Stephen Hopkins, il regista di Spiriti nelle tenebre, ha detto delle riprese: "Ci sono stati innumerevoli incidenti sul set, morsi di serpenti, di scorpione, febbre da morso di zecca, persone colpite da fulmini, inondazioni, piogge torrenziali, tempeste di fulmini, ippopotami che inseguivano le persone nell'acqua, automobili che venivano spazzate via e diverse morti di membri della troupe tra cui due annegamenti."
"Val Kilmer è arrivato sul set nelle peggiori condizioni immaginabili, era completamente esausto a causa delle riprese de L'isola perduta, stava attraversando un divorzio ed ebbe a malapena il tempo di entrare nel suo personaggio prima dell'inizio delle riprese. C'è anche da considerare che Kilmer è in quasi tutte le scene di questo film, ho dovuto farlo lavorare 6 o 7 giorni alla settimana per 4 mesi in condizioni davvero sfavorevoli ma è stato comunque un successo, amava questo film." Ha concluso il regista.
Durante un'intervista del 1999 con la rivista SFX, Hopkins ha dichiarato che la realizzazione di Spiriti nelle tenebre è stata la sua peggiore esperienza come regista: "un vero incubo". Michael Douglas, che era anche il principale produttore del film, all'ultimo minuto ha deciso di interpretare il personaggio di Remington ma, già da prima dell'inizio delle riprese, il rapporto di lavoro tra Douglas e Hopkins era molto teso.
Michael Douglas si è persino occupato del montaggio tagliando, in post produzione, più di 45 minuti di scene per avere più tempo sullo schermo per se stesso. Questo, a detta del regista, spiega anche perché alcune parti della storia non combaciano oltre ad essere la principale causa dei molti buchi narrativi. Hopkins ha espresso più volte la sua totale delusione per quanto riguarda il montaggio finale del film.