Dopo l'episodio Bound, slegato dal filone principale della storia, gli autori di Fringe tornano in The Transformation (in italiano Trasformazione) ad immergerci in un caso legato all'ormai noto pattern, ma soprattutto fanno tornare in campo la Massive Dynamics, messa da parte da alcune settimane. Torna in scena anche l'agente Scott ed introduce il tema dell'ambiguità e del doppio gioco che sa un po' più di Alias che di X-Files.
Ma procediamo con ordine: l'incipit dell'episodio ci porta su un aereo di linea, facendoci subito pensare al pilot della serie. Uno dei passeggeri, che conosceremo in seguito come Bowman, sta prendendo appunti che stimolano la nostra curiosità, come tecnologia avanzata, evitare la cattura e sembra pericoloso. Ad accrescere il nostro disagio, una goccia di sangue cade sul foglio: l'uomo sta perdendo sangue dal naso e la cosa sembra preoccuparlo. Con freddezza, ma decisione, il passeggero chiede assistenza alla hostess, chiedendole di procurargli quanti più tranquillanti possibile, poi si chiude in bagno e chiede di lasciarlo rinchiuso lì se non dovesse essere più lui una volta procurati i farmaci. Gli assistenti di volo sono dubbiosi, ma da dietro la porta chiusa la sofferenza dell'uomo è evidente e noi lo vediamo perdere i denti, sanguinare e contorcersi mentre aculei spuntano dalla sua schiena. Sicuramente l'uomo non era consapevole del risultato della sua trasformazione, perchè l'essere metà uomo, metà porcospino, che sfonda con la forza la porta del bagno non sarebbe potuto essere fermato così facilmente. E le immagini successive, che ci mostrano l'aereo che precipita (dal quale ci sembra di cogliere qualcosa che viene eiettato: qualcuno o qualcosa si è salvato dal disastro?), ci fanno capire che infatti non sono riusciti a fermarlo.
La prima domanda di Olivia, una volta giunta sul luogo del disastro aereo, riguarda il perchè quel caso sia di loro competenza e la risposta le viene indicata da Broyler tra i cadaveri dei passeggeri, perchè quell'essere carbonizzato con le spine sulla schiena non è evidentemente umano. A Walter, però, basta un'occhiata per capire che in precedenza lo è stato, così come ad Olivia basta un'occhiata alla lista dei passeggeri per notate un volto noto: Marshall Bowman, un volto che Olivia ha visto nei ricordi dell'agente Scott mentre immersa nella vasca. Difficile spiegare al collega Charles perchè sia così sicura, ma lui la conosce abbasta da sapere che questo suo istinto può essere esatto. Una spiegazione è però necessaria quando esaminando gli incartamenti relativi a Bowman, Olivia riconosce un altro volto noto, quello di Hicks, una spiegazione che il collega è propenso ad accettare, tanto da acconsentire alla sua richiesta di prelevare l'uomo per fargli qualche domanda. Ma proprio nel corso dell'interrogatorio, Hicks inizia la stessa mutazione di Bowman e solo l'intervento del dottor Bishop armato di tranquillanti riesce a fermare, almeno momentaneamente, il processo.
Nel palmo della mano di Bowman ed Hicks, però, sono stati rinvenuti due piccoli dischi di vetro, come quello che avevamo già visto nell'episodio Il network fantasma ed Olivia vorrebbe riesumare il cadavere di Scott per ulteriori indagini. Viene così a sapere che il corpo dell'uomo si trova presso la Massive Dynamics, dove la Sharp ed i suoi uomini sono al lavoro per cercare di estrarre informazioni utili dal dispositivo: l'uso è infatti quello di immagazzinare dati, ma temono che la morte del corpo in cui il disco è installato ne possa causare la cancellazione. Questo il motivo del corpo di Scott che in passato abbiamo visto in una incubatrice presso la sede della multinazionale: è tenuto in una condizione di stasi per limitare il rischio di rovinare i dati contenuti nel disco di vetro.
La Sharp, però, accenna ai pochi dati che per il momento sono riusciti ad estrapolare e sembrano indicare che l'agente Scott facesse parte di una cellula terroristica e che il virus che ha infettato Bowman ed Hicks è solo la punta dell'iceberg, perchè c'è in gioco una vendita di questo virus.
Con la consulenza di Hicks, a cui Bishop ha iniettato un antidoto sperimentale che ha messo in piedi per fermare la trasformazione, e con l'accompagnamento di Peter, Olivia va all'appuntamento con gli emissari di Conrad per la vendita del virus. Uno scambio che sembra andare per il meglio, grazie alle dritte di Hicks via auricolare ed alla capacità di improvvisazione di Peter, che sembra trovarsi molto a suo agio in questa situazione, facendoci interrogare sul suo passato e sulle situazioni in cui si sarà venuto a trovare nel corso del tempo. Alla lunga, però, i loro interlocutori capiscono che qualcosa non quadra e solo l'intervento della task force dell'FBI, in attesa del via di Olivia, mette le cose a posto. Conrad ed i suoi uomini, quindi, sono al sicuro ed al povero Hicks viene iniettato un vero antidoto in possesso dei terroristi.
Rimane il tempo per un'ultima immersione nella vasca, prima che l'organisco di Olivia riesca ad assimilare completamente la coscienza dell'agente Scott, rendendole impossibile accedere ancora ai suoi ricordi. Un ultimo incontro che permette ad Olivia di dare la giusta conclusione alla sua storia con l'uomo che amava, la cui memoria è ora riabilitata... almeno fino a quando non ci verranno dati indizi in senso contrario, cosa che ci aspettiamo si verifichi molto presto.