Con l'ultimo episodio andato in onda lo scorso dicembre, Dual, si concludeva non solo la prima parte della terza stagione di Heroes, ma anche il volume Villains e con esso si metteva la parola fine alle vicende che riguardavano lo scontro tra Primatech e Pinehearst per il controllo sulle abilità. Lasciandoci alle spalle i resti fumanti delle due grandi compagnie rivali ci incamminiamo su una nuova linea narrativa che costituisce il fulcro di Fugitives, quarto volume della saga, e ci prepariamo ad affrontare un nuovo nemico che incombe sui destini degli eroi che questa volta vedono minacciata la loro stessa libertà di esistere. Nell'epilogo di Villains, infatti, ci eravamo trovati in presenza della decisione del giovane senatore Nathan Petrelli di mettere al corrente il Presidente degli Stati Uniti dell'esistenza di individui speciali, l'intento di Nathan era chiaro: difendere la nazione e il mondo intero dalla diffusione indiscriminata delle abilità. Questo proponimento, sposato in pieno dal Presidente, pone il senatore a capo del dipartimento per la sicurezza nazionale, con pieni poteri ed accesso ad informazioni riservate e rappresenta l'incipit di questa seconda parte della stagione che si spera possa essere architettata ed organizzata in modo più efficiente di Villains che aveva peccato di evidenti buchi narrativi oltre che dell'eccessiva presenza di personaggi schierati in campo.
A Clear and Present Danger, quattordicesimo episodio della terza serie, ci mostra quindi un Nathan intento, con la collaborazione di truppe speciali, a rintracciare ed arrestare tutti coloro in possesso di poteri per segregarli probabilmente in qualche luogo segreto o comunque inaccessibile e ci introduce un nuovo personaggio interpretato dall'ottimo Zeljko Ivanek che è a capo di questa task force di cacciatori che come primo obiettivo ha Tracy Strauss, nemica di Nathan Petrelli dopo il crollo della Pinehearst.
I militari, che si sono introdotti furtivamente in casa della donna, hanno compito abbastanza facile e rapidamente mettono fuori combattimento Tracy e la conducono via priva di sensi.
Il giovane, grazie all'ingente patrimonio familiare, ha acquistato una vecchia caserma dei vigili del fuoco allo scopo di renderla il quartier generale del nuovo supereroe a cui è affidato il destino della città: Ando Masahashi , dotato (lo ricordiamo) del potere di amplificare gli altrui poteri.
Ando però, soprattutto dopo aver visto il ridicolo costume con cui Hiro vuole abbigliarlo, rifiuta di assumersi la responsabilità di proteggere la città, ma l'amico non ascolta ragioni e gli mostra anche il resto dell'attrezzatura da supereroe: una potente moto e un computer collegato ad un sistema di ricevitori gps capaci di rintracciarlo in qualsiasi parte del mondo e quando Ando gli chiede dove abbia intenzione di posizionare il segnalatore, Hiro glielo inietta sotto pelle dichiarando di aver fatto la medesima cosa su di se.
Ando non approva il comportamento dell'amico e va via in moto lasciandolo solo. Il collegamento gps però funziona bene e dopo poco Hiro lo rintraccia al di fuori di un locale notturno dove il giovane prova a far colpo sulle ragazza grazie alla nuova moto. Mentre Hiro lo richiama alle sue responsabilità da supereroe, la conversazione viene interrotta e Ando comprende che qualcosa è successo all'amico. Hiro infatti è stato catturato dai militari di Nathan e viene portato via e ad Ando non resta che tornare al quartier generale per utilizzare il gps così da poterlo rintracciare. L'impressione che ricaviamo a proposito della storyline dedicata ai due giovani giapponesi è che ancora una volta si punti soprattutto sulla comicità del duo tralasciano la crescita dei personaggi ed accantonando, forse definitivamente a questo punto, la figura del fiero samurai che sarebbe potuto diventare Hiro Nakamura in un prossimo futuro ed è un vero peccato aver tralasciato questa possibilità di sviluppo della narrazione. Claire Bennet è invece impegnata a pianificare il proprio futuro, che riguarda anche la scelta del college da frequentare, sotto l'attenta osservazione di Angela Petrelli, ma la ragazza è in qualche modo consapevole che tutto l'interesse della donna è volto esclusivamente a tenerla fuori dall'azione. Claire è convinta, ed esterna i suoi timori alla nonna, che Sylar sia ancora vivo, visto che non ne sono stati ritrovati i resti tra le macerie della Primatech, e che sia lui l'autore di alcune strane sparizioni di persone dotate di abilità speciali su cui sta indagando suo padre Noah.
Angela nega ogni cosa e rassicura la nipote sulle sorti di Sylar, ma in realtà la donna sta coprendo l'operato di Nathan e Claire, dopo poco, ascolta per caso una conversazione telefonica tra i due in cui comprende che il responsabile di quelle sparizioni è il proprio padre naturale. Dalla telefonata risulta anche l'identità dei prossimi obiettivi in lista: Peter e Matt Parkman, che Claire decide immediatamente di avvisare.
Ed è proprio su Peter che adesso puntiamo l'attenzione, Peter che tenta di vivere una vita il più normale possibile svolgendo il proprio lavoro da paramedico e all'arrivo di Claire lo vediamo impegnato a salvare, invano e con enorme suo disappunto, vite umane. La ragazza gli spiega le intenzioni di Nathan e Angela e il giovane decide di andare da sua madre per scoprire ulteriori dettagli. Per fare ciò sale su di un taxi e il caso (o il destino) vuole che l'autista sia una nostra vecchia conoscenza: Mohinder Suresh.
I due amici (o ex amici, non sappiamo bene a questo punto) scambiano poche parole da cui si evince la diversità delle rispettive posizioni con Peter sostenitore della garanzia dei diritti di tutti i mutanti e Mohinder orientato verso la possibilità di controllare le abilità per prevenire problemi ed abusi. Il saluto tra i due è cordiale, ma nulla di più e mentre Peter si reca da sua madre, sul taxi sale un nuovo passeggero che riconosciamo essere l'esecutore degli ordini di Nathan e che, puntandogli una pistola alla testa, costringe Mohinder a guidare fino al tetto di un parcheggio dove ad aspettarlo ci sono gli uomini schierati per catturarlo. L'indiano però usando la sua forza sovrumana si fa scudo con la portiera del taxi e scappa, ma viene raccolto da un'auto alla guida della quale c'è Noah Bennet. L'uomo gli chiede di Claire e di Peter e proprio quando siamo convinti che abbia intenzione di aiutarlo scopriamo che Bennet collabora invece con i militari e consegna Mohinder nelle mani dei suoi aguzzini.
Tornando invece a Peter vediamo che il giovane, arrivato a casa da sua madre, non incontra la donna ma suo fratello Nathan e ha con lui un colloquio per nulla amichevole in cui gli rinfaccia tutto il suo discutibile operato. Nathan ribatte che ha a cuore solo l'interesse dell'intero pianeta, ma Peter non è convinto che la soluzione giusta sia isolare tutti coloro che sono dotati di abilità. I due fratelli si salutano, ma sono destinati ad incontrarsi di nuovo dopo poco: Peter, infatti, quando arriva al suo appartamento trova Nathan ad attenderlo e questi gli chiede di appoggiare la sua decisione. Peter rifiuta ancora una volta e Nathan gli chiede solo di congedarsi da lui con un abbraccio, segno di pace tra fratelli, ma si tratta in realtà di un inganno perchè alle spalle di Peter c'è Noah Bennet che lo seda e lo cattura.
Abbiamo lasciato per ultimo Gabriel Gray che, come aveva intuito Claire, è davvero sopravvissuto (anche se non ci viene detto come e questo si spera che gli autori possano rivelarlo in seguito) alla distruzione degli uffici della Compagnia e lo ritroviamo alla ricerca dei sui veri genitori. La prima tappa di Sylar è nel negozio di un orologiaio che scopriamo essere Martin Gray, l'uomo sposato con sua madre e che era andato via di casa abbandonando moglie e figlio. Tra i due ci sono poche parole e molto imbarazzo, Martin sostiene di essere il padre di Gabriel, ma Sylar sa bene che non è così e dopo qualche riluttanza l'uomo confessa che era stato suo fratello ad affidargli il bambino in custodia. Sylar allora raggiunge la casa dello zio, ma qui ad attenderlo trova i militari incaricati di catturarlo. Avere ragione dei poteri di Sylar però non è cosa semplice e Gabriel dopo una breve lotta riesce a liberarsi e a fuggire.
A questo punto siamo giunti alle fasi conclusive dell'episodio e ci ritroviamo in un hangar dove Nathan sorveglia le operazioni di imbarco su un aereo militare di tutti i prigionieri rastrellati fino a quel momento. Ci sono però due problemi, il primo costituito dalla fuga di Sylar e il secondo dalla presenza tra i catturati di Claire Bennet. Il senatore affronta il disprezzo della ragazza, ma decide ugualmente di lasciare andare la propria figlia naturale e la costringe a salire su di un'auto che la porterà al sicuro. Claire però non ha intenzione di assecondare le richieste dell'uomo e appena fuori dall'hangar colpisce l'autista e sale di nascosto sull'aereo con l'intenzione di liberare i prigionieri.E così accade, la ragazza riesce ad individuare Peter che approfittando della sua vicinanza con Mohinder Suresh si appropria della forza dell'uomo, si libera e comincia a togliere le manette agli altri. Tra questi c'è anche Tracy che utilizzando il suo potere congela la paratia dell'aereo che cede e rompendosi compromette la stabilità del velivolo. Mentre Claire scopre che a fare da copilota c'è proprio suo padre Noah, nelle utlime drammatiche scene della puntata vediamo l'aereo cominciare a precipitare con Peter e Mohinder impegnati a tentare di salvare l'uno la vita dell'altro, ma ovviamente la narrazione si arresta e non ci viene detto cosa accadrà di loro.