La nona e ultima stagione della serie televisiva One Tree Hill, composta da 13 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 11 Gennaio 2012 al 4 Aprile 2012.
Brooke e Julian cominciano ad abituarsi alla loro nuova vita con i loro figli, Haley e Nathan si trovano più o meno nella stessa situazione. Nonostante non lo sappiano ancora ci sono persone dal loro passato che stanno per riemergere e mettere i bastoni tra le ruote ai loro piani per il futuro. Quinn e Clay stanno affrontando un misterioso problema.
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Brooke sta discutendo una nuova idea per il suo lavoro con suo padre mentre Julian è preoccupato per i suoi investimenti. Quinn convince Clay a chiedere aiuto per i suoi problemi di insonnia, mentre Millie ha delle difficoltà ad essere onesta con Mouth. Chris Keller si presenta ad Alex con un'offerta succulenta mentre Nathan si offre volontario per andare a lavorare in Europa lasciando Dan con Haley e Jamie.
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Dan da' una mano a Haley che si trova in difficoltà, Quinn è dispiaciuta quando scopre che Clay le sta nascondendo qualcosa. Chase cerca di rattoppare un cuore spezzato mentre Brooke ci rimane male quando il suo appuntamento per pranzo con suo padre non va come sperato. Julian commette un errore che gli cambierà la vita.
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Clay finisce nei guai e Quinn viene coinvolta, nel frattempo Julian affronta i suoi sensi di colpa mentre una nuova caffetteria apre in città.
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Nathan sembra essere scomparso da casa, Haley cerca di rintracciarlo e sospetta che Dan abbia qualcosa a che fare con la sua sparizione. Tara da' a Brooke una pianta infestata di scarafaggi cosa che porta Brooke a distruggere il Caffè di Tara. Chase continua a sentirsi in colpa per essere andato a letto con Tara alle spalle di Chris, mentre Chuck trascorre tutto il suo tempo e le sue attenzioni su Keller e suo padre, che è finalmente tornato a casa. Clay decide di andare in rehab e Quinn trascorre il tempo facendo da babysitter a Jamie e Lydia.
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Dan chiede aiuto a Julian per continuare a cercare Nathan. Mouth mette Clay al corrente della situazione e Haley spiega la scomparsa di Nathan a Jamie. Brooke ha un'idea su come portare clienti al Caffè di Karen e Chris si confronta con Chase a proposito di Tara.
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Haley cerac aiuto a Lucas quando Nathan cerca di scappare, Lucas porta Lamie e Lydia fuori città con lui e Peyton per dare il tempo a Haley di trovare Nathan e riportarlo a casa. Brooke si trova faccia a faccia con Xavier. Julian scopre delle prove che aiuteranno Dan a rintracciare Nathan.
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Haley riceve una telefonata che potrebbe cambiarle la vita per sempre. Anche Clay riceve delle notizie sconcertanti. Dan va indietro con la memoria nel suo passato mentre è alla ricerca di Nathan. Deb ritorna e Chase fa di tutto per proteggere Chuck.
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Haley fa squadra con Dan per cercare Nathan, Brooke e Julian prendono nuovi provvedimenti per proteggere la loro famiglia. Chase affronta le conseguenze per aver difeso Chuck, Skills da una mano a Mouth mentre Clay raggiunge un punto d'accordo con Logan.
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Dan, Juilan e Chris Keller cercano di salvare Nathan, il conflitto tra Brooke e Xavier si fa sempre più aspro.
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Le ricerche per Nathan si fanno sempre più pericolose mentre la vita di Dan è in bilico sull'orlo del baratro. Il padre di Brookoe le fa una sorpresa quando ritorna in città, Clay e Quinn cercano di riaprire i contatti con Logan.
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Haley si prepara a condurre l'annuale Tree Hill Burning Boat Festival, Brooke cerca di affrontare la realtà del tradimento di suo padre, Julian tenta di riportare in vita un'idea del passato. Mouth e Millie mettono in atto un cambiamento nel loro show mattutino mentre Clay e Quinn si preparano per la prima notte di Logan nella casa al mare.
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Nell'ultimo capitolo della serie, il decimo anniversario del Tric vede arrivare vecchi amici e nuove possibilità per la grande famiglia di Tree Hill.
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Nella stagione finale dello show i fans potranno rivedere dei volti familiari, tra i quali Chad Michael Murray, Tyler Hilton, Paul Johansson, Allison Munn e altri. Inoltre Richard Burgi è stato contattato per interpretare il padre di Brooke.