La terza e ultima stagione della serie televisiva The Borgias, composta da 10 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 14 Aprile 2013 al 15 Giugno 2013.
Il Papa sta lottando per la vita, i Cardinali invece tramano per avere il controllo del papato. Cesare e Micheletto sono sulle tracce dell'assassino mentre Della Rovere si prepara a fare la sua mossa.
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Papa Alessandro incarica il Cardinale Sforza di condurre un'inchiesta tra i Cardinali per scoprire chi è che sta complottando contro di lui. Con le prove necessarie Alessandro bandisce tutti i Cardinali di cui non si fida. Catherina Sforza ordina a Rufio di ottenere il supporto dei mercenari appartenenti alle famiglie romagnole. Lucrezia è insofferente verso i futuri suoceri, inoltre scopre che i suoi sentimenti per Cesare potrebbero essere più che fraterni.
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Il nuovo Re Ferdinando non accetta Giovanni come figlio di Lucrezia e Cesare si reca a Napoli per risolvere la questione. Dopo il matrimonio tra Lucrezia e Alfonso, quest'ultimo si rende conto che le forze politiche stanno slittando, e non in suo favore. Sconvolto, abbandona Lucrezia la prima notte di nozze, spingendola nelle braccia di qualcun'altro.
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Il nuovo Cardinale Farnese viene incaricato del Tesoro e presto scopre il furto a opera di Versucci e Micheletto è ingaggiato di ritrovarlo. Alessandro intanto riceve la richiesta di aiuto da Venezia e coglie l'occasione per riempire nuovamente i forzieri proclamando una crociata di soccorso. Re Ferdinando scopre che il matrimonio tra Lucrezia e Ferdinando non è stato consumato.
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La missione diplomatica di Cesare in Francia è un successo grazie all'aiuto del suo consigliere, Machiavelli. A Roma intanto, la seducente e pericolosa Bianca si comporta in maniera dissennata. Lucrezia si reca a Napoli accompagnata da suo marito e Micheletto. Ferdinando rimane fermo sulle sue posizioni e non riconoscerà il piccolo Giovanni a corte. Dopo aver scoperto le sue intenzioni, Lucrezia decide di complottare contro di lui.
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Cesare arriva nel nord dell'Italia con un'armata francese e Alessandro è furioso perchè lo interpreta come una sfida alla sua autorità. Tuttavia accetta il piano di Cesare per distruggere la dinastia Sforza. Catherina intanto sta organizzando un suo piano. Preoccupato per la mancanza di fondi per la Crociata, Alessandro impone delle tasse schiaccianti per la nuova comunità di ebrei.
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Cesare brucia il palazzo di Costanzo cercando di contenere la piaga. Lucrezia si rende conto di cambiamenti politici e cerca un riparo per sé e la sua famiglia a Napoli. Lucrezia ricatta il principe Raphael e Frederigo rimpiazza Ferdinando sul trono.
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I pellegrini affluiscono in massa a Roma per il giubileo, ma Catherina intende rovinare i piani che Alessandro ha per la lucrosa festività. Lucrezia si rende conta che è costantemente sorvegliata dalle guardie reali. Cesare, Micheletto e Lucrezia scoprono un complotto per ingannare la famiglia Borgia.
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Devastato dal tradimento del suo amante, Micheletto lo uccide e sparisce. Cesare si reca di corsa a Napoli per salvare Lucrezia. Fratello e sorella sono talmente felici di ritrovarsi che Alfonso comincia a sospettare che ci sia qualcosa di più tra di loro. Alessandro sta cercando di mettere le mani sul mercato dello zolfo, uno degli ingredienti chiavi della polvere da sparo.
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Alessandro e Cesare mettono da parte le loro differenze e si riconciliano. Cesare guida la sua armata per finire quello a cui Juan aveva dato inizio, la conquista di Forli. Dopo un litigio con Cesare, Alfonso è in fin di vita e Lucrezia decide di avvelenarlo per evitargli inutili sofferenze. Cesare giura che Lucrezia sarà sua una volta e per tutte.
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