La season finale, che non rappresenta soltanto la fine di una stagione ma, in questo caso, dell'intera serie, è stata proposta con un doppio appuntamento: due episodi consecutivi che ci guidano verso la soluzione dell'intero enigma. Il primo, dal titolo Rate of Exchange, è diretto da Bobby Roth, regista di fama nel mondo della serialità grazie alle partecipazioni in Lost, Fringe e Criminal Minds; la sceneggiatura è affidata invece a Zach Estrin, il quale vanta nel suo curriculum i contributi alla serie Tru Calling.
Si sa che Michael è una sorta di genio, colui che sa sempre cosa fare e come agire, ma, anche questa volta, la domanda sorge spontanea: come riuscirà a salvare contemporaneamente Sara e Lincoln senza però consegnare Scylla a nessuno dei due contendenti (cioè Krantz e Christina)? E' ovvio che c'è un piano ma viene svelato poco per volta, permettendoci di mettere insieme i pezzi e di giungere da soli alla conclusione.
Self, dopo aver appreso la notizia dell'assassinio della moglie, si era gettato dal balcone del loft in preda al panico ma, finendo in mare, era riuscito a salvarsi, tornando a riva in pessime condizioni; due ragazzini lo hanno soccorso ed ora si trova in ospedale. Ben presto, però, lo raggiungono due agenti che, con le maniere forti, lo obbligano a fornire informazioni riguardo a Scofield e Burrows, ancora indagati per l'omicidio di Banerjee. Self non ha alternative e si trova costretto ad assecondarli cercando di localizzare Michael attraverso il cellulare, ma il tentativo non ha successo.
Intanto, il nostro ingegnere, sta progettando un modo per incastrare la perfida madre: avendole dato appuntamento nei pressi di un molo con la scusa di consegnarle Scylla in cambio della vita del fratello, architetta un meccanismo in grado d'innescare una bomba che andrebbe a colpire Christina. Tale progetto viene però stravolto dall'arrivo della polizia, chiamata da un passante che ha riconosciuto l'indagato, e, nonostante l'esplosione, la donna scappa con il suo ostaggio. Tornata nel rifugio, sempre in compagnia di Downey, Christina è sconvolta e non riesce a sostenere le pressioni che il padre di Banerjee muove allo scopo di ottenere Scylla, perciò si sfoga sul figliastro morente, svelandogli il doloroso segreto riguardo alla sua adozione.
Michael discute con Mahone sul da farsi e, in un primo momento, pare che i due abbiano opinioni divergenti: Alex è molto preoccupato riguardo all'incolumità della ex moglie Pam, minacciata da Krantz, perciò sostiene che fornendo a Christina Scylla lei potrà mettere al sicuro la donna, sfruttando le sue conoscenze ed il suo potere. L'ex agente dell'FBI sceglie quindi di collaborare, voltando le spalle al compagno: si presenta da Christina con il dispositivo ma questo, collegato al computer, non funziona. Scopriamo che, in realtà, Mahone si è accordato con Michael che non solo ha asportato la parte principale di Scylla, ma vi ha anche inserito all'interno un esplosivo. Nel giro di pochi minuti avviene l'esplosione ed Alex ne approfitta per fuggire assieme a Lincoln.
A questo punto Scofield si deve occupare del Generale; facendogli credere di aver lasciato Scylla in una zona appartata della città, ha il tempo di recarsi presso il loft per salvare Sara, che tra l'altro è nelle mani del viscido T-Bag. Arrampicandosi quindi sul palazzo, questa volta in perfetto stile Spiderman, raggiunge l'amata e stordisce Bagwell (che, "poveraccio", le prende sempre).
Downey, intimorito dal pensiero che Self riveli alla polizia gli affari legati a Christina, si presenta in ospedale in veste di medico e fa una potente iniezione all'uomo, causandogli un'emorragia celebrale.
Qui finisce la prima parte e prende successivamente il via Killing your number, episodio scritto a quattro mani da Matt Olmstead e Nicholas Wootton, già colleghi di sceneggiatura per NYPD. Il regista, in questo caso, è invece Kevin Hooks, noto per le collaborazioni in Lost, Alias, Bones, 24.
Michael sta scappando in macchina con Sara e, nonostante la situazione sia ancora piuttosto tesa, i due fantasticano sul futuro insieme, intravedendo forse la fine imminente ai loro problemi; si riuniscono a Mahone e Lincoln e si dirigono verso un luogo sicuro per decidere sul da farsi, considerando soprattutto le gravi condizioni di Burrows.
Miles e Sucre sono a Miami e si danno appuntamento con T-Bag, il quale cerca di incastrarli presentandosi con un agente della Compagnia ma l'intento non viene portato a buon fine e i due riescono ad avere la meglio, catturando Bagwell con lo scopo di farsi dire dove si trova Michael; l'unica informazione che, per ora, sono in grado di estorcergli è il numero del cellulare di Sara.
Scofield riceve una telefonata, che risulta essere sicuramente l'evento più inaspettato della puntata: il misterioso uomo che sarebbe in grado di salvare la situazione, scagionando tutti, è Kellerman, lo spietato agente dei Servizi Segreti che durante la prima stagione aveva collaborato affinché Burrows venisse incolpato dell'omicidio del fratello del Presidente, sebbene si fosse poi redento fornendo informazioni sulla Compagnia durante il processo a Sara. Kellerman racconta della sue liberazione per mano di un gruppo che lavora contro la Compagnia e con il quale ora collabora; il suo obiettivo, dice, è quello di consegnare Scylla ad un membro delle Nazioni Unite, per poter sfruttare le potenzialità del dispositivo in modo positivo, facendo del bene, diversamente da ciò che invece desiderano Krantz e Christina.
Christina, diversamente da quello che credevamo, non è morta e, anzi, si presenta ancora una volta da Michael per avere Scylla. Madre e figlio si trovano uno di fronte all'altra, con le pistole puntate e pronti a colpire, anche se lui non è del tutto credibile ed, infatti, è proprio Christina che fa partire il colpo , venendo però preceduta da Sara che, in questo modo, salva la vita a Michael.
A questo punto Scylla può essere consegnata a Kellerman, anche se Scofield nutre ancora molti dubbi riguardo alla veridicità della sua versione, perciò si accerta che Solomon Okella, il membro delle Nazioni Unite, abbia davvero intenzione di mantenere la parola. Incredibilmente, per la prima volta, trionfa il bene: Sucre, Miles, Mahone, Sara, Michael e Burrows sono liberi, Krantz viene arrestato, così come T-Bag.
Un flash forward ci accompagna nelle vite dei protagonisti di Prison Break; sono passati quattro anni: Mahone, diversamente da ciò che noi tutti ci aspettavamo, non è felicemente sposato con Pam ma sta insieme alla ex collega Felicia, Lincoln è con Sofia e vediamo Sucre accanto alla sua bambina. Intuiamo che tutti si stiano recando nello stesso luogo. Contemporaneamente vediamo Self in una casa di cura, ridotto ad un vegetale (proprio come era successo alla povera moglie), Miles sul vialetto di casa, Krantz in procinto di essere giustiziato sulla sedia elettrica, T-Bag in prigione. Tutti guardano verso il cielo, come se ci sia ancora qualcosa in grado di unirli, nonostante tutto. Infine ecco Sara, sta comprando dei gigli e chiama Michael ma colui che corre verso di lei non è il nostro eroe ma il figlio, un piccolo Scofield dagli occhi azzurri e profondi. Prendendolo per mano si reca nei pressi di una spiaggia e qui incontra Lincoln, Sucre e Mahone e, tutti insieme, portano i saluti al defunto Michael. La tomba riporta la scritta "Michael J. Scofiled, marito, padre, fratello, zio, amico" e la commozione è davvero tanta quando l'inquadratura si stringe sui gigli e sul ricordo lasciato da Burrows: una piccola gru di carta.
In conclusione, più volte abbiamo sottolineato la pesantezza, la difficoltà e il poco interesse suscitato da questa quarta stagione. Si pensava che la season finale sarebbe stata un "pasticcio" di cose incastrate troppo velocemente per porre fine alla vicenda, invece bisogna ricredersi: certo, molti elementi sono risultati estremizzati, ma il finale non ha certamente deluso. E' come se il cerchio sia stato chiuso e proprio la gru di carta lo testimonia.
Si dice che verranno messi in onda da Sky1 UK e Yes stars Action Israele due episodi extra, The Old Ball and Chain e Free, che mostrerebbero alcuni fatti accaduti prima della morte di Michael. In ogni caso crediamo che la vera fine di Prison Break sia questa ed ora, che possiamo valutare la serie nella sua interezza, possiamo dire che, in fin dei conti, ne è valsa la pena.