La terza stagione della serie televisiva Nikita - La femme Nikita (3), composta da 22 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 3 Gennaio 1999 al 29 Agosto 1999. Disponibile in Italia.
Trama di Nikita - La femme Nikita 3. Preoccupati per la possibile reazione di George se venisse a sapere della fine di Adriana, Operations e Madeline cominciano a eliminare uno a uno tutti i testimoni presenti allo scontro verbale nel finale della stagione precedente. Non potendo agire 'ufficialmente', tutte le vittime muoiono 'incidentalmente' durante qualche missione. Nikita sospetta di essere il prossimo bersaglio e infatti sfugge per un pelo alle loro macchinazioni grazie anche all'aiuto di Michael, Walter e Birkoff. Nikita scopre un segreto davvero sconcertante che riguarda Michael: è sposato con un bimbo di quattro anni. In realtà il matrimonio si tratta di una missione a lungo termine per cercare di avvicinare il padre di Elena, la moglie ignara, che è un noto terrorista molto potente e inafferrabile. Nikita rimane molto turbata dalla cosa, sia perchè i suoi sentimenti per Michael sono molto forti, sia perchè prova molta pena per il piccolo innocente e anche per Elena, che è una brava persona manipolata dalla Sezione. Quando l'operazione riesce e il terrorista viene fermato, Michael deve inscenare la sua morte e non rivedere più la sua famiglia. La cosa lo distrugge a tal punto da non essere più in grado di svolgere il suo lavoro, ma Operations e Madeline non si fermano di certo davanti a cose di poco conto come la perdita di un figlio e sottopongono Michael a una serie di test per verificare il suo stato mentale e per spingerlo a tornare in se'. In realtà le loro manovre riescono a scuoterlo quando la vita di Nikita è in pericolo e a quel punto Michael indossa di nuovo la sua maschera di ghiaccio per salvare l'unica ragione di vita che gli è restata. Consapevoli del rischio che comporta avere Nikita e Michael troppo vicini, Operations e Madeline li osservano da vicino per poter intervenire al primo segnale di pericolo. Durante il lavoro 'ordinario' Nikita comincia a rendersi conto che non c'è veramente limite a quello che la Sezione Uno può fare e ai mezzi che impiega per ottenere i risultati necessari, come ad esempio la clonazione degli agenti operativi per potenziare l'organico senza dover 'aspettare' qualcuno da reclutare. E a proposito di reclutamento, Nikita riceve l'ordine di incastrare un uomo che possiede la memoria fotografica e comincia a chiedersi come siano andate le cose per il suo reclutamento, quando è stata accusata di un omicidio che non ha commesso. Inoltre una figura del suo passato riemerge e le fa sapere che sua madre non ha mai creduto alla storia del suicidio e che non ha mai smesso di cercarla. Michael e Nikita intanto trovano un modo per comunicare segretamente e scambiarsi appuntamenti alle spalle della Sezione, spesso aiutati da Walter, ma Operations e Madeline non sono nati ieri e capiscono che è arrivato il momento di intervenire. Madeline tenta un approccio indiretto, degradando Michael e privandolo di tutto il prestigio e potere che ha conquistato negli anni, perfino del suo ufficio per costringerlo a scegliere tra la carriera e l'amore. Alla fine l'ultima carta da giocare prima dell'annullamento è il condizionamento mentale e alla fine di una missione, quando i due sono separati, Nikita viene 'riprogrammata' da Madeline, che la trasforma in una copia abbastanza fedele di se stessa. Per quanto riguarda gli altri membri della famiglia, Walter ha finalmente raggiunto l'età della pensione e Operations decide di mandarlo via, Birkoff è convinto che il ritiro si tratti di un annullamento meno traumatico, ma pur sempre annullamento e fa di tutto per evitare che il suo amico venga ucciso. Ma scoprirà di aver preso un abbaglio ai danni del povero Walter. Birkoff ha le sue gatte da pelare, da un operativo che è intenzionato ad ucciderlo perchè convinto di essere stato 'sospeso' a causa sua, per arrivare a Greg, il ragazzino prodigio 'reclutato' durante una missione che adesso è diventato il suo acerrimo nemico. Greg fa leva sul buon cuore di Birkoff, che nonostante lavori alla Sezione da anni è pur sempre un ragazzo, e gli gioca un tiro mancino, facendolo degradare da Operations e rimandandolo in azione sul campo. Michael rimane di ghiaccio quando si trova di fronte la nuova Nikita, ma niente è impossibile per lui e di certo troverà il modo di far tornare in se' la donna che ama.
Operations è convinto che Nikita, e tutti quelli che hanno assistito alla distruzione di Adriana, siano una minaccia per la Sezione Uno e organizza un piano per sbarazzarsi di loro durante una missione. Solo Nikita riesce a sopravvivere e scopre che il suo alleato più fidato, Michael , non è rintracciabile. Riuscirà Nikita a trovarlo? E potrà Michael aiutarla?
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Nikita riceve l'incarico di catturare David Handerson Williams, un socio di Vacek, inoltre scopre ulteriori informazioni sul passato di Michael riguardanti Elena e Simone. Nel frattempo Elena la invita a restare a casa sua e di Michael e Nikita accetta per ordine della Sezione, ma non si trova a suo agio. Elena decide di contattare suo padre, ma è ancora da vedersi se lui accetterà o se sarà necessario prendere misure più drastiche.
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Per liberarsi di Vacek, Operations e Madeline ordinano a Michael di avvelenare Elena, ma lui non riesce ad obbedire agli ordini, così la Sezione lo manda in missione per poter agire direttamente e avvelenare Elena. A questo punto bisogna soltanto aspettare e vedere se Vacek ha a cuore la salute di sua figlia oppure no. Nel frattempo la Sezione decide di far trasferire Mick Shtoppel nel quartiere di Nikita come suo vicino di casa.
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Michael perde per sempre sua moglie e suo figlio e il suo equilibrio emotivo ne soffre fino al punto di danneggiare la sua concentrazione sul lavoro. Nikita cerca di fare il possibile per restituirgli la voglia di vivere e per proteggerlo dai pericoli durante le missioni, mentre Operations e Madeline litigano su quale strategia adottare per risolvere la situazione. Nel frattempo Birkoff scopre un file che contiene prove incriminanti su Operations e va da Walter per chiedergli consiglio.
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L'ultimo obiettivo della Sezione è Ivan Chernov, un terrorista che addestra bambini rapiti per utilizzarli nei suoi traffici. Michael 'vende' Nikita a Chernov, il quale intende usarla per degli esperimenti di clonazione. Nel frattempo Birkoff scopre che la sua vita è in pericolo a causa di Felix, un operativo in fase di 'annullamento tramite missione suicida' che lo ritiene responsabile per il suo status.
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La Sezione si sta occupando di Nikolai Markali, un politico che Operations afferma esser implicato con una fazione terrorista nota come Badenheim. Tuttavia le prove presentate sono molto deboli e sembra che l'unica colpa di Nikolai sia quella di aver sposato Corinne, la moglie di Operations diventata vedova quando lui è stato 'reclutato' dalla Sezione.
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Nikita viene catturata da un vecchio nemico e accetta di aiutare una sua copia a infiltrarsi all'interno della Sezione per proteggere la vita di Michael. Nikita deve trovare un modo di avvertire Michael della situazione prima che la sua copia distrugga la Sezione e tutti quelli al suo interno.
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Un uomo che possiede una memoria fotografica viene incastrato per omicidio in modo che la Sezione possa 'reclutarlo'. Lavorando a stretto contatto con la nuova recluta, Nikita comincia a fare domande sul suo 'reclutamento' e trova l'uomo che ha distrutto la sua vita.
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Operations comincia a comportarsi in modo bizzarro e i suoi ordini diventano sempre più irrazionali. Nikita, Walter, e Birkoff considerano l'opportunità di ammutinarsi per risolvere la situazione.
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La Sezione sta cercando di catturare due pericolosi e crudeli terroristi, i fratelli Karl e Simon Peruze. Considerata la nota lealtà che li lega, il piano della Sezione è quello di evitare la forza bruta e usare l'inganno. Rapito Karl, lo condizionano cancellandogli parte della memoria a breve termine e al suo risveglio gli fanno credere che Nikita è la sua fidanzata per arrivare fino a Simon. Stranamente però, più Nikita fa la conoscenza di Karl e del suo passato più si sente attratta da lui e a un certo punto si rende conto che la sua mente è sotto il controllo della Sezione.
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Nikita scopre che una delle nuove reclute è una sua vecchia conoscenza della sua vita prima della Sezione Uno. Jamie le propone un patto, se Nikita gli darà una mano a diventare operativo, lui la condurrà da sua madre, che ancora la sta cercando da quando le riferirono del 'suicidio' di sua figlia.
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Nikita viene rapita insieme a Mark e Angela, altri due operativi, da una coppia di terroristi. Sotto tortura Mark svela l'ubicazione di un avamposto della Sezione. Dopo essere stati salvati, Nikita organizza un piano con Mike, mentendo alla Sezione e cercando di catturare i due terroristi da soli. Purtroppo il piano non va in porto e una volta scoperti, Mark da' la colpa a Nikita di ogni cosa, costringendola a subire un processo.
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Operations promuove un certo Zalman alla carica di Comandante Tattico al posto di Michael il quale è talmente furioso da decidere di scappare per sempre dalla Sezione Uno. Insieme a Nikita organizza un piano per evadere durante una missione e i due riescono brillantemente a fuggire. Zalman è ritenuto responsabile dell'accaduto e non ha intenzione di fargliela passare liscia.
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Durante una missione per la cattura dell'imprenditore e terrorista Charles Meyer, Nikita lavora sotto copertura nell'agenzia per modelle di Emlin Anagar, la quale è in realtà una casa di piacere dove le ragazze non sono soltanto a disposizione dei clienti, ma vengono usate in combattimenti all'ultimo sangue nel cosiddetto 'Pozzo'. Mentre sta procedendo con i parametri dell'operazione, Nikita cerca di proteggere Sondra, una ragazza molto ingenua, dalla barbarie del Pozzo, e al tempo stesso ridare la libertà a tutte le altre 'modelle', obiettivo che non è affatto considerato parte della missione. Nel frattempo dal reparto Supervisione arriva alla Sezione Uno Renee, che molto apertamente mostra il suo interesse per Operations, facendo ingelosire Madeline.
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Questa volta la Sezione è incaricata di eliminare un'organizzazione nota come l'Alleanza e il punto di accesso è una dei loro corrieri, una donna di nome Jan Baylin. Tuttavia Bayline, affetta da grave turbe mentali, si toglie la vita prima che la Sezione possa catturarla. Per ottenere un vantaggio dalla situazione, la Sezione decide di infiltrare al posto di Baylin una ragazza che le somiglia molto, Sarah Gerrard, un'anima mite che purtroppo è afflitta da una malattia terminale. Nikita si occpua del suo addestramento, ma comincia ad avere dei sospetti e si chiede se la malattia di Sarah non sia opera della Sezione, un metodo brutale ma efficiente per ottenere la sua collaborazione.
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Dopo una missione per eliminare un gruppo di terroristi, Michael porta alla base un prigioniero che in realtà è un cavallo di Troia. L'uomo scappa durante l'interrogatorio e prima di essere localizzato e abbattuto riesce a mandare on line dei files riguardanti la Sezione Uno: il Registro, che è criptato e quindi momentaneamente al sicuro, e l'ubicazione esatta della Sezione Uno, che si trova a Parigi. Operations ordina l'immediata evacuazione e distruzione dei locali, inoltre partecipa in prima persona alla missione con Nikita per recuperare il Registro prima che venga decifrato.
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Operations deve allontanarsi per una situazione critica nei Balcani e lascia il comando della Sezione Uno nelle mani di Micheal, avvisandolo che George, dalla Supervisione, intende organizzare un massiccio attacco a Luigi Bergomi, un finanziatore di gruppi terroristi. Operations ordina a Michael di fare il possibile per evitare la missione, perchè Bergomi è un uomo molto potente e sicuramente riuscirebbe ad averla vinta. Tuttavia, dopo aver incontrato George, Michael decide di avallare il progetto e lancia un'operazione contro Bergomi, nonostante il parere contrario di Madeline e le obiezioni di Nikita. E' possibile che il potere di avere la Sezione al suo comando abbia avuto la meglio sulla razionalità di Michael?
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Madeline è convinta che il coinvolgimento romantico tra Michael e Nikita sta avendo delle ripercussioni sul comportamento di Michael , così decide di metterlo sotto pressione per fare sì che lui interrompa la relazione. Presto Micheal non è più a capo della Supervisione Tattica, perde il suo ufficio e persino il comando delle missioni. Viene rimpiazzato da Davenport, un buon operativo ma non all'altezza del suo predecessore. Potrà Micheal rinunciare al potere ottenuto in tanti anni di servizio per amore di Nikita? E lei glielo permetterà? Nel frattempo Birkoff e Walter sono in attrito per via di Valerie che flirta sfacciatamente con entrambi.
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Birkoff ha un momento di empasse durante una missione e viene sostituito prontamente dal suo principale antagonista, Greg Hillinger, che riesce a risolvere tutto e a chiudere l'operazione con successo. In seguito a questo incidente, Operations degrada Birkoff e promuove Hillinger al suo posto. Il giovane genio del computer dovrà recarsi in missione sotto copertura per infiltrarsi in un'organizzazione terrorista nota come i Soldati della Libertà, guidata da Jean-Marc Rousseau, un uomo spietato che usa tecniche estreme per 'convincere' giovani adepti a combattere per la causa. Birkoff è convinto che si tratti di una missione impossibile e che il vero obiettivo di Operations è ucciderlo; a conferma delle sue teorie, una volta entrato nel gruppo, scopre un collegamento tra Rousseau e Cellula Rossa. Operations gli ordina di restare sul posto e scoprirne di più, anche se corre gravi rischi. Potrà Nikita aiutare il suo giovane amico? E Operations ha davvero intenzione di annullare Birkoff?
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Durante un'operazione Hillinger fa un errore che costa la vita a un operativo. Greg supplica Birkoff di aiutarlo a coprire il disastro e stranamente Birkoff accetta. Tuttavia, quando si tratta di ricambiare il favore, Hillinger tenta di uccidere Birkoff durante una missione, ma quest'ultimo riesce a provare la colpevolezza di Greg che viene assegnato alla prossima missione suicida. Allo stesso tempo, Operations sta agendo in modo decisamente sgradevole nei confronti di Madeline, ma il suo tempismo è terribile, poichè George dalla Supervisione sta facendo di tutto per eliminarlo. Cosa farà Madeline, tradirà Operations per vendicarsi del suo comportamento?
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Michael e Nikita stanno giocando col fuoco, organizzando degli incontri segreti durante le missioni per aggirare il divieto avuto da Madeline e Operations di frequentarsi. Ovviamente le due menti a capo della Sezione hanno dei forti sospetti, così Madeline manda Davenport a spiarli e ordina a Birkoff di controllare i loro computers per verificare l'esistenza di messaggi tra di loro. Birkoff trova effettivamente prova del fatto, ma scopre che i due amanti vengono aiutati da Walter.
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Michael e Nikita sono in missione per trovare un impianto farmaceutico posseduto dalla Genefex che fa affari con Cellula Rossa e che sta vendendo un'arma biologica chiamata Gandium 2. Ciò che loro non sanno riguarda la seconda parte della missione, vale a dire la riprogrammazione di Nikita da parte di Madeline per cancellare i suoi sentimenti di Michael. Nel frattempo Operations decide di mandare Walter in pensione, ma Birkoff, convinto che sia un altro termine per indicare l'annullamento, fa di tutto per impedire la cosa.
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