La morte di Bellick ha lasciato tutti senza parole. Nonostante l'uomo fosse una delle guardie più temute ed odiate ai tempi di Fox River, gli ex detenuti sentono il peso della sua mancanza ed insistono per far sì che gli venga offerto un funerale come si deve.
Gretchen consegna a Michael le pagine mancanti del libro sugli uccelli ed avvisa che la Compagnia sposterà Scylla, entro il giorno seguente, in un bunker in Pennsylvania. Il ragazzo si mette immediatamente all'opera, cercando di decifrare i simboli e le lettere disegnate sulla piantina riportata sui fogli. L'impresa pare essere però più ardua del solito; per l'identificazione di quelle note è essenziale consultare colui che ha progettato il luogo nel quale Scylla è conservata: David Baker.
T-Bag è sempre impegnato a mantenere la sua doppia identità alla GATE e, mentre lavora sotto le mentite spoglie di Cole Pfeiffer, cerca d'indagare sul passato di Gretchen, grazie anche all'aiuto di Trishanne, la quale ha raccolto le impronte della donna ed ha ottenuto da un amico poliziotto il suo fascicolo. Non emerge alcuna notizia rilevante ma, nella discussione, la ragazza nomina Whistler, destando un certo sospetto in T-Bag, il quale sa bene che la segretaria non può aver mai sentito parlare di quell'uomo. In seguito scopriremo che Trishanne è un agente che lavora per Self ed è a conoscenza dell'intera missione; anche lei, dunque, sta collaborando alla distruzione della Compagnia.
Mahone incontra dunque l'ingegnere che ha progettato il sistema di sicurezza di Scylla e si presenta come un componente della Compagnia. Nel frattempo, nel "quartier generale", Krantz segue le procedure per lo spostamento di Scylla e ritiene indispensabile la figura di Baker per poter completare l'opera. Alcuni uomini della Compagnia si recando dunque a casa dell'uomo e Mahone si trova costretto a fuggire, riuscendo comunque ad ottenere una legenda che illustra il significato dei simboli contenuti nel libro sugli uccelli.
Lincoln e Sucre sono nei sotterranei della GATE; dopo aver superato il condotto dell'acqua, ostacolo che è costato la vita di Bellick, raggiungono un muro apparentemente invalicabile. Mentre i due riflettono sul da farsi, il giovane portoricano calpesta uno strano dispositivo, il quale comincia ad emettere una serie di suoni. Non potendo comunicare con Michael, Lincoln decide di rivolgersi a Gretchen, la quale si rivela un'esperta in materia: la donna spiega che Sucre si trova sopra ad una mina anti uomo.
Tornati alla base operativa, Michael e Mahone confrontano la legenda con i simboli riportati sulle pagine. Si scopre che Scylla è conservata in un luogo controllato da telecamere e microfoni e protetto da una serie di mine ed allarmi. L'unico modo per disattivare l'ordigno sul quale si trova Sucre è attraverso un generatore, senza agire direttamente su di esso, come invece sta facendo Gretchen. Mahone riesce a raggiungere per tempo i compagni e, staccando la corrente per qualche secondo, mette tutti in salvo.
