Bag, egli si assicura di poter accedere alle pagine del libro degli uccelli, indispensabili per il rintracciamento di Scylla. Ciò che più preoccupa il ragazzo, però, è la reazione di Sara: dopo averla informata riguardo alla novità, infatti, la donna rimane sconvolta, non potendo fare a meno di ricordare i tempi nei quali era tenuta prigioniera da Gretchen che la maltrattava e torturava.
Roland, fermato a Las Vegas dalla sicurezza, la quale gli aveva tra l'altro sequestrato il dispositivo in grado di copiare le schede, non viene incluso dal resto del gruppo nei piani riguardanti l'avvicinamento al Generale. L'hacker decide allora di "analizzare" il cellulare di Mahone, abbandonato da questi nel cestino della spazzatura, e scopre che le ultime chiamate sono state effettuate verso Wyatt. Preso dalla rabbia e sicuro che la Compagnia potrebbe fornirgli una grossa ricompensa, contatta il killer per proporgli uno scambio: i fratelli Scofield e Burrows in cambio di soldi.
Alla GATE si ripresenta Feng, il cinese che qualche tempo prima aveva minacciato di morte T-Bag (credendolo Cole Pfeiffer) se questi non gli avesse fornito al più presto Scylla. Gretchen, che conosce l'uomo dai tempi in cui lavorava per la Compagnia, riesce a gestire al meglio la situazione, concordando un prezzo per l'oggetto tanto desiderato. Non solo, la "donna di ghiaccio" sembra che sappia molto di più riguardo a Scylla, davanti a T-Bag afferma infatti: "Tutti credono che Scylla sia soltanto il libro nero della Compagnia...", lasciando intendere che c'è dietro molto altro ancora.
Micheal e compagni stanno organizzando alla perfezione il piano per arrivare al Generale. Non avendo più a disposizione il dispositivo di Roland per la copia della scheda, essi decidono di bloccare l'obiettivo mentre si trova a bordo della Limousine, inscenando un incidente e facendo intervenire un'ambulanza, prontamente rubata, sulla quale sarà operativa Sara, pronta a soccorrere il Generale ferito, con l'intento di rubare quindi la scheda. Il gruppo è però all'oscuro di ciò che Roland sta tramando: il ragazzo contatta Wyatt comunicandogli dove può trovare i fratelli. L'assassino si reca sul luogo poco prima che il piano venga messo in atto, avvista Lincoln e Sucre in macchina e spara, ferendo quest'ultimo. La squadra è costretta a ritirarsi.
Fortunatamente Sara riesce a salvare Sucre, anche se il contatto con il sangue la turba fortemente, in quanto le fa ricordare i tempi della prigionia a Panama, quando aveva assistito ad un omicidio per mano di Gretchen. Decide allora di affrontarla, come da sua richiesta. Le due donne s'incontrano in un Motel; Gretchen si dimostra disposta ad essere fisicamente punita per poter, in qualche modo, "pareggiare i conti". Sara non riesce a fare a meno di pensare alla guardia che, nel tentativo di aiutarla a fuggire, era stata uccisa.
Roland scappa dal magazzino e incontra Wyatt, il quale non ci pensa due volte a sparagli ad un ginocchio. Il killer vuole sapere dove si trovino i fratelli e, ovviamente, non è disposto a ricompensare in nessun modo il suo informatore. L'hacker, devastato dal dolore, è costretto a rivelare il nascondiglio ma Wyatt lo colpisce nuovamente all'addome. Fortunatamente Mahone, Lincoln e Michael intervengono in tempo, grazie ad uno stratagemma messo in atto dal nostro ingegnere: precedentemente aveva inserito nel pc di Roland il gps contenuto nella cavigliera e perciò è stato facile raggiungerlo.
Alex vorrebbe subito vendicarsi del figlio ma i compagni riescono a placare la sua rabbia, portando via Wyatt disarmato. Roland si è dimostrato un traditore ma Michael non riesce a fare a meno di stragli accanto mentre muore, stringendogli la mano.
Il Generale intuisce il pericolo, sa di essere un obiettivo ed ordina di spostare Scylla. Tutta la Compagnia è in fermento, chissà se Michael e soci riusciranno a portare a termine il piano. Ulteriori sviluppi nei prossimi appuntamenti.