Michael si trova all'interno della sala che custodisce Scylla ed il Generale, accortosi della sua presenza, si precipita con le guardie armate sul luogo. Inizialmente non riusciamo a comprendere il motivo per il quale il ragazzo sia così calmo e perché, invece, non scappi via con il bottino. Ciò che non dobbiamo dimenticare è che, per accedere a Scylla, i nostri necessitano della sesta scheda posseduta da Krantz, ecco dunque la ragione che spinge Michael a non fuggire. Il Generale viene messo in difficoltà: Lincoln, Sucre e Mahone disarmano le guardie ed egli non può far altro che consegnare ai nemici la sua scheda, contando però sul fatto che nessuno riuscirà mai ad evadere dal palazzo.
Trishanne, o meglio l'agente Miriam Holtz, mette in scena una furibonda litigata con Self, in modo da distrarre gli scagnozzi di Feng che li tengono prigionieri; così facendo riescono a liberarsi, uccidendo l'intera squadra. L'obiettivo, per i due, è raggiungere T-Bag e Gretchen, in modo da impedir loro di mettere le mani su Scylla. Questi ultimi si trovano infatti presso gli uffici della GATE e stanno aspettando il ritorno di Michael con i fucili mitragliatori pronti. Mr White, il capo della società, nota la presenza delle armi sotto la scrivania di Cole Pfeiffer; Gretchen, intuendo il pericolo, imbraccia il mitra creando il panico generale.
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Miriam Holtz si reca presso la GATE dove T-Bag e Gretchen tengono in ostaggio i dipendenti. L'agente riesce abilmente a penetrare nell'ufficio senza farsi vedere e comunica con i colleghi spaventati, spiegando loro il da farsi per poter scappare. Mr White è impaziente, non ascolta le istruzioni che gli vengono date e si precipita verso l'uscita, Gretchen lo vede e gli spara senza pietà, per poi darsi alla fuga con il compare. Dopo un inseguimento nel parcheggio dell'edificio, Miriam riesce a catturare T-Bag, mentre la donna scappa.
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Sembra che, finalmente, ogni cosa si sia sistemata: i nostri eroi hanno portato a termine la missione, dopo anni di fuga possono godersi la libertà tornando dalle rispettive famiglie e Michael si sottoporrà all'operazione, nella speranza che vada per il meglio. Purtroppo però la situazione non è così rosea come appare: Self, il buon agente che ha coordinato l'intera missione promettendo grandi cose ai nostri fuggitivi in cambio della loro collaborazione, si dimostra molto diverso da come si è sempre dimostrato. Una volta messe la mani su Scylla, spara alla collega Miriam e lascia Scofield e compagni senza rispettare il patto. A questo punto si può ipotizzare che l'intera faccenda sia stata una messinscena architettata da Self per impossessarsi di Scylla, o magari c'è dell'altro che ancora non ci è dato sapere.
E' già possibile ipotizzare, però, che i nostri non si arrenderanno e porteranno avanti la loro impresa di giustizia, tra inseguimenti, sparatorie e le tipiche situazioni surreali, ma pur sempre appassionanti, di Prison Break.