Con ancora quattro episodi da trasmettere anche il quarto volume della saga di Heroes si avvia alla conclusione, ma prima dello slancio finale concede ad alcuni dei protagonisti la possibilità di ricucire rapporti strappati nel corso delle vicende con questo Into Asylum che, come suggerisce lo stesso titolo, rappresenta un momento di pausa dagli affanni e dalle tensioni che il difficile compito di salvare il mondo comporta. Eroi in pausa, dunque, ma pronti ad analizzare loro stessi e il modo di agire che li ha caratterizzati fino a questo momento, capaci di ridiscutere scelte e possibilità con l'occhio sempre rivolto al futuro incombente e alle sorti delle persone care. Le tre storie che riempiono l'episodio sono tutte dedicate alla nascita di rapporti nuovi, dove per "nuovi" si intende sia "rinnovati" sulla base di chiarezze e consapevolezze differenti da quelle che si avevano in passato come nel caso di Claire e Nathan, sia la novità vera e propria dell'unione, che in questo caso crea una dirompente forza, tra i due estremi che convergono negli intenti: cacciatore e preda più ambita, quindi Danko e Sylar.
Ed è proprio la nascita di questa collaborazione tra i due il momento più significativo di questo episodio perché Danko, dopo aver per l'ennesima volta rigettato il consiglio di Noah Bennet di avvalersi del motto della defunta Compagnia "one of us, one of them" che, ricordiamolo, prevede la tattica di affiancare ad ogni agente sul campo un partner dotato di abilità speciali, comprende che l'unica via per catturare il responsabile dell'aggressione e dell'omicidio di suoi tre sottoposti è proprio avvalersi dell'esperienza di Sylar (che nel frattempo è tornato a mettersi in contatto con lui) in fatto di poteri.
Killer e cacciatore sono uniti dall'unico proposito di eliminare tutti i mutanti, anche se ciascuno di loro è mosso da motivazioni differenti e se per Danko la necessità primaria è svolgere con la massima efficienza e determinazione la missione che gli è stata affidata, l'interesse di Sylar è interamente volto a collezionare tutte le varianti possibili di abilità, fino a restare l'unico essere umano dotato di poteri.
Anche se Danko in un primo momento rifiuta l'aiuto di Gabriel, ben presto si rende conto di non aver scelta perché l'informazione cruciale sull'abilità di cui è dotato l'uomo a cui sta dando la caccia gli arriva proprio da Sylar che in modo molto macabro, ma decisamente allineato al personaggio e cioè facendo recapitare all'interno dell'Edificio 26 un pacco contenente la testa mozzata del quarto agente che componeva la squadra e unico sopravvissuto sulla scena del crimine, fa comprendere al cacciatore che il ricercato è un mutaforma. L'uomo infatti si era sostituito all'agente infiltrandosi all'interno del quartier generale arrivando anche al punto di complimentarsi con Danko per la tenacia dimostrata durante il corso delle operazioni. Lo scoprire di avere il suo uomo proprio sotto lo stesso tetto non serve però a catturarlo perché il mutaforma riesce, grazie al suo potere, a sfuggire agevolmente anche se però non a lungo.
Sylar, introdottosi in casa dell'uomo e qui raggiunto dallo stesso Danko, elabora un profilo psicologico che colpisce il cacciatore per perizia e profondità riuscendo ad individuare infine dove possa trovarsi il ricercato e l'intuizione di Gabriel è in effetti giusta perché una piccola scatola di fiammiferi con la pubblicità di un locale notturno guida la strana coppia fino al divanetto davanti alla pista da ballo dove un secondo Danko sta agevolmente abbordando una giovane donna evidentemente affascinata dal magnetismo dell'impostore.
Accade però che l'uomo capisca di essere stato preso in trappola e l'unica possibilità di fuga è rappresentata, almeno secondo lui, dall'appropriarsi dell'aspetto di Sylar cosa che in realtà è un grosso errore perché Danko, accortosi dell'inganno, prima gli spara ferendolo e poi lo lascia alle "cure" di Gabriel affamato del potere.
A questo punto tutto è bene quel che finisce bene, almeno per questa nuova e pericolosa partnership, perché Danko mostra ad uno sbalordito Noah il corpo di Sylar rinchiuso in un sacco per cadaveri convincendolo di aver eliminato il pericoloso killer e Gabriel, ritenuto ormai morto, potrà agire tranquillamente con il suo nuovo compagno alla caccia degli eroi.
Gli uomini di Danko, però, fanno irruzione all'interno della chiesa alla ricerca dei due fuggitivi ed è solo grazie all'intervento di Noah, che trova Angela e Peter nascosti in uno dei confessionali e li protegge mentendo, che i due riescono a mettersi in salvo. Angela riesce finalmente ad addormentarsi e al suo risveglio rivela al figlio di aver sognato e di sapere adesso di dover andare dalla propria sorella (cosa che sorprende il giovane e noi abbiamo l'impressione che non fosse nemmeno a conoscenza dell'esistenza di una zia materna) ma che per prima cosa è necessario ricongiungersi con il resto della famiglia, dunque con Nathan e Claire. E sono proprio Nathan e Claire i protagonisti della terza storia narrata nell'episodio, anche loro alla ricerca di un nuovo equilibrio dopo la fuga precipitosa che ha portato il giovane senatore a rivelare il proprio potere a Danko prima di volare a salvare la figlia naturale.
Claire vuole principalmente capire quali sono le intenzioni dell'uomo riguardo sia al rapporto tra loro due che alla situazione generale in cui si trovano tutti i mutanti e vedere la fragilità di Nathan che non sa bene come comportarsi come padre prima di tutto e poi come senatore le fa intuire che anche sotto la dura corazza dell'uomo politico c'è pur sempre un essere umano a cui è affezionata.
Il complesso rapporto che nasce tra i due, fragile perché la ragazza è rimasta ampiamente delusa da entrambe le sue figure paterne di riferimento, ha come scenario una cittadina messicana dove i due si sono rifugiati e si snoda attraverso la ricerca di denaro che consentirà a padre e figlia di restare al sicuro il più possibile.
Il contante in possesso di Nathan basta a pagare la camera del motel per una sola notte, Claire allora decide di impegnare la collanina che porta al collo, dono di Noah, Nathan può solo accettare il piccolo sacrificio della figlia e ricambiare tentando di aumentare il capitale a loro disposizione sfidando un gruppo di giovani che bevono tequila ad un tavolo vicino. Ma Nathan ha sopravvalutato la sua capacità di sostenere l'alcool crollando dopo un cospicuo numero di bicchieri ed è Claire a salvare la situazione utilizzando la sua abilità di rigenerare i tessuti che le permette di bere senza ubriacarsi.
Recuperata tutta la posta in gioco, la ragazza riporta il padre al motel e Nathan, anche se ubriaco, sembra aver l'intenzione di trovare rimedio alla loro situazione, cosa che però ritratta la mattina dopo al risveglio. Claire allora fa leva sulla forza del padre e le parole appassionate della ragazza che lasciano trasparire comunque una fiducia incondizionata verso le capacità dell'uomo fanno si che a conclusione dell'episodio un Nathan più risoluto riconsegni alla figlia la collanina a cui lei aveva rinunciato per poi avviarsi insieme a lei verso una pagina diversa della loro vicenda.