Dwight Little, importante regista già incontrato in alcuni episodi di Prison Break e in altri serial di successo tra i quali Dollhouse, Bones, Day Break e 24, dirige questo diciottesimo capitolo della saga dei fratelli fuggiaschi. Due giovani story editor, Christian Trokey e Kalinda Vazquez, i quali hanno solitamente affiancato i grandi autori della serie, primo tra tutti il creator Paul Scheuring, si occupano invece della sceneggiatura.
The Mother Lode si era interrotto lasciandoci in sospeso riguardo la sorte di Lincoln, il quale era bersaglio di un tiratore scelto pronto a colpirlo su ordine di Christina. Non bisogna però sottovalutare la scaltrezza dei nostri personaggi: Self e Mahone si trovano nelle vicinanze del palazzo e avvistano l'uomo armato che, conscio del pericolo, decide di scappare senza rinunciare però ad una sparatoria con l'ex agente Alex. Dopo un inseguimento che coinvolgerà anche Lincoln, il quale verrà accoltellato al braccio, il deus ex machina T-Bag entrerà in scena alla guida di un auto e investirà il cecchino, mettendo in salvo il resto del gruppo.
Sara e Michael si trovano finalmente a Miami e alloggiano presso la casa di una certa Deb, un'amica della ragazza ai tempi del college, la quale non è al momento in città. Le foto di famiglia appese alle pareti danno modo ai due di fantasticare riguardo al loro futuro insieme, anche se Sara appare preoccupata: dopo essersi chiusa in bagno cerca tra le cose riposte nei cassetti un test di gravidanza.
Michael sta contemporaneamente portando avanti le ricerche, deciso a non collaborare con il fratello. Assieme a Sara analizza il biglietto trovato nel portafogli del finto poliziotto che, nella scorsa puntata, aveva cercato di "rapirli" guidando il camion nel quale essi erano nascosti. Decifrando le iniziali riportate sul pezzo di carta, Scofield comprende che l'uomo stava seguendo gli ordini di Christina e che, dunque, avesse il compito di portare i due in qualche luogo specifico che potrebbe avere a che fare con una certa Rockwell Avenue, situata nella zona sud di Miami.
Per raggiungere Scylla il gruppo è costretto a penetrare all'interno dell'ambasciata, che però è strettamente sorvegliata dalle guardie. Vista la necessità di creare un diversivo, T-Bag si avvicina al cancello e distrae un soldato sproloquiando a proposito degli elefanti indiani, permettendo così a Mahone, Self e Lincoln di entrare nel palazzo.
Intanto Lincoln e soci vengono identificati dalle guardie del corpo all'interno dell'edificio e, di conseguenza, Christina si trova costretta ad andarsene dall'ambasciata, non prima però di aver ricevuto una risposta positiva da parte di Naveen. Burrows, Mahone e Self riescono a fuggire e trovano il biglietto sul quale è segnalato il nome di Vincent Sandinsky e l'orario ed il luogo dell'appuntamento; decidono dunque anch'essi di recarsi all'aeroporto.
Giunto sul posto Scofield obbliga l'uomo che lavoro presso il servizio di controllo del traffico aereo di comunicare ai piloti al comando dell'aeromobile sul quale sta viaggiando Sandinsky di atterrare in un'altra area e di far evacuare i passeggeri; egli deve inoltre informare la sicurezza che la dottoressa Tancredi verrà accompagnata sulla pista perché un passeggero ha avuto un attacco di cuore. L'aereo atterra e Sara si avvicina all'obiettivo ma deve intervenire Michael con una pistola per far sì che il professore si decida a seguirli. Il pilota assiste alla scena e avvisa la sicurezza, da qui parte un inseguimento lungo le piste, finché, nel momento di maggior bisogno, interviene a sorpresa Mahone, il quale spara alle guardie mettendo in salvo Michael e Sara. Con Alex ci sono anche Self e Lincoln e quest'ultimo ha quindi occasione d'incontrare il fratello e di confrontarsi con lui, anche se il rapporto s'incrinerà ancora di più in quanto Burrows porterà via Sandinsky per estorcergli informazioni utili alla Compagnia.
T-Bag, dopo essere stato brutalmente malmenato dalle guardie indiane in seguito alla sua folle messinscena davanti all'ambasciata, decide di contattare il Generale per informarlo di Christina e di Scylla, accennando a ciò che in cambio gli spetterebbe (un auto, un ufficio ed una casa, probabilmente per lui e la mamma). Krantz è immediatamente pronto a recarsi a Miami.Sandinsky viene interrogato da Lincoln e gli altri ex agenti (che d'interrogatori dovrebbero intendersene) ma sembra proprio che costui non rappresenti un pericolo e, anzi, appare spaventato ed innocente. Diversamente da ciò che sostiene, però, egli conosce bene Christina e ciò può essere dimostrato dal suo cellulare, caduto nelle mani di Michael.
Sara scopre di essere incinta per davvero e le sue lacrime dimostrano che, al di là della paura per l'avvenire, la notizia la rende al contempo felice.
Molti avvenimenti si sono susseguiti in questo intenso episodio che, per lo meno, ci ha fornito qualche informazione in più riguardo al progetto legato a Scylla, sottolineando anche questa volta che si tratterebbe di un qualcosa di potenzialmente positivo che se però cadesse nelle mani sbagliate produrrebbe una serie di conseguenze disastrose.
Il rapporto tra i due fratelli si fa maggiormente interessante in quanto i due, per la prima volta, si trovano a combattere separatamente, conservando una certo rancore l'uno nei confronti dell'altro; questo è dunque un elemento che porta novità alla serie. Dovendo perciò esprimere un giudizio oserei dire che, dopo molto tempo, abbiamo avuto modo di assistere ad una puntata più movimentata e meglio strutturata.