La seconda stagione della serie televisiva Covert Affairs (2), composta da 16 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 7 Giugno 2011 al 6 Dicembre 2011. Disponibile in Italia dal 9 Gennaio 2012 al 23 Aprile 2012.
Annie e Ben tornano a Washington ma Ben scompare senza lasciare traccia. Annie riceve l'incarico di proteggere una tennista russa.
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Annie incontra l'agente del Mossad Eyal Lavin mentre sta convincendo una segretaria dell'ambasciata siriana a lavorare dalla loro parte.
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C'è una fuga di informazioni alla CIA riguardante una matricola e Annie decide di tornare in sede per trovare il colpevole.
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Annie incappa in una trappola quando cerca di avere delle informazioni da una spia di nome Carlo Reni in Argentina. I due sfuggono al killer e sono in fuga cercando di scoprire chi li ha traditi e chi li vuole morti.
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Auggie viene spostato a una nuova posizione, Annie deve imparare a lavorare con il nuovo rimpiazzo.
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Una missione per installare delle camere di sicurezza in Belarus finisce male e Annie e Reva sono catturate dalla polizia locale.
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Auggie identifica l'uomo responsabile per la sua cecità in un jazz festival a Instanbul.
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Un operativo della CIA viene catturato durante una crisi con ostaggi in Messico, Joan e Annie devono agire sotto copertura per guidare l'operazione di salvataggio.
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Annie scopre che il suo professore dell'università MArk Ramsay è stato in contatto con la CIA quando è stato ucciso in Pakistan. La CIA chiede a Annie di trovare il materiale mancante usando la sua connessione con la vedova di Ramsay.
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Mentre Annie sta organizzando l'estrazione di uno scienziato Cinese, incappa in complicazioni che la mettono di fronte a una scelta difficile.
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Dopo una missione fallita a Venezia, Annie riceve un incarico che coinvolge i nazionalisti Baschi.
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Anni cerca di trasformare la moglie di un riciclatore di denaro sporco in un asset, la donna cambia le carte in tavola e pretende di incontrare Arthur. Tra i due c'è stata una breve storia quando Arthur era stazionato a Berlino.
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Annie viene mandata a cercare l'agente del Mossad Eyal Lavin dopo che è stato scoperto in Washington mentre si fingeva un agente della CIA.
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Un ex analista della CIA in prigione per aver venduto informazioni segrete, è sospettato di essere responsabile per la morte di un collaboratore della CIA in Russia.
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La CIA scopre che i servizi segreti inglesi stanno lavorando sul territorio americano e decidono di usare Annie come doppio agente, mandandola in Inghilterra per essere reclutata dall'MI6.
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Mentre si trova in vacanza con Annie a Stoccolma, Danielle viene scambiata per sbaglio per una spia.
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La spy series ha preso contatti con l'attrice per offrirle il ruolo di una leggendaria agente operativa della CIA.