La terza stagione della serie televisiva Grey's Anatomy (3), composta da 25 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 21 Settembre 2006 al 17 Maggio 2007. Disponibile in Italia dal 12 Febbraio 2007 al 9 Luglio 2007.
Trama di Grey's Anatomy 3. Dopo la morte di Denny, Izzie abbandona il lavoro e trascorre le sue giornate a sfornare dolciumi, cercando di superare il dolore per la perdita del suo amore. Mentre impasta biscotti, cerca di capire cosa ne sarà del suo futuro e soprattutto cosa fare dei milioni ereditati da Denny. Izzie capisce che la chirurgia è la sua strada e si ripresenta al Seattle Grace per riprendere le fila della sua vita ma la Bailey le proibisce di mettere mano ai pazienti, dicendole che dovrà attenersi a questa regola per riconquistare la sua fiducia. Izzie accetta le limitazioni imposte, consapevole di aver agito in modo scorretto e di aver tradito la buona fede della sua insegnante. Nel frattempo Cristina sprona Burke ad esercitarsi per ritornare a operare al più presto, ma i tremori alla mano non sono ancora scomparsi. Preoccupata per la carriera del suo uomo, Cristina lo convince a non dir niente al suo capo e insiste perchè Preston le insegni le procedure più complicate, in modo da poterlo sostituire in sala operatoria al momento del bisogno. Da ambiziosa che era Cristina diventa quasi ossessionata e non fa che studiare giorno e notte per imparare tecniche di chirurgia. Il gioco va avanti per un po', ma la Bailey comincia a sospettare che ci sia qualcosa di strano, considerato che tutti gli interventi più particolari e interessanti finiscono nelle mani di Cristina. George continua la sua storia con Callie, ma senza dare troppo importanza alla cosa; suo padre viene ricoverato per un problema cardiaco e ovviamente insiste perchè sia Preston a operarlo. Tuttavia sia Burke che Cristina sono ormai stremati dallo stress e dai sensi di colpa e George scopre tutto, indignandosi con entrambi e richiedendo un altro chirurgo per suo padre. In seguito a questo incidente, Cristina confessa tutto a Webber il quale affronta Preston e gli intima di sottoporsi a un altro intervento con Derek. Meredith e Derek stanno finalmente insieme e cercano di far funzionare la loro storia, ma le cose non sono così semplici. Meredith cerca anche di recuperare il rapporto con suo padre e la sua famiglia ma anche qui la situazione è complicata e dolorosa. Mentre un team dell'ospedale sta prestando soccorso al molo, dove è accaduta una tragedia e ci sono decine di feriti, Meredith cade in acqua e rischia di morire, mentre Izzie si ritrova a operare un uomo con dei ferri da manovale. Addison e Alex si avvicinano e l'attrazione tra i due è tangibile; Alex pondera sul suo futuro e sulla sua carriera di chirurgo plastico, mentre Addison riceve un'offerta di lavoro che la porterà via da Seattle.
Meredith deve prendere una decisione molto importante che deciderà il futuro della sua vita amorosa. Mentre riflette sulle conseguenze delle possibili alternative, rivive alcuni momenti del suo passato. Cristina trascorre del tempo accanto a Burke mentre quest'ultimo è in fase di remissione. Webber e Adele hanno un confronto dopo che lui ha trascorso la notte in ospedale. Izzie ha deciso di andarsene e tutti cercano di abituarsi all'idea. George parla con Derek e gli chiede consigli d'amore.
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Cristina fa conoscenza dei genitori di Burke mentre gli interni cercano di far cambiare idea a Izzie sulla sua scelta di lasciare l'ospedale. Alcuni sono perplessi dal fatto che Bailey non è intervenuta per parlare con Izzie e si chiedono il perché di questo comportamento. Webber scopre che Callie vive in ospedale e le chiede spiegazioni in merito.
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Lo staff tenta di impedire che un paziente riceva un'operazione rischiosa. Cristina cerca di aiutare Preston ad affrontare gli effetti post operatori del suo intervento chirurgico. Alex si occupa di un paziente con una storia clinica piena di incidenti. Un paziente viene operato ma sua moglie potrebbe non avere la forza per accettare le conseguenze dell'intervento. Izzie trova il coraggio di tornare in ospedale dopo la morte di Denny mentre la relazione di George e Callie fa qualche passo avanti.
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Un venditore di auto, Shawn Sullivan, ha appena subito un intervento chirurgico e cerca di affrettare il ritorno alla sua vita e alla sua attività. Addison si occupa di una donna incinta di nome Rebecca che potrebbe aver bisogno di un parto cesareo, ma la paziente insiste per avere un parto naturale. Mark e Derek discutono sulla terapia da adottare per un paziente vittima di ustioni. Izzie riceve una sorpresa inaspettata. Cristina spinge Burke a impegnarsi di più per rimettersi in piedi.
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Derek scopre uno dei segreti di Addison. Bailey si occupa di una paziente che deve essere operata a un tumore, purtroppo la donna soffre anche di depressione e non riesce ad avere la forza necessaria per prendere decisioni per il suo futuro. Uno dei dottori è interrogato in merito alla morte di un paziente. Meredith e Addison si occupano di una coppia di ex, che usa incontrarsi clandestinamente, arriva in ospedale perché rimasti 'incastrati' l'uno nell'altra. La situazione si fa ancora più imbarazzante quando in ospedale arriva la figlia, Michelle.
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Cristina è scelta per partecipare a un'operazione molto rara, suscitando l'invida dei suoi colleghi. Alex si interroga sul suo futuro come chirurgo plastico. George e Addison lavorano insieme con Noelle, una donna incinta di due gemelli, di cui uno cresce più lentamente dell'altro. La sorella di Derek arriva in visita a Seattle. La moglie di un paziente manda in crisi lo staff col suo atteggiamento esasperante, la donna ha di fatto trasformato l' assistenza al marito in un lavoro a tempo pieno.
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Lo sfaff maschile del Seattle Grace decide di andare in campeggio. Addison e Callie si occupano insieme di un paziente mentre Meredith assiste Sloane in una procedura insolita. Bailey, insospettita dal comportamento di Cristina, decide di affrontarla e chiarire le cose una volta per tutte. Un bambino di nove anni ingoia un pezzo del gioco del Monopoli, mentre una giovane donna incinta viene ricoverata dopo che è scivolata nella doccia. La ragazza non vuole assumere antidolorifici per non nuocere al feto. Un altro paziente arriva al Seattle Grace, Daniel, che vuole operarsi per cambiare sesso. Daniel, o meglio Donna come si fa chiamare, è accompagnato dalla moglie che dopo dieci anni di matrimonio e dopo aver molto penato per accettare questa decisione, ha deciso di rimanere a fianco del consorte, nel bene e nel male.
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Il padre di George ha un grave problema cardiaco che richiede una delicate operazione; ovviamente Goerge chiede a Burke di effettuare l'intervento, ma Preston è assalito dai dubbi. Cristina insiste perché procedano come stabilito, convinta che grazie al suo aiuto Burke riuscirà a portare a termine l'intervento. Derek e Meredith cercano di far funzionare il loro rapporto, e allo stesso tempo Derek tenta di avere un rapporto più civile con Addison. Un paziente si sottopone a molteplici interventi di chirurgia estetica per piacere di più alla sua fidanzata. La madre di una bambina ricoverata al Seattle, pretende che la babysitter venga licenziata perché la ritiene responsabile delle condizioni della figlia, ma la ragazzina ha molto più a cuore la babysitter che non sua madre.
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Un incidente d'auto molto grave riempie il pronto soccorso del Seattle Grace di feriti. Izzie è ritornata al lavoro, ma la Bailey le ha proibito di occuparsi direttamente dei pazienti, tuttavia la ragazza non riesce a trattenersi dall'intervenire quando l'occasione lo richiede. Cristina comincia ad avere delle crisi di coscienza per il modo in cui lei e Burke stanno ingannando il primario e i colleghi.
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La storia tra Burke e Cristina subisce una frattura considerevole, Mark e Derek si occupano di due gemelli siamesi che hanno deciso di separarsi per poter avere una vita normale. Una delle sorellastre di Meredith viene ricoverata al Seattle Grace.
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Meredith scopre che Derek ha problemi a dormire con lei e che ogni notte sguscia via dal letto per andarsene sul divano; mentre si trova in ospedale riceve una visita di suo padre. Non si sa ancora chi sarà il chirurgo che opererà il padre di George, nel frattempo tutta la famiglia arriva in visita all'ospedale per fargli compagnia negli ultimi istanti prima dell'intervento. Una paziente di nome Heather è ricoverata per una grave malattia che le ha deformato la colonna vertebrale e le continue operazioni a cui si è dovuta sottoporre le hanno amareggiato il carattere. Cristina e Burke non si parlano più e nessuno dei due è intenzionato a mollare per primo.
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Cristina e Burke continuano nella loro disputa silenziosa, fino a che uno dei due decide di averne abbastanza. Derek e Meredith litigano per le loro abitudini notturne. Meredith cerca di parlare con suo padre e di ascoltare la sua versione dei fatti in merito al fatto che ha abbandonato lei e sua madre durante la sua infanzia. Addison si ritrova in un'atmosfera carica di tensione, quando si scopre attratta da Alex, inoltre ha delle faccende in sospeso con Mark. Callie ascolta le confidenze di Addison e in seguito corre al capezzale del padre di George quando viene a sapere che l'uomo ha bisogno di un'operazione urgente. Izzie viene finalmente a patti con la realtà e trova il modo di utilizzare l'eredità avuta da Denny.
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George si trasforma in una macchina del sesso, la dott. Bailey sta pensando di aprire una clinica gratuita per i bisognosi. Un membro dello staff riceve una proposta di matrimonio; Addison sta evitando accuratamente Alex mentre il Primario annuncia che ha deciso di lasciare la carica di dirigente. Infine Derek perde le staffe con Meredith e decide di dirgliene quattro.
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L'annuncio fatto da Webber in merito al suo imminente ritiro scatena una fiera competizione tra Derek, Burke, Addison e Mark. A surgical patient endangers the lives of those surrounding her. La madre di Meredith ottiene un notevole miglioramento e diventa più lucida. Cristina e Callie stanno ponderando sulle proposte ricevute dai rispettivi uomini. La Clinica costruita con i soldi ricevuti da Denny Duquette apre i battenti e Izzi aspetta ansiosa il primo paziente.
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Un nave mercantile si scontra con un Ferryboat nei pressi del porto, lasciando numerosi feriti. Il Capo organizza una squadra di medici da mandare sul posto per assistere nei primi soccorsi e Izzie si ritrova a dover soccorrere un uomo rimasto incastrato tra le macerie con un grave trauma cranico. Per soccorrere un uomo Meredith finisce in acqua, ma nessuno se ne accorge.
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Sul luogo dell'incidente Derek è alla disperata ricerca di Meredith, la quale è sott'acqua e ha perso conoscenza. Mentre si trova in una specie di limbo, Meredith rivede dei volti familiari e si chiede quale sia il suo posto nel mondo e s'interroga sulla sua volontà di ritornare alla vita. Addison invece, continua a pensare ad Alex. Izzie tenta di salvare la vita dell'uomo che ha soccorso e purtroppo deve prendere drastiche misure per risolvere la situazione. Cristina e Burke litigano furiosamente sull'annuncio del loro matrimonio.
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Meredith si trova in bilico tra la vita e la morte e tutti al Seattle Grace sono in attesa di buone notizie. Le persone e i medici sopravvissuti all'incidente stanno ancora affrontando le conseguenze del disastro e i parenti delle vittime cercano i propri cari tra i volti dei pazienti del Seattle.
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Alex si occupa di una paziente senza identità, una Jane Doe, e prende a cuore il suo caso. Helen Crawford, amica di un membro dello staff, arriva a Seattle per un'operazione. Colin Marlow si propone come candidato come Capo dello staff. George si trova in una situazione complicata tra Izzie e Callie. Un veterano della Seconda Guerra Mondiale viene ricoverato in ospedale e Derek si occupa di un caso che gli sta molto a cuore.
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Il padre di Callie arriva al Seattle Grace e fa la conoscenza di George. L'amministrazione comincia i colloqui per il posto vacante di Dirigente lasciato da Webber. Alex continua a rimanere vicino a Jane Doe e ad aiutarla a riprendere la fila della sua vita. George e Izzie mostrano chiari segni da 'mattina del giorno dopo'.
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Colin Marlow continua a intromettersi nella relazione tra Burke e Cristina. La figlia di Izzie, che lei diede in affidamento alla nascita, ha bisogno di lei. I pazienti ricoverati sono un giocatore di scacchi professionista, una donna un po' civetta e la signora Malone, che non parla con sua figlia da molto tempo per via di suo genero.
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Callie parla con Izzie e le dice che è al corrente di quello che sta succedendo tra lei e George. La clinica in memoria di Denny riceve i primi pazienti. Derek comincia a interrogarsi sulla sua relazione con Meredith. Il Direttore generale del Seattle Grace viene ricoverato.
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Meredith cerca di far funzionare il suo rapporto con Susan e Thatcher, Cristina è presa tra due fuochi: sua madre e la sua futura suocera. Alex e Jane Doe/Ava sono sempre più vicini. Il rapporto tra Meredith e Derek incontra un ostacolo che necessita di una soluzione veloce. Addison riceve un'offerta di lavoro lontano da Seattle, che la porterebbe più vicino ai suoi vecchi amici dell'Università. Convinta che cambiare aria sia una buona idea, Addison considera attentamente la proposta. Burke ha dei ripensamenti sul matrimonio. Una donna incinta non sa chi è il padre del suo bambino.
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Meredith cerca di far funzionare il suo rapporto con Susan e Thatcher, Cristina è presa tra due fuochi: sua madre e la sua futura suocera. Alex e Jane Doe/Ava sono sempre più vicini. Il rapporto tra Meredith e Derek incontra un ostacolo che necessita di una soluzione veloce. Addison riceve un'offerta di lavoro lontano da Seattle, che la porterebbe più vicino ai suoi vecchi amici dell'Università. Convinta che cambiare aria sia una buona idea, Addison considera attentamente la proposta. Burke ha dei ripensamenti sul matrimonio. Una donna incinta non sa chi è il padre del suo bambino.
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Gli interni si preparano ad affrontare l'esame di fine anno, il più importante della loro carriera medica. Callie continua a nutrire sospetti su George e Izzie. Lo staff si occupa di tre scalatori e di un paziente di nome Dale. Cristina si sta impegnando per scrivere le sue promesse nuziali. Adele confida un segreto a Addison e le chiede di non farne parola con Richard.
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Callie e George prendono una decisione molto importante. Finalmente viene nominato il successore di Richard Webber come Capo dello staff. Un uomo di nome Jeff Pope arriva al Seattle Grace in cerca di sua moglie e suo figlio. I risultati degli esami sono pronti e tutti si preparano per il matrimonio di Cristina e Burke.
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Shonda Rhimes ha eliminato il personaggio più amato di Grey's Anatomy lasciando i fan in stato di shock: nonostante le proteste e le petizioni per far tornare in vita il dottor Stranamore, la serie dovrà continuare senza il suo neurochirurgo. Anche se Derek non avrà il suo lieto di fine, il bel dottore in 11 stagioni ha vissuto dei gran momenti rimasti impressi nel pubblico.
Sabato 29 e domenica 30 settembre il canale del digitale terrestre di Mediaset ospita una full immersion negli episodi della terza stagione della serie ideata da Shonda Rhimes.