L'episodio di Prison Break di questa settimana si è dimostrato più frenetico del solito; ora più che mai l'obiettivo comune è il recupero di Scylla: il Generale la rivuole indietro e sguinzaglia i suoi uomini per tutta la città; Michael deve riuscire a rimpossessarsene per poter smantellare la Compagnia; Self la vuole vendere per poter ricavare del denaro. Insomma, tutti inseguono tutti.
Il primo a fare la mossa è proprio Don Self che, resosi conto dell'incompletezza dell'oggetto da lui posseduto, decide di stanare Michael dal magazzino nel quale si nasconde, in modo da mettere le mani sul pezzo mancante da lui nascosto. I metodi utilizzati dall'agente sono esasperati: attraverso un fucile speciale spara nell'edificio dei bossoli dai quali fuoriesce del gas ma Lincoln, con il solito tempismo, lo ferma. I fuggitivi e il traditore hanno modo di confrontarsi e, quest'ultimo, propone a Michel una collaborazione, spiegandogli che c'è un compratore disposto a pagare una grossa cifra in cambio di Scylla. Il ragazzo finge di essere interessato ma è facile intuire che i suoi piani siano ben altri.
Alex Mahone non è scomparso ma, anzi, ha contattato la sua partner dell'FBI Felicia, la quale sta cercando di convincere un collega ad aiutare l'amico: l'idea sarebbe quella di mettersi in contatto con il procuratore generale in modo da fornirgli informazioni riguardo alla Compagnia.
Sucre, intanto, si è nascosto nel bagagliaio della macchina di Self; riesce così a procurare a Michael l'indirizzo preciso nel quale Gretchen e l'agente si nascondono: un hotel malmesso frequentato da gente poco raccomandabile. Scofield, Sara e Lincoln si recano sul luogo e preparano un agguato.
Sucre riesce ad infiltrasi nell'hotel e qui ha uno scontro diretto con Gretchen, la quale si dimostra più agguerrita che mai. Self, in seguito a del gas sparato in camera da Lincoln, cerca la via di fuga attraverso la scala antincendio ma s'imbatte in Michael, il quale riesce finalmente ad impossessarsi di Scylla; mentre fugge via stringendo il bottino tra le mani, il nostro eroe ha una nuova crisi e si accascia a terra perdendo i sensi. Self lo raggiunge rapidamente e s'impadronisce nuovamente dell'oggetto. Alcuni uomini della Compagnia a bordo di un furgone si recano sul posto e, dopo una sparatoria dalla quale Gretchen e l'agente riescono a scappare, prelevano Scofield.
Self riesce a mettere la mani sulla parte mancante di Scylla, quella cioè che Michael aveva nascosto nel bagno del magazzino. Ora il database è completo ed è pronto per essere venduto. Durante le trattative con Vikan, colui che fa da tramite con il compratore, Don decide improvvisamente di sparare a costui ed ai suoi scagnozzi, in modo da eliminare ogni intermediario e poter quindi intascare l'intera somma di denaro.
T-Bag si fida del suo istinto ed è convinto che l'uomo che ha davanti non sia un vero venditore di Bibbie. Le parole misericordiose di Rita, la sorella di Gretchen, e la disperazione sul volto del soggetto che sta minacciando lo fanno cedere: ordina alla donna e alla bambina di scappare e decide di lasciar andare l'ostaggio il quale, ovviamente, risulterà però essere davvero un uomo della Compagnia.Michael è ora nella mani di Krantz; egli si dice disposto a curare il male che affligge il giovane se, in cambio, Lincoln collabora al ritrovamento di Scylla.
Alex viene incastrato dagli agenti dell'FBI, i quali non hanno intenzione di contattare il procuratore generale ma, anzi, decidono di catturarlo.
Il destino di Michel è nelle mani di Lincoln. Ancora una volta i due fratelli devono aiutarsi a vicenda per potersi salvare.