La sesta stagione della serie televisiva Scrubs (6), composta da 22 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 30 Novembre 2006 al 17 Maggio 2007. Disponibile in Italia dal 4 Ottobre 2007 al 20 Dicembre 2007.
J.D. rende pubblica la novità, ovvero il fatto che diventerà padre. Intanto il Dottor Cox è preoccupato sull'impatto che la sua costante rabbia potrà avere sulla sua progenie, e anche Carla e Turk si preparano all'arrivo del loro nuovo bebè. Elliot si sente escluso perché non ha figli.
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J.D. e Kim iniziano a fantasticare sul loro futuro e su quello del loro bambino. Turk accompagna Carla di voltata all'ospedale quando ha inizio il suo travaglio. Intanto Jordan accusa il Dr. Cox di non difendere con sufficiente energia Jack.
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J.D. e Kim sono sorpresi di scoprire quante cose hanno in comune. Intanto la puerpera Carla non vuole tornare al lavoro, ed Elliot cerca di persuadere il chirurgo veterano Dr. Turner che la medicina è la migliore opzione per lui, perché la chirugia potrebbe ucciderlo.
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Dr. Cox si sente come il suo collega Greg House quando si trova a dover risolvere diversi misteri, uno dei quali riguarda il rancore di Elliott nei confronti del Dr. Kelso. Intanto J.D. cerca di diventare un fidanzato migliore per Kim.
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Elliot inizia a concedersi qualche lusso grazie alle entrate che le assicura il suo impiego privato. J.D. si ingelosisce, e lei gli nega l'accesso ai suoi privilegi. Intanto il Dr. Cox e il custode si trovano ad essere compagni di stanza in una delle stanze migliori dell'ospedale, e Turk cerca di convincere Carla del fatto che soffre di depressione post-parto e ha bisogno di aiuto.
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Una nuova paziente ricoverata nell'ospedale si sveglia e vede tutto intorno a lei è un musical. Carla non riesce a decidersi se tornare al lavoro ed Elliot deve trovare il modo di dire a J.D. che non saranno più coinquilini.
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Vediamo l'ospedale attraverso lo sguardo del Dr. Kelso, che fa amicizia con un veterano della guarra in Iraq. La degenza del militare fa nascere un dibattito politico tra i membri del personale.
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Dopo essersi convinto ad andare a Tacoma per la prima ecografia di Kim, J.D., in compagnia in compagnia di Carla, Elliot, Keith, Ted e l'inserviente, prende il camper del Dr. Kelso per un viaggio in libertà. Jordan e il Dr. Cox hanno una brutta sorpresa quando un'esame rivela che il bambino avrà bisogno di un intervento chirurgico.
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Un medico croato arriva al Sacred Heart, e scopre di dover rifare l'apprendistato. J.D. mostra sinto di 'sincope vasovagale', una patologia che causa svenimenti e blackout. Turk e Elliot discutono su chi debba prendersi sura di lui, e Carla gioca la sua nuova carta "ho un bambino piccolo".
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J.D. ha una cotta per una nuova fisioterapista, ma, a causa dei suoi ultimi guai, non sa come chiederle di uscire insieme. Elliot chiede a Keith di andare a vivere con lei, ma senza diventare più elastica sulle sue regole domestiche. Turk si rompe un braccio e viene "degradato" dal Dr. Kelso. Grazie al Dr. Cox scopre di saperne molto meno di quanto dredesse in fatto di medicina.
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L'amnesia che colpisce un paziente innesca una serie di ricordi sul passato del personale del Sacred Heart e sui momenti migliori dello show.
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Quando il Soldato Ballerino esce dall'ospedale, l'esercito lo informa che le sue ferite sono troppo gravi perché possa tornare in servizio, per cui cade in depressione, e lo staff del Sacred Heart cerca di tirargli su il morale. Intanto l'inserviente ha un problema ittico.
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J.D. e Turk cercano di aiutare l'amico del Dr. Kelso che è senza assicurazione. Intanto lo stesso Dr. Kelso è preoccupato per un problema relativo ad un furto di vestiario. Altrove, il Dr. Cox cerca di convincere Elliot che un ex tossicodipendente non è per forza del tutto pulito, e il Curtode ricatta Carla.
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Laverne e il Dr. Cox si lanciano in un dibattito filosofico. Carla trova una graziosa tata per Isabella, e Turk cerca di non lasciare trapelare quanto ne è attratto. Elliot fa entrare abusivamente il cane di una paziente in ospedale per tirarle su il morale e finisce nei guai con il Dr. Kelso.
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A Laverne viene diagnosticata la morte cerebrale, e la famiglia decide di staccarla dalle macchine che la tengono in vita. I membri dello staff del Sacred Heart la salutano uno per volta, eccetto Carla, che rifiuta di accettare l'accaduto, e si ritrova visitata dal "fantasma" di Laverne. Lo stesso giorno, Jordan partorisce, ma il Dr. Cox non dice nulla perché non vuole che la nascita della sua bambina sia per sempre associata alla morte di Laverne.
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Dopo il funerale di Laverne, lo staff del Sacred Heart decide di mettere in atto tutto quello che lei ha insegnato loro. Carla però è infastidita dal fatto che tutti sembrano comportarsi come se nulla fosse cambiato. Il Dr. Cox cerca di prendersi 20 minuti tutti per sé ogni giorno, ma l'impresa risulta incredibilmente difficile.
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Seguiamo le giornate di Jordan, Ted e Todd. Jordan si impiccia della relazione tra Elliot e Keith, ed è infastidita quando si accorge che la cosa non le dà alcuna soddisfazione. Ted cerca di risolvere una disputa sui salari tra gli infermieri e il Dr. Kelso. Todd, invece, ha trovato la sua vocazione nella chirurgia plastica, ma ora deve convincere Turk a non interferire con il caso di una sedicenne che vuole un aumento del seno.
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Quando Keith lascia la città per qualche giorno, J.D. crede di avere la possibilità di trascorrere un po' di tempo con Elliot. Non può prevedere l'arrivo di una vecchia amica e compagna di college di Elliot che piomba a casa sua. J.D. un po' ci prova con lei, un po' ci rivaleggia per le attenzioni di Elliot. Intanto, Turk e il Dr. Cox si palleggiano un paziente ipocondriaco che in realtà non ha nulla.
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J.D. cerca di instaurare un rapporto con Melody, l'amica di Elliot, ma lei vuole solo divertirsi con lui senza andare oltre. Intanto Keith fa un'altra proposta di matrimonio a Elliot dopo che lei ha provveduto perché tutto fosse perfetto, e tutti fantasticano su come sarebbe essere sposati a Elliot. Intanto la futura sposa e Carla faticano a scoprire cosa affligge due anziani pazienti che hanno gli stessi sintomi e nessun legame apparente l'uno con l'altro.
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J.D. e Turk vanno a un convegno medico a Phoenix, in Arizona, dove incontrano la ex di J.D., il Dr. Kim Briggs, che ha una sorpresa per lui. Nel frattempo, al Sacred Heart, il Custode finge di essere il primario di medicina e il Dr. Cox inizia a instillare dubbi sul matrimonio nella mente di Elliot.
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Kim e J.D. vanno a vivere insieme per crescere il loro figlio, J.D. viene reso edotto da Turk e dal Dr. Cox su come la paternità cambia le cose. Intanto Carla si lamenta con Elliot per il problema ossessivo-compulsivo di quest'ultima mentre organizzano insieme la festa di addio al nubilato.
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J.D. e Elliot pensano al loro futuro e si chiedono se non è stato un errore scegliere di non stare insieme. L'inserviente attiva il "Brain Trust" per trovare un regalo di nozze perfetto per Elliot.
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