Se le ottime precedenti puntate di questa terza stagione avevano preparato il campo per una guerra annunciata tra Dexter e Miguel, con questa Go Your Own Way si arriva allo scontro frontale tra i due, nell'episodio probabilmente migliore di questa stagione. E se il picco d'intensità è per forza di cose dedicato al massimo contrasto tra i due indiscussi protagonisti della stagione, c'è anche spazio per interessanti divagazioni sugli altri personaggi della serie. Si parte con un quadretto fintamente idilliaco con Rita e Dex a cena con Miguel e Syl, i quali si offrono come offerenti del pranzo nuziale come regalo di matrimonio. Una proposta improvvisa, irrifiutabile secondo Rita. Non è dello stesso avviso Dexter, che in macchina, senza svelarle nulla di compromettente sulla sua "particolare" amicizia con Miguel, comincia a metterlo in cattiva luce. Dexter fa cenno all'ingombrante ego di Miguel per giustificare la sensazione di trovarsi progressivamente di fronte all'uomo che non credeva fosse, ma Rita si autoconvince che Dex faccia riferimento a una relazione amorosa extraconiugale con Maria Laguerta. Ne è cosi ossessionata che Dexter non riesce a ribattere e finisce per provare un grande sollievo dall'incontro con la sorella. Non è lo stesso per Anton sorpreso a casa di Debra dai due. Dexter, incapace come sempre di utilizzare forme sociali convenzionali, chiede a Anton se verrà al matrimonio con Debra, non pensando a quando sia riservata la loro relazione, essendo lui un informatore chiave nella vicenda dello scorticatore.
Il giorno successivo al distretto, Maria comunica il nome di un sospettato per l'omicidio di Ellen: Tobby Edwards, il barista che era stato abbordato dalla vittima e che dal registro delle chiamate emerge l'abbia chiamata tre volte la notte dell'omicidio. Inoltre viene emesso un mandato di ricerca per una fede in platino. Intanto Quinn dimostra, dal rapporto della sorveglianza dalla scorta che è a conoscenza della visita di Anton a casa di Debra e allerta la collega di non giocarsi il distintivo per una cosa del genere, assicurandola comunque che non sarà mai lui a fare la spia. Angel invece riceve una chiamata che lo scuote particolarmente e chiede a Quinn di coprirlo.
Dexter e Miguel hanno nel frattempo occasioni di confrontarsi duramente sull'omicidio di Ellen. Dexter, sempre più deciso a tagliare i ponti con Prado cerca di metterlo allo stretto, promettendogli copertura nel caso di eventuali evidenze contro di lui a patto che dopo il matrimonio esca definitivamente dalla sua vita. Intanto Angel è arrivata in ospedale dove trova Gianna ferita e cerca di capire chi l'abbia aggredita. Trovando la chiave con cui lei ha colpito il molestatore, decide di trattenere la prova per occuparsene personalmente, chiedendo a Dexter se possa rintracciare il sangue con discrezione e rapidità.
L'interrogatorio di Laguerta a Tobby è duro e serrato ma il sospettato giura di aver solo provato a chiamare Ellen ma di non avere niente a che fare con l'omicidio. La conferma arriva da Quinn che è in contatto con quattro testimoni che lo hanno visto passare tutta la sera al bar e le videocamere di sicurezza lo confermano. Le dichiarazioni di Tobby vengono comunque utili a Maria, quando dice di aver visto davanti casa di Ellen di un uomo con un SUV nero, con dei fari alogeni accesi che veniva dalla corsia opposta. Intanto Rita non resiste al desiderio di parlare con Syl, riguardo Miguel e gli rivela della sua storia con Maria al negozio di vestiti da sposa, mentre ne sta indossando uno.
Al distretto Laguerta va su tutte le furie con Dexter perché in contabilità stanno facendo domande su una richiesta di laboratorio riguardo la chiave che sta analizzando, ma finisce subito per scusarsi per il tono usato. Dexter la tranquillizza dicendole che se ne occuperà lui, ma sorpreso dello stato di crisi di Maria teme che Miguel possa utilizzarlo a suo favore.
Anton arriva in centrale e incontrando Quinn ha modo di chiarirsi sulla sua posizione. Venuto però a scoprire che è stato usato come informatore non ufficiale perde le staffe e lo colpisce. L'intervento di Debra lo calma, ma la situazione è critica perché lei gli ha mentito, facendo passare la situazione per un errore formale per proteggere Quinn. Anton se ne va deluso chiedendole di riflettere sulla loro storia e sulle sue priorità. Miguel invece prosegue la sua strategia e approfittando della debolezza di Maria, finisce per baciarla ricordandole i vecchi tempi. Ma Dexter controattacca immediatamente bussando a sorpresa a casa di Maria e con la scusa di chiederle scusa per quello che accaduto in centrale, fa sentire a Prado la sua presenza. Ma le armi a suo favore diventano più taglianti per una coincidenza; la confessione di Rita infatti spinge anche Syl a casa di Laguerta e colti sul fatto, la moglie di Miguel decide di lasciarlo. Sconvolto Miguel se ne va, abbagliando Maria con i suoi fari, probabilmente destando dei sospetti su di lui.
Il giorno seguente il confronto tra Dexter e Miguel assume i connotati della guerra e Prado si dimostra pronto a usare il caso di Debra con Anton come risposta a quanto accaduto la sera prima, a meno che lui tenga d'occhio il caso di Ellen e lo favorisca in ogni circostanza. Ma la scaltrezza di Dexter gli fa escogitare un sistema per convincere la madre di Miguel ad aprirgli quando lui non è in caso, riuscendo a trovare nel suo studio la prova più schiacciante contro di lui: l'anello di Platino di Ellen. Tornato in ufficio, comunica i risultati del campione di Dna rintracciato sulla chiave a Batista, allertandolo con fare paterno al rischio della vendetta personale. Ma due omicidi sono già troppi e il tenente dimostra di saper resistere alla tentazione e arresta l'assalitore di Gianna.
Siamo alla svolta definitiva: Dexter e Miguel si incontrano sul tetto del dipartimento e le continue minacce di Prado lo convincono di aver sbagliato tutto con lui e che aveva ragione il padre a non voler far entrare nessuno nel suo mondo interiore. Dexter se ne va con un ghigno di soddisfazione, ma Miguel chiama King, lo scorticatore, che ha osservato tutta la scena per suggerirgli di occuparsi di lui, se davvero vuole sapere che fine ha fatto Freebo. Dexter non fa in tempo a godersi i suoi propositi di omicidio verso Miguel che, mentre entra in macchina, viene assalito da King chegli mette un sacco in testa, lo lega e lo porta via.