Una scena di Baarìa costò una denuncia penale alla produzione del film, alcune critiche coinvolsero la pellicola a livello nazionale a causa di una serie di fotogrammi che mostravano lo stordimento e l'uccisione di un bovino tramite una seppur comune, ma pur sempre brutale, tecnica di dissanguamento.
La scena, presente nel montaggio finale del film, fu ripresa dal vivo senza l'utilizzo di effetti speciali in un macello locale, situazione che in Italia sarebbe stata considerata come maltrattamento di animali secondo la legislazione già vigente nel 2009.
La Lega anti vivisezione e successivamente l'ENPA mossero delle critiche nei confronti di Giuseppe Tornatore, regista del film, presentando entrambe una denuncia penale alla Procura della Repubblica di Roma con riferimento alla violazione dell'articolo 544 del Codice penale italiano, richiedendo il ritiro immediato della pellicola.
Tornatore rispose alle critiche dichiarando: "Siamo entrati in un vecchio mattatoio, abbiamo ripreso quei pochi secondi, proprio come se fosse un documentario, e le abbiamo inserite nel film". Il regista in seguito ha dichiarato di essere stato assolto da un giudice civile.