2011 - 2015
La Seconda Mass si trova faccia a faccia con gli Skitters e i Mechs, mentre Tom e Mike guidano una missione per liberare finalmente il piccolo Ben e gli altri ragazzi prigionieri degli extraterrestri. Il dottor Micheal Harris, appena unitosi al gruppo, ha nel frattempo messo a punto in piano per liberare i ragazzi dai congegni alieni, ma la foga di Mike quando vede suo figlio nella base aliena rischia di compromettere tutto.
E' arrivato il momento della battaglia finale. Il gruppo si prepara per sconfiggere gli alieni.
Dopo una tremenda invasione aliena, il pianeta è lasciato in rovine e i sopravvissuti devono imparare a lavorare insieme per combattere le forze aliene per evitare lo sterminio. L'ex professore di storia Tom Mason è il Vice Comandante delle forze di opposizione e deve vedersela sia con la guerra in atto che con i suoi doveri di padre di tre figli, uno dei quali è stato catturato dagli alieni.
Tom e Hal guidano una squadra alla ricerca di provviste ma incappano in un'imboscata di umani guidata da un ex detenuto, John Pope il quale vuole tenerli in ostaggio in cambio di armi dalla resistenza.
Hal si trova a dover prendere il controllo della situazione e combattere nel momento in cui si presenta un'inaspettata minaccia contro i figli dei membri della Seconda Mas. Anche Anne ha i suoi problemi durante un'evacuazione anticipata del quartier generale della compagnia, a causa di un imminente attacco degli alieni.
Un volto familiare fa ritorno nel team, ma i suoi motivi sono messi in dubbio. Maggie fa luce sul suo passato e si avvicina a Hal.
Ben si fida della persona sbagliata, mentre suo padre cattura un altro ostaggio. Nel frattempo, Weaver offre un lavoro a Matt e alcuni membri della Second Mass rimangono intrappolati in una cantina.
Dopo svariati mesi ritroviamo la Second Mass impegnata nei preparativi per liberare un gruppo di bambini che sono costretti a lavorare in una miniera.
Tom e Hal si mettono alla testa di una squadra con lo scopo di recuperare delle motociclette per la Compagnia, seguendo le indicazioni di Pope; sul posto, però, si scontrano con un gruppo di Skitter e di ragazzi che hanno subito l'impianto. Intanto, nella scuola che è sede temporanea del gruppo, il Dr. Harris ed Anne sono in disaccordo sul modo migliore per ottenere più informazioni sul nemico alieno.
Hal sviluppa un nuovo, rischioso piano per salvare i ragazzini a cui è stata impiantata la protesi aliena, ma l'idea può mettere qualcuno in pericolo. Dopo un'improvviso, tragico evento, Anne scopre l'elemento che potrebbe fare la differenza tra il successo e il fallimento per il piano di Hal.
Il Tenente Terry Clayton arriva al liceo con delle notizie preoccupanti su un possibile attacco. Clayton ha un piano per portare i bambini in salvo, mentre gli adulti rimangono indietro per affrontare l'attacco, ma il suo piano non incontra il favore dei genitori.
Le condizioni mentali di Weaver iniziano a deteriorarsi, causando problemi a Tom e Hal quando il militare si unisce a loro in una missione di riconoscimento. Nel frattempo Pope costruisce una potente arma da usare contro gli alieni, mentre Anne fa una scoperta shockante durante l'autopsia sul corpo di uno skitter.
Alla scuola i militari della Seconda Mass si preparano per l'attacco alla base aliena, ma Tom non è del tutto convinto del ritrovato equilibrio mentale di Weaver. Nel frattempo, il piccolo Rick mostra una sempre maggiore ostilità verso i suoi compagni umani.
I cinquanta soldati che si sono offerti volontari sono partiti per attaccare la base aliena, ma alla scuola la situazione precipita quando Rick fugge e rivela agli skitter la locazione dei suoi compagni, nonché i loro piani.
Tre mesi dopo che Tom è andato a bordo dell'astronave aliena, Hal e Ben sono ancora alla ricerca di loro padre. Intanto Matt cerca un modo di trovare il suo posto nel mondo mentre Anne da' libero sfogo al suo istinto materno con i ragazzi Mason.
Tom è tornato nel gruppo, ma la sua prigionia nell'astronave aliena sembra aver lasciato dei segni, al punto che lo stesso professore teme di essere vittima di un condizionamento. Nel frattempo, le truppe dei Mech avanzano, e per gli uomini della Seconda Mass si impone la necessità di trovare una nuova base.
Durante una ricognizione compiuta insieme a Ben, il giovane Jimmy viene gravemente ferito dagli skitter. Nel frattempo, mentre Pope è sempre più insofferente alla presenza di Tom, nell'accampamento giunge la pilota d'aviazione Avery Churchill, con notizie di un quartier generale della resistenza a Charleston.
Ben e Hal sono di pattuglia per aiutare un ragazzo, ma le loro biciclette vengono rubate. La ricerca per i loro mezzi di trasporto li conduce a una grossa scoperta. Intanto Matt si ritrova in una situazione pericolosa mentre Weaver si ricongiunge con un membro della sua famiglia.
In una ricognizione tra i boschi, Hal e Maggie trovano i corpi di un gruppo di ragazzi che hanno subito l'impianto alieno. Tra questi, Karen, che però si rivela essere ancora viva. Nel frattempo Weaver accusa un malore: la ferita subita dagli skitter rivela un'infezione che si sta rapidamente diffondendo nel suo corpo.
Sulla strada per Charleston, il gruppo continua a soffrire per le recenti perdite che ha subito. Matt fa amicizia con una ragazza mentre Weaver scopre qualcosa in più sulla storia di Tector.