La sedicesima stagione della serie televisiva NCIS - Unità anticrimine (16), composta da 24 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 25 Settembre 2018 al 21 Maggio 2019. Disponibile in Italia dal 31 Marzo 2019 al 23 Novembre 2019.
Un mese dopo il rapimento di Vance, Gibbs viene promosso come Direttore in carica fino a quando il team non riuscirà a scoprire dove viene tenuto prigioniero Vance.
Quando un tenente dell marina viene ritrovato assassinato in una vasca da bagno, il team interroga i suoi vicini di casa, dei tipi un po' strani. Nel frattempo Torres affronta le conseguenze di una notte brava con Palmer.
La squadra indaga su un'esplosione avvenuta di fronte alla casa di un sottufficiale della marina, sposato con una famosa star televisiva.
Gibbs è in vacanza in una remota baita nei boschi, ma il suo tempo libero viene interrotto dagli amici e da una chiamata dell'NCIS che lo avvisa di un rapinatore che si sta nascondendo in quella zona.
Gibbs e gli altri stanno lavorando per esonerare Ray Jennings, un Marine che sa scontando una condanna a vita per un omicidio; dopo il ritrovamento di un nastro registrato vecchio di cinquant'anni il caso viene riaperto con nuove prove.
E' la notte di Ognissanti e su una scena del crimine Torres riconosce la vittima, avendola conosciuta durante il suo addestramento. Jimmy pensa che il suo laboratorio sia infestato da una qualche presenza.
Dopo il furto di un'opera d'arte di un'artista di strada, le indagini dell'NCIS portano a una cospirazione che coinvolge una compagnia militare privata e la sicurezza dei mammiferi marini.
McGee e Bishop si recano in Afghanista dopo che un caso di omicidio negli States viene collegato a un gruppo di soldati uccisi oltreoceano da "fuoco amico". Kasie lascia il laboratorio e accompagna Torres nelle indagini sul campo.