La terza stagione della serie televisiva X-Files (3), composta da 24 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 22 Settembre 1995 al 17 Maggio 1996. Disponibile in Italia dal 5 Novembre 1996 al 3 Aprile 1997.
Trama di X-Files 3. Dana è in preda all'angoscia per la sparizione di Mulder che nel frattempo è tratto in salvo da Albert Hosteen e altri membri della sua tribù. I Navajo mettono in pratica un antico rituale per riportare in vita l'agente dell'FBI e sempre grazie all'aiuto di Hosteen, Skinner riesce ad escogitare un piano per assicurare l'incolumità di Scully e Mulder, mettendoli al sicuro dall'Uomo che Fuma. Durante le indagini su 'normali' x-files, i due s'imbattono in alcuni indizi che li conducono in una vecchia miniera dove trovano uno sterminato archivio medico che contiene i dati di milioni di cittadini americani. Tra i vari files, Mulder trova anche quello di sua sorella Samantha, ma scopre che in realtà quel file era destinato a lui. Scully fa la conoscenza di un gruppo di donne che hanno subito la sua stessa esperienza e nonostante non riesca ad accettare la realtà non può farne a meno quando si trova di fronte a prove inconfutabili: tutte loro hanno un microscopico chip impiantato alla base del collo. Dana lo fa rimuovere chirurgicamente per farlo controllare e risulta essere talmente avanzato tecnologicamente da non poter essere umano. Un'altra notizia scioccante piomba sulle sue spalle: sua sorella Melissa viene uccisa da Krycek mentre entra nell'appartamento di Dana. Mulder è sulle tracce di Krycek, il quale però è stato infettato dal cancro nero, una sorta di 'olio nero' senziente che prende possesso del corpo che infetta. Sconvolta per la morte di Melissa, Dana diventa ancora più agguerrita nelle sue ricerche per scoprire la verità e nel corso delle indagini su altri x-files, Mulder e Scully si trovano a indagare su uomo molto distinto, Jeremiah Smith, che mostra di possedere dei poteri di guarigione incredibili. Purtroppo non sono gli unici a essere sulle tracce di Smith, anche il cacciatore di taglie alieno lo sta inseguendo, per ucciderlo, e Mulder si separa da Scully per mettere in salvo Jeremiah. In fuga dal cacciatore, i due si dirigono verso una fattoria dove coppie di bambini, dei cloni, allevano api. In realtà le api non sono normali, ma sono destinate a essere il mezzo con il quale gli alieni prenderanno il controllo degli umani il giorno prestabilito per la colonizzazione.
Scully viene informata che la sua carriera nell'F.B.I. è a rischio. Nonostante Mulder sia ancora disperso, Dana sente che è ancora vivo. Le sue speranze sono confermante dalle informazioni avute da un uomo dall'aspetto distinto, che la avvicina al funerale del padre di Mulder. Il Fumatore è ancora alla ricerca dei file rubati. I Navajo trovano il corpo di Mulder nel deserto e mettono in pratica un antico rito per richiamare lo spirito di Mulder all'interno del suo corpo.
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Il Vicedirettore Skinner e Scully sono ad un' udienza disciplinare quando Mulder entra all'improvviso e scopre che Skinner è in possesso del nastro con i file rubati. Finalmente riuniti, Scully e Mulder seguono una pista che li conduce all'interno di una miniera abbandonata dove scoprono un immenso archivio di dati medici sui cittadini americani. Nel frattempo Skinner, con l'aiuto di Albert Hosteen, fa un patto con il Fumatore per garantire la sicurezza di Mulder e Scully.
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Mulder e Scully investigano su una serie di morti misteriose. Tutte le vittime sono state colpite da un fulmine e solo una è sopravvissuta. Gli indizi provano che il ragazzo ancora in vita potrebbe essere responsabile per gli altri decessi.
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Una serie di efferati delitti ha un unico elemento comune: tutte le vittime erano chiromanti o astrologi. Mulder e Scully indagano con l'aiuto di Clyde Bruckman, che ha la particolare abilità di prevedere in che modo moriranno le persone.
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Un uomo condannato a morte proclama la sua vendetta proprio mentre è sulla sedia elettrica. Dopo l'esecuzione, cinque persone che lo hanno maltrattato in prigione, muoiono in misteriose circostanze.
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Un cadavere quasi disciolto viene trovato all'interno di un'auto. Gli indizi portano ad un uomo con un'anomalia genetica che irretisce donne in soprappeso attraverso chat on line.
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Dopo un tentano suicidio e omicidi multipli in un ospedale militare, Mulder e Scully incontrano un soldato a cui mancano braccia e gambe, che ha acquisito la capacità di abbandonare le sue spoglie terrene e la usa per vendicarsi dei suoi comandanti.
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Mulder chiede l'aiuto di Lucy Householder, una donna che lui crede abbia una connessione con una ragazzina rapita, tenuta in ostaggio dallo stesso uomo che anni fa aveva rapito anche Lucy.
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Mulder compra una videocassetta di un'autopsia di un alieno. Convinto della sua autenticità, coinvolge Scully sulle tracce del fautore del nastro, solo per trovarlo assassinato sul suo letto. Le tracce portano ad una cospirazione nazionale che coinvolge scienziati giapponesi delle Seconda Guerra Mondiale, portati negli Stati Uniti per continuare i loro esperimenti. Durante le indagini Scully viene a conoscenza di indizi su quanto le è accaduto durante il rapimento.
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Mulder è intrappolato in un vagone ferroviario che forse contiene un ibrido alieno - umano e una bomba. Scully incontra un gruppo di donne che hanno subito la sua stessa esperienza e che hanno lo stesso congegno che lei ha espiantato dal collo.
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Mulder e Scully si scambiano i ruoli durante le indagini di una serie di omicidi le cui vittime sono tutti predicatori. Gli agenti devono trovare e proteggere un ragazzino che potrebbe essere la prossima vittima. Mentre Scully si convince che il caso presenta aspetti paranormali, Mulder è convinto che ci sia un'altra spiegazione.
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Una piccola città è in preda al panico quando numerosi morti sono collegate alla presenza di scarafaggi. Mulder si trova sul posto e da una mano agli investigatori del posto, con l'aiuto telefonico di Scully.
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Un rarissimo allineamento planetario causa un comportamento bizzarro nei residenti di una piccola cittadina, in particolare in due ragazze che sono nate esattamente nello stesso momento. Una serie di morti inspiegabili porta Mulder e Scully a investigare da vicino e anche loro subiranno l'influenza degli astri.
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Un serial killer è catturato dopo tre anni di ricerche. Dichiara che uno spirito maligno è responsabile per i crimini da lui commessi. Quando le uccisioni continuano anche mentre lui è in carcere, Mulder si scontra con un suo ex collega affermando che potrebbero esserci attività paranormali legate al caso.
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Una nave francese è alla ricerca di un aereo da combattimento della seconda guerra mondiale disperso in mare. Quando finalmente trovano i resti si trovano faccia a faccia con qualcosa che è sopravvissuto all'interno del relitto sott'acqua per circa sessant'anni. Mulder si reca a Hong Kong sulle tracce di colui che ha venduto le informazioni ai francesi per il recupero dell'aereo. Sul posto si imbatte in Krycek, che sta vendendo informazioni provenienti dai documenti MJ.
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Mulder è all'inseguimento di Krycek, senza sospettare che Alex è posseduto da un alieno sotto forma di un olio nero. Nel frattempo il vicedirettore Skinner viene minacciato di non proseguire le indagini sulla morte della sorella di Scully.
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Mulder e Scully vengono chiamati per il caso di Robert Patrick Modell, un assassino che ha facoltà psichiche in grado di plagiare le persone fino ad atti estremi. Quando Mulder si unisce alle indagini, Modell scopre di aver trovato un degno avversario e lo sfida apertamente.
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Il dissotterramento di un'antica urna funeraria Ecuadoriana, provoca una serie di proteste ufficiali e di morti inspiegabili dovute alla maledizione che protegge il reperto.
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Le morti di uomini cinesi, trovati con organi espiantati prima della morte, portano Mulder e Scully a Chinatown, dove le persone giocano i loro organi in una lotteria mortale, in cambio della possibilità di vincere una fortuna.
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Il rapimento di due ragazzi è fonte di controversie tra le forze di polizia locali e gli agenti speciali Mulder e Scully. Le versioni dell'accaduto sono molteplici e discordanti. Mulder decide di far ipnotizzare la ragazza per accertare la verità.
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Durante l'incontro occasionale di una notte, il vicedirettore Skinner si risveglia accanto al cadavere di una donna con il collo ritorto. Incapace di fornire spiegazioni sull'accaduto Skinner viene accusato di omicidio. Mulder e Scully indagano per provare l'innocenza del loro capo e trovano le prove di un'entità che sembra seguire il vicedirettore anche nei suoi incubi.
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Mulder e Scully indagano su una serie di scomparse e attacchi avvenuti intorno a un lago, dove Mulder crede che la leggenda locale di un mostro marino sia fin troppo reale.
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Un uomo uccide tre persone e sua moglie convinto di uccidere sempre la stessa persona. Mulder e Scully scoprono un complotto per manipolare le menti dei cittadini che usa la televisione come elemento di controllo.
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Mulder e Scully sono alla ricerca di un misterioso guaritore che ha riportato in vita delle vittime di una sparatoria. Indagando su Jeremiah Smith, scoprono che il distinto signore potrebbe essere coinvolto nella cospirazione governativa per celare la presenza di alieni sulla Terra. Purtroppo gli agenti non sono gli unici a dare la caccia a Smith, e devono trovarlo prima che venga assassinato insieme alla verità.
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Quali sono gli episodi da recuperare in vista della nuova serie, prossimamente sui nostri schermi?