Michael si trova all'interno della sala che custodisce Scylla ed il Generale, accortosi della sua presenza, si precipita con le guardie armate sul luogo. Inizialmente non riusciamo a comprendere il motivo per il quale il ragazzo sia così calmo e perché, invece, non scappi via con il bottino. Ciò che non dobbiamo dimenticare è che, per accedere a Scylla, i nostri necessitano della sesta scheda posseduta da Krantz, ecco dunque la ragione che spinge Michael a non fuggire. Il Generale viene messo in difficoltà: Lincoln, Sucre e Mahone disarmano le guardie ed egli non può far altro che consegnare ai nemici la sua scheda, contando però sul fatto che nessuno riuscirà mai ad evadere dal palazzo.
Trishanne, o meglio l'agente Miriam Holtz, mette in scena una furibonda litigata con Self, in modo da distrarre gli scagnozzi di Feng che li tengono prigionieri; così facendo riescono a liberarsi, uccidendo l'intera squadra. L'obiettivo, per i due, è raggiungere T-Bag e Gretchen, in modo da impedir loro di mettere le mani su Scylla. Questi ultimi si trovano infatti presso gli uffici della GATE e stanno aspettando il ritorno di Michael con i fucili mitragliatori pronti. Mr White, il capo della società, nota la presenza delle armi sotto la scrivania di Cole Pfeiffer; Gretchen, intuendo il pericolo, imbraccia il mitra creando il panico generale.
Scofield, insieme agli amici, si fa condurre da Krantz nel suo ufficio. E' chiaro che evadere dal palazzo è un'impresa impensabile perciò Michael tira fuori l'asso nella manica: precedentemente si era accordato con Sara perché seguisse Lisa, una dei Custodi, ed i suoi uomini; nel bagno di un ristorante la ragazza si trova faccia a faccia con la donna più importante della Compagnia, nonché la figlia del Generale, la quale diventa merce di scambio: la sua vita in cambio della libertà dei ragazzi.Miriam Holtz si reca presso la GATE dove T-Bag e Gretchen tengono in ostaggio i dipendenti. L'agente riesce abilmente a penetrare nell'ufficio senza farsi vedere e comunica con i colleghi spaventati, spiegando loro il da farsi per poter scappare. Mr White è impaziente, non ascolta le istruzioni che gli vengono date e si precipita verso l'uscita, Gretchen lo vede e gli spara senza pietà, per poi darsi alla fuga con il compare. Dopo un inseguimento nel parcheggio dell'edificio, Miriam riesce a catturare T-Bag, mentre la donna scappa.
Krantz, per il bene della figlia, decide di collaborare ma non si dà per vinto e comanda ai suoi uomini d'inseguire Michael, Lincoln, Sucre e Mahone, i quali si stanno dando alla fuga. Si recano all'aeroporto con un furgone e, facendo credere alle guardie della Compagnia di avere Scylla in uno zaino che Michael porta con sé, fanno in modo che gli uomini vengano fermati dalla polizia aeroportuale. Scylla era stata invece lasciata furbescamente a Mahone e Sucre, i quali si trovano al di fuori dell'aeroporto. Il gruppo s'incontra dunque con Self, il quale appare impressionato dalla bravura dell'intera squadra e assicura a tutti la libertà promessa.Sembra che, finalmente, ogni cosa si sia sistemata: i nostri eroi hanno portato a termine la missione, dopo anni di fuga possono godersi la libertà tornando dalle rispettive famiglie e Michael si sottoporrà all'operazione, nella speranza che vada per il meglio. Purtroppo però la situazione non è così rosea come appare: Self, il buon agente che ha coordinato l'intera missione promettendo grandi cose ai nostri fuggitivi in cambio della loro collaborazione, si dimostra molto diverso da come si è sempre dimostrato. Una volta messe la mani su Scylla, spara alla collega Miriam e lascia Scofield e compagni senza rispettare il patto. A questo punto si può ipotizzare che l'intera faccenda sia stata una messinscena architettata da Self per impossessarsi di Scylla, o magari c'è dell'altro che ancora non ci è dato sapere.
E' già possibile ipotizzare, però, che i nostri non si arrenderanno e porteranno avanti la loro impresa di giustizia, tra inseguimenti, sparatorie e le tipiche situazioni surreali, ma pur sempre appassionanti, di Prison Break.