Seguendo il dipanarsi della trama di Villains, terzo capitolo di Heroes, siamo giunti allo scontro finale tra i due colossi Primatech e Pinehearst che si era delineato lungo l'intero corso degli episodi ed era incarnato dalle due figure forti di Angela e Arthur Petrelli tra cui, come ago della bilancia in questo spietato gioco di potere, si era intromesso Sylar ad alterare il campo di battaglia.
Con gli schieramenti ormai disposti, i vari protagonisti non hanno dubbi sul compito che devono svolgere e possono solo accettare le sfide che il destino ha preparato per loro.
Dualchiude il terzo capitolo in sincronia con la tradizionale pausa invernale e lascia gli spettatori in attesa fino a febbraio con poche, ma fondamentali questioni in sospeso e nella speranza di trovare un maggior spessore nella struttura della serie, spessore che è venuto a mancare nella seconda parte di Villains.
Ma questi, che è sempre appeso sull'asta della bandiera di casa Deveaux, ha un piano differente che consiste nell'appropriarsi della formula custodita da Kaito e distruggerla prima che questa possa compromettere il futuro. Con l'aiuto del se stesso bambino, Hiro riesce ad aprire la cassaforte che custodisce il prezioso documento, ma proprio quando ha la formula tra le mani ecco giungere suo padre che lo sorprende a rubare e lo accusa di essere un ladro. Proprio mentre Kaito lo assale con la spada chiedendo spiegazioni, Hiro strappa la formula in due metà (dando probabilmente l'idea a suo padre di custodirla divisa) ma prima che possa distruggerla definitivamente Daphne arriva e lo porta via, al sicuro nel tempo presente.
Hiro però non è soddisfatto perché ormai è sicuro che solo la scomparsa della formula potrà garantire il futuro dell'umanità, l'unico modo è quindi andare negli uffici della Pinehearst per impossessarsene.
Ma alla Pinehearst non tutto procede secondo i piani prestabiliti perché Peter, dopo la morte di Arthur, si trova costretto ad affrontare anche suo fratello Nathan che lo accusa di voler compromettere il benessere del mondo intero con la sua pretesa di voler impedire la diffusione delle abilità. Ma Peter è convinto che la sua sia la scelta più giusta e dopo aver colpito Nathan tramortendolo si reca nei laboratori di Mohinder per porre fine alla sperimentazione della formula. Lo scienziato è sul punto di iniettarsi il preparato ed è deciso a non permettere all'ormai ex amico Peter di interferire, ma a questo punto in soccorso del giovane arrivano due alleati inaspettati: Knox e Flint entrambi decisi ad evitare la diffusione delle abilità per poter continuare ad essere speciali.
Flint, quindi, aiuta Peter a distruggere l'intero laboratorio mentre Knox va a tenere d'occhio Nathan per impedirgli di intervenire in difesa del progetto e al senatore Petrelli non basta nemmeno l'aiuto del marine su cui era stata sperimentata la formula visto che Knox lo uccide con una sola, rapida mossa. Per Nathan sembra non esserci scampo, ma l'arrivo di Tracy, che congela Knox uccidendolo, è provvidenziale. La donna propone a Nathan di trovare il modo per poter sfruttare comunque le proprietà della formula senza essere coinvolti in alcuno scandalo, ma il senatore, mai realmente convinto dal pragmatismo di Tracy, la licenzia intenzionato com'è ad agire secondo il suo proprio modo di pensare.
Restata da sola, Tracy prova ad impadronirsi della formula, ma il suo proposito è intralciato da Hiro e Daphne che arrivano giusto in tempo per impedirglielo e le sottraggono, con grande velocità, il prezioso documento che sarà finalmente ridotto in mille pezzi.
Nathan intanto ha raggiunto Peter nel laboratorio, ma ormai è troppo tardi e tutto il lavoro di Mohinder è ormai sparso sul pavimento, inservibile. Questo scatena l'ira di Nathan che colpisce ferocemente suo fratello, ma Flint, ormai fuori controllo, emette una scarica che da fuoco ad ogni cosa e a Peter non resta altro da fare che afferrare al volo l'ultima fiala rimasta ed iniettarsela recuperando le sue abilità.
Un momento prima che il laboratorio venga divorato dalle fiamme, Peter solleva Nathan dal suolo e lo porta via con se, salvandogli la vita.
Ma tra i due i conti restano in sospeso, Nathan, una volta al sicuro, non ha intenzione di riappacificarsi con Peter e lo lascia da solo scomparendo in volo.
Ultimo atto delle vicende legate alla Pinehearst ormai distrutta riguarda Mohinder che bagnatosi con il suo stesso preparato non ha più alcuna traccia delle lesioni causate dalla sua mutazione e viene avvicinato da Tracy alla guida della sua auto che lo invita a salire, segno evidente che nel quarto capitolo il sodalizio tra i due sarà fonte di problemi anche se non sappiamo ancora per chi.
Gabriel ha infatti preso in ostaggio l'intero edificio della Compagnia, sbarrando ogni accesso e tenendo intrappolati Angela, Noah, Claire e Meredith.
L'intento dell'uomo è non solo vendicarsi di tutti coloro che lo hanno reso uno spietato assassino, ma anche dimostrare quanto essi siano parimenti "mostruosi". Noah prende in mano la situazione e affida Angela a Claire mentre lui, in compagnia di Meredith, va a liberare gli ultimi tre prigionieri rimasti al livello 5 per utilizzarli come esche contro Sylar. Ma la mossa non ottiene il risultato sperato perché Gabriel, dopo aver provato a barattare la vita di Angela con la salvezza degli altri ed aver ottenuto solo un rifiuto da Claire, alza la posta in gioco catturando proprio la madre naturale della ragazza e le inietta dell'adrenalina. In questo modo Meredith non è più in grado di controllare il potere del fuoco e per Sylar è semplicissimo rinchiudere lei e Noah in una delle celle di sicurezza del livello 5.
Cosa accade è semplice da immaginare: se Noah vuole salvarsi la vita deve per forza uccidere la donna, ma in questo modo provocherà a Claire un dolore insostenibile e dimostrerà alla figlia di anteporre la propria vita alla felicità di lei.
Non solo, Sylar mostra a Claire attraverso le telecamere a circuito chiuso la scena di Noah e Meredith intrappolati e la ragazza si precipita, seguita da Angela, in loro soccorso.
Quando giunge alla cella, Noah ha l'idea di convogliare il calore di Meredith sul vetro antri proiettile per indebolirlo ed infrangerlo con uno sparo, ma non è sufficiente e Claire è costretta a gettarsi contro la vetrata per romperla con il proprio corpo.
Noah si mette in salvo, Meredith invece resta nella cella perché non ancora in grado di controllare le fiamme che sprigiona e Claire promette di ritornare indietro a prenderla. Il problema principale però è che nel susseguirsi di eventi, Sylar ha catturato Angela e la sta sottoponendo ad un serrato interrogatorio per capire se la donna è in realtà sua madre. Sotto la minaccia dell'assassino che le rivela anche di avere il potere di discernere senza ombra di dubbio tra verità e menzogna, Angela ammette di non essere la madre di Gabriel e di considerarlo solo un mostro da usare, ma per salvarsi la vita gioca il suo asso nella manica e gli confessa di essere a conoscenza dell'identità dei suoi veri genitori. Sylar ritiene questa una preziosa informazione per poter stabilire una volta per tutte quale sia la sua reale origine e insiste affinché la donna gli riveli il suo segreto, ma alle sue spalle sopraggiunge Claire che conficca un pezzo di vetro in testa, proprio nel punto capace di inibire il potere della rigenerazione.
Con Sylar abbattuto, si ristabilisce la normalità nell'edificio della Primatech, ma non nelle condizioni di Meredith e proprio mentre sua figlia fa l'ultimo disperato tentativo per salvarla, la donna non è più in grado di controllare il suo potere e si lascia avvolgere dalle fiamme che distruggono ogni cosa in un parallelismo perfetto con quanto era accaduto alla Pinehearst.
L'epilogo dunque ci lascia con un cast sfoltito di un buon numero di personaggi e l'incertezza per le sorti di Sylar rimasto non solo "privo di vita" ma anche intrappolato tra le fiamme della Primatech.
Inoltre ci viene dato anche un assaggio di quello che sarà il quarto capitolo, Fugitives, con Nathan impegnato in un delicato colloquio con il presidente degli Stati Uniti a cui confessa l'esistenza, supportata da un ampio dossier di prove, di individui dotati di abilità speciali ed espone con chiarezza il suo piano: internare tutti in una struttura per separarli dal resto dell'umanità.
A quanto pare il futuro del mondo è ancora dipinto a tinte fosche.