Questa volta il regista dell'episodio S.O.B. è degno di nota: Garry A. Brown, oltre ad essersi occupato in passato della realizzazione di Prison Break, è conosciuto per i suoi trascorsi da aiuto regista nelle serie tv cult degli anni Ottanta, tra le quali spiccano A-Team e Miami Vice. La sceneggiatura è stata invece destinata a Karyn Usher, scrittrice che ha partecipato alla stesura di alcune puntate del famoso teen drama One Tree Hill.
Sappiamo che Scofiled ne sa sempre una più del diavolo e, anche in quest'occasione, ce lo dimostra: diversamente dal fratello e dal resto della banda egli non crede nell'innocenza di Sandinsky, lo scienziato che i nostri avevano rapito in aeroporto nello scorso episodio, e il cellulare di costui gliene dà prova. Il ragazzo avvisa Lincoln, nonostante tra i due i rapporti siano ancora piuttosto tesi, e questi decide di mettere alle strette l'ostaggio puntandogli contro una pistola. Sul più bello, però, compare Krantz, recatosi a Miami dopo le confessioni di T-Bag; dalle parole del Generale scopriamo che Sandinsky è stato un agente della Compagnia per oltre vent'anni ed ora collabora invece con Christina. Il professore dichiara di non sapere con esattezza quali siano i piani della donna ma si trova costretto a rivelare il luogo nel quale costei si nasconde: una stanza all'Edgewater Tower.
Lincoln, Self e Mahone hanno a disposizione un solo giorno per portare a termine l'impresa, mentre T-Bag, il traditore, viene ora accolto dal Generale, il quale sembra compiacersi del suo aiuto.
Lo scopo di Michael è Scylla, per questo lega la madre e la interroga senza mostrare alcuna sensibilità nei suoi riguardi; lei però si rivela ancora più furba e sposta il discorso sul rapporto tra il figlio e Burrows, ricordando gl'innumerevoli pericoli nei quali si è cacciato per aiutarlo. Mettendo in evidenza la diversità non solo estetica ma anche caratteriale tra i due, Christina lo informa di una sconcertante verità: lui e Lincoln non sono fratelli di sangue e, non solo, questi non riuscirà mai a mettere le mani su Scylla. La notizia sconvolge Michael, il quale perde veramente le staffe ed è deciso a far del male alla madre, ma questa, forse intimorita dalle minacce, gli racconta della conferenza sull'energia al Panda Bay Hotel, e gli spiega che lì potrà raggiungere e probabilmente aiutare Lincoln.
Krantz interroga Sandinsky e scopre che Christina aveva intenzione di consegnare al professore una sorta di copione da recitare durante la conferenza. Il Generale spiega che la donna era andata da lui un anno prima dichiarando le sue intenzioni riguardo a Scylla: anziché usarla come caposaldo per la Compagnia, voleva sfruttare le tecnologie per ottenere un guadagno immediato; sapendo che in particolari circostanze alcune nazioni potrebbero sentire il bisogno di un innovativo sistema di difesa, che si basa su armi che sfruttano l'energia solare e la desalinizzazione delle acque per esempio, Scylla potrebbe soddisfare questo tipo di richiesta. Sandinsky risponde in modo poco chiaro, è palese che ha qualcosa da nascondere, ma lascia intendere che la faccenda del Laos, di cui il Generale si sta occupando, non porterà dei vantaggi.
Christina, sorvegliata da Sara, riesce con facilità a liberarsi e a riprendere in mano la situazione: dopo aver legato la ragazza si dimostra intenzionata ad ucciderla ma, avendo precedentemente saputo della gravidanza, non porta a termine il suo piano.
Ecco che la trappola viene messa in atto: Lincoln assiste alla scena e si ritrova accanto all'arma che ha appena ucciso l'indiano; non solo, una serie di registrazioni e di prove dimostrerebbero la sua colpevolezza (la ricevuta dell'auto, le registrazioni della banca, le impronte sugli oggetti nella stanza di Christina). Ecco dunque che Burrows è stato nuovamente incastrato per mano della propria madre e, assieme a lui, ora c'è anche Michael, il quale è riuscito a raggiungerlo all'hotel.
Tutto ciò significa dunque che si ricomincia daccapo? Che Prison Break è iniziato in questo modo e finirà così? Possibile che Lincoln verrà intrappolato anche questa volta, per lo più nello stesso modo?
Si fa fatica a trovare una possibile soluzione, soprattutto considerando che non manca molto alla fine della stagione (e pare anche dell'intera serie), ma è chiaro che in qualche modo i due fratelli dovranno venirne a capo. Anche questa volta le esasperazioni sono state molteplici, troppi elementi sono tenuti all'oscuro dello spettatore e non è facile seguire il corso degli eventi. Quello che ci si augura è che si arrivi ad una conclusione soddisfacente e che il nostro Michael riuscirà ad avere finalmente un po' di pace.