Il sipario si alza su questo episodio trascinandoci nei meandri della mente di Spencer Reid, che sogna di perquisire una casa insieme a Hotch e Prentiss, per stanze vuote e corridoi bui, fino al seminterrato, dove trovano il corpo seviziato di un bambino di sei anni e il pargolo di J.J. che gattona sul pavimento. Spencer viene riportato alla realtà dai richiami dei suoi colleghi che si trovano insieme a lui sul jet e dopo aver raccontato il suo incubo Hotch suggerisce che forse è un allarme del suo subconscio preoccupato per il caso sul quale stanno indagando, che riguarda appunti dei bambini, mentre Emily gli chiede se per caso non sia turbato dal fatto di tornare nella sua città natale, Las Vegas. Reid cerca di distogliere l'attenzione, affettuosa ma pressante, dei suoi amici e la squadra si concentra sul caso su cui stanno indagando: la prima vittima è Ethan Hayes, un bimbo di cinque anni rapito sulla porta di casa e ritrovato morto per soffocamento dopo sette giorni nel deserto, senza aver subito abusi sessuali o traumi di alcun tipo, con i capelli pettinati e degli abiti nuovi, sintomi di rimorso da parte dell'S.I. per le sue azioni; la seconda vittima è Michael Bridges, prelevato dal killer il giorno prima mentre si recava a casa di un amico nel suo quartiere.
In entrambi i casi le famiglie hanno ricevuto telefonate dal rapitore, non per ottenere un riscatto, bensì per tormentarli, proiettando su di loro i suoi sensi di colpa, accusandoli di essere genitori incompetenti. La scena cambia e vediamo il piccolo Michael in un armadio che si apre rivelando le gambe dell'S.I. che prende il bimbo per mano, lo fa sdraiare sul letto accanto a sé per poi abbracciarlo con delicatezza; partono i titoli di testa e arriva la citazione, enunciata da Hotch: "Chi parla agli istinti si rivolge al cuore dell'umanità e trova la risposta più rapida - Amos Bronson Alcott". Aaron e J.J. si recano a casa dei Bridges per incontrare i genitori di Michael, Amy e Craig, i quali stanno affrontano la situazione in modo completamente differente: il padre è pronto a mettersi a disposizione e fare qualsiasi cosa pur di scrollarsi di dosso il senso di inutilità, mentre Amy è rimasta come cristallizzata nel suo dolore, incapace di agire, sulla difensiva nei confronti dell'FBI e fredda nei confronti di suo marito, che ritiene responsabile per ciò che è accaduto a suo figlio.
Spencer e Derek si recano all'obitorio per raccogliere informazioni sull'esame patologico di Ethan Hayes e scoprono che non sono stati riscontrati sintomi di strangolamento, facendo credere che l'S.I. abbia usato un cuscino per soffocarlo, inoltre il piccolo era estremamente magro e l'intestino era vuoto, tuttavia non ci sono riscontri di malnutrizione, ne' di aghi, portando alla conclusione che abbia ricevuto degli alimenti ma non per via endovenosa.
Emily e David stanno ispezionando il luogo del ritrovamento, dove Prentiss fa una battuta sugli agenti della scientifica che giocano a fare i poliziotti, strizzando l'occhio ai fan di CSI; i rilevamenti indicano che il killer ha posizionato il cadavere di Ethan nei pressi di una strada nel deserto per avere la possibilità di ritornare sul posto per poterlo osservare, preparandolo con i vestiti nuovi come per un funerale. Hotchner ha un'idea e fa in modo da rendere pubbliche le esequie di Ethan, facendovi partecipare i genitori di Michael per usarli come esca per l'S.I. che potrebbe partecipare alla cerimonia spinto dal rimorso. Nel frattempo Amy (la brava Kari Matchett di Invasion) si è rifugiata nella cameretta di suo figlio escludendosi dalle indagini, ma J.J. riesce a fare breccia nel suo intorpidimento con la sua empatia e dolcezza, dandole la forza di reagire e affrontare la telefonata del rapitore, che chiama come previsto per lanciare accuse. Nonostante l'intervento di Hotch che suggerisce le risposte giuste, Amy non riesce a trattenerlo in linea e Garcia non ha dati sufficienti per una triangolazione precisa ma stabilisce che è ancora nell'area urbana di Las Vegas, non ha lasciato la città. Reid e Morgan sono arrivati per trascorrere la notte sul divano dei Bridges, ma gli incubi di Spencer continuano ad assillarlo e le sue urla mettono in agitazione gli abitanti della casa che però accettano le sue scuse mortificate.
Durante i funerali del piccolo Ethan, Spencer ha una visione di se stesso bambino con sua madre e ricorda di essere già stato in quello stesso cimitero; Amy sente su di se' gli occhi dell'S.I. e Emily e David si allontanano discretamente con un uomo che spicca tra la folla perchè sta girando un filmato con il suo cellulare. Durante l'interrogatorio, condotto brillantemente da Prentiss e Rossi, Spencer riceve un file da Derek che riguarda l'omicidio di un bimbo,Reily Jekins, avvenuto durante l'infanzia di Reid, i cui dettagli ancora oggi lo perseguitano nei suoi sogni; purtroppo l'uomo fermato al funerale non è l'S.I. ma in seguito a un'altra telefonata minatoria, Spencer intuisce dal suo linguaggio che si tratta in realtà di una donna. Le circostanze del caso sono molto rare, in genere le donne rapiscono neonati, ma l'S.I. potrebbe aver agito in seguito al trauma subito per la morte del suo bambino, inoltre l'analisi del suo profilo indica che molto probabilmente si tratta di una paziente con gravi problemi mentali che è stata rilasciata di recente da qualche istituto di cura.
Data la mancanza di un database centrale, Garcia non riesce a stilare un elenco di possibili indiziate, ma Spencer scavalca il problema rivolgendosi allo psichiatra che ha in cura sua madre, chiedendogli di usare i suoi contatti con i dirigenti delle altre cliniche della città per verificare se qualcuno corrisponde al profilo. Mentre il dottore effettua le sue telefonate, Reid fa visita alla mamma, la quale intuisce subito che c'è qualcosa che suo preoccupa suo figlio al di là delle indagini relative al rapimento e parlando con lei il ragazzo ricorda che quando aveva quattro anni cambiarono casa, trasferimento voluto da Diana che sentiva un pericolo incombere su suo figlio. Tuttavia alle domande su Riley Jenkins, la signora Reid risponde che si trattava di un amico immaginario di Spencer e che l'unico funerale a cui ha partecipato da piccolo è stato quello dello zio. Il Dottore non porta buone notizie, non ci sono pazienti che corrispondono al profilo segnalato, ma riguardando le immagini del funerale Amy ha un'intuizione su una bionda che risulta avere un precedente penale per aggressione: Claire Bates. Dai dati raccolti si evince che la donna ha partorito da circa tre settimane, ma i servizi sociali le hanno portato via il figlio dopo una settimana di valutazione durante i quali è stata giudicata inadatta per il ruolo di genitore, nonostante l'affetto evidente mostrato da Claire che ha perfino sospeso la sua terapia durante la gravidanza per non nuocere al feto.
Avuto l'indirizzo dai file dei servizi sociali Hotch, Rossi, Morgan e Prentiss si recano sul posto e inseguono Claire, con quello che sembra essere Michael tra le braccia, fino a un falò che sta bruciando dietro il garage; la situazione è tesissima, i quattro l'hanno circondata ma la donna è molto vicina alle fiamme e nello stato di angoscia in cui si trova è capace di qualsiasi gesto. Mentre Emily parla con lei cercando di farla ragionare, di riportarla alla realtà, Spencer sopraggiunge e ispeziona l'interno della casa, dove in una stanza trova il piccolo Michael che gli corre incontro abbracciandolo, giusto in tempo per salvare Claire che stava per essere fermata con la forza da un proiettile di Morgan. Amy e Craig arrivano sulla scena e riabbracciano il loro figlioletto, tornando a essere una famiglia mentre Spencer parla con Derek, il quale cerca di rassicurarlo su ciò che lo sta turbando, sul caso di Riley Jekins, dicendogli che qualunque sia la verità sul passato ciò che conta è che questa storia lo ha spinto verso la carriera di profiler, dandogli la possibilità di salvare molte vite, tra cui quella di Michael Bridges e che quella di oggi è una vittoria da festeggiare, perchè nel loro lavoro è una rara occasione.
Confortato dalle parole del suo amico, Spencer chiede a Hotch di spostare all'indomani il ritorno a casa, per poter trascorrere un po' di tempo con sua madre e mentre la famiglia Bridges si allontana abbiamo la citazione finale che è di Bob Dylan: "Io penso che ciò che è veramente naturale siano i sogni, che non vengono toccati dalla decomposizione". Ed è sempre di Dylan (Shelter From the Storm) la canzone che accompagna le ultime scene dell'episodio, con la squadra celebra l'happy ending al ristorante cinese, chiacchierando amabilmente, Claire in prigione che piange per il suo bambino perduto, Amy e Craig che tornano a casa con Michael, mentre Spencer trascorre la serata con sua madre, dormendo sul divano della sua stanza; ma la serenità di Reid è solo apparente, perchè una volta addormentato sprofonda di nuovo nel solito incubo che stavolta si arricchisce di un ulteriore, inquietante dettaglio, l'assassino di Riley che Spencer conosce molto bene: suo padre.
