Nella scorsa puntata abbiamo visto Krantz proporre un patto a Lincoln: la vita di Michael in cambio della collaborazione per il ritrovamento di Scylla. Considerando i favori resi dal fratello (primo tra tutti l'intromissione all'interno di Fox River per impedire la sua esecuzione), Burrows è deciso ad aiutare il Generale.
La vita di Scofield è dunque nelle mani della Compagnia; un'efficiente equipe di medici predispone l'intervento al cervello, mentre Sara assiste preoccupata. Durante l'operazione, Michael ripercorre alcuni momenti della sua vita, finché il suo pensiero si sofferma su un ricordo particolare: la cella di Fox River ed il compagno Charles Westmoreland.
Lincoln deve trovare Scylla e per farlo è necessario che rintracci Self e Gretchen; si serve allora di T-Bag, il quale è stato catturato dagli uomini della Compagnia. Dopo una serie di tentennamenti e di conseguenti minacce da parte di Burrows, Bagwell si trova costretto a rivelare il luogo nel quale i due si incontreranno con il compratore. Lincoln si reca dunque al molo di Arlington, accompagnato dall'amico Sucre, ma qui non trovano nessuno.
Mahone è stato catturato dagli ex colleghi e agenti dell'FBI, i quali lo stanno scortando con la macchina. Il prigioniero riesce però a scappare rompendo con un tubo il finestrino dell'auto; viene inseguito da Felicia ma, nel momento in cui si trovano faccia a faccia, la donna non riesce a fermarlo, l'affetto verso il collega è forte e perciò lo lascia fuggire.
Self e Gretchen s'incontrano con il compratore, un uomo molto serio ed esperto in fatto di affari: egli non ha intenzione di pagare i "venditori" e, anzi, spara loro colpendo Self. Lincoln e Sucre rintracciano il luogo dello scambio e, anche se si fanno scappare il compratore che fugge via con Scylla, riescono a bloccare Gretchen e il compagno.
Il Generale riceve Borrows ed insiste sull'importanza che questi ritrovi Scylla, anche a costo di lavorare a fianco di T-Bag, Self e Gretchen. Sucre sceglie invece di abbandonare la missione, deciso a ricominciare una nuova vita.
L'intervento di Scofield viene eseguito in modo magistrale dai medici della Compagnia, i quali mettono in pratica un'operazione sperimentale e all'avanguardia.
Nel suo "sogno" Michael ha modo di parlare con Westmoreland, il quale lo induce a riflettere attentamente sul senso delle sue azioni; il ragazzo, infatti, percepisce il peso degli avvenimenti che si sono susseguiti e non sembra essere più in grado di sopportare il dolore causato ad altre persone. Il vecchio Charles, però, lo difende sottolineando la sua innocenza e lo esorta a riflettere più attentamente sul senso delle cose.
Lincoln va a trovare il fratello per accertarsi che stia bene e per informarlo a proposito del patto stipulato con Krantz. Michael non sembra essere d'accordo riguardo a tale collaborazione e protesta contro il fratello, il quale si trova costretto a rivelare un importante segreto: la madre dei due, prima di morire, aveva collaborato con la Compagnia.
La missione di Lincoln è arrivare al compratore, in modo da ritrovare Scylla, proprio come è stato ordinato dal Generale. Staremo a vedere se Michael sceglierà di aiutare il fratello e andare quindi contro i propri principi.