Anche questo secondo episodio si apre con Claire, una Claire ancora sconvolta a causa della violenza subita da parte di Sylar e che si confida con la propria madre adottiva a proposito dell'accaduto. La cosa che sconvolge la ragazza è la scoperta di essere insensibile al dolore fisico, unica caratteristica da lei considerata realmente "umana". Il timore di essere un'automa senz'anima è la preoccupazione maggiore di Claire che ha sempre subito si dall'inizio la propria condizione straordinaria come una stranezza, più che come un dono.
Questo atteggiamento porta la ragazza a tentare di provare a se stessa di essere ancora un essere umano e la spinge a registrare ancora una volta dei video, come aveva già fatto nel primo episodio della stagione di esordio, che provano i suoi tentativi più disparati di causarsi lesioni. Solo l'arrivo di Peter in volo le impedisce di farsi travolgere da un treno in corsa.
Peter, quello del futuro ricordiamolo, si è precipitato da Claire su invito di Angela che lo aveva accusato di essere causa di grossi sconvolgimenti nella vita delle persone a lui care a causa dello sconsiderato viaggio nel tempo intrapreso allo scopo di sparare a Nathan.
Proprio Peter infatti aveva consigliato a Claire di restare in casa, al sicuro, ma invece tra le tranqulle pareti domestiche Sylar ha potuto portare a termine la sua aggressione ai danni della ragazza.
Maya però si rende conto che il mutamento in Mohinder non riguarda solo il suo fisico, ma anche e soprattutto il suo carattere perchè lo scienziato dimostra un'intraprendenza mai posseduta prima arrivando anche a baciare con passione la ragazza.
Non solo, al risveglio nel letto accanto a Maya, Mohinder si accorge che qualcosa sta cambiando rapidamente in lui: davanti allo specchio, con raccapriccio, vede la sua pelle trasformarsi in qualcosa che ancora non risulta essere chiaro. Quali saranno le conseguenze dell'esperimento? Lo scopriremo sicuramente nei successivi episodi.
Altro "eroe" in difficoltà è Matt Parkman che è sempre nel deserto abbandonato a se stesso così come lo avevamo lasciato nella precedente puntata: accasciato al suolo in preda alla sete sente una voce che lo esorta a bere il succo di una pianta. Il proprietario della voce è un uomo di colore sconosciuto, che si pone subito nei confronti di Matt come una sorta di guida spirituale che ha il compito di aiutarlo nell'attraversamento del deserto. E' lampante, soprattutto nel momento in cui lo sconosciuto chiama Matt con il suo cognome, che l'esperienza vissuta dal detective sia in qualche modo sovrannaturale. Anche la presenza del misterioso disegno che abbiamo già visto campeggiare sul muro nel finale dello scorso episodio aggiunge enigmi alla vicenda di Matt, soprattutto quando l'uomo di colore lascia intuire di esserne l'autore.
In questo secondo episodio fanno ritorno anche due dei personaggi entrati in scena durante la seconda stagione: Elle e suo padre Bob Bishop. Negli uffici della Compagnia Bob osserva un video che mostra le ultime imprese di Sylar e constata l'infinita potenza dell'uomo adesso che è riuscito ad appropriarsi anche del potere di Claire. Della situazione Bob incolpa la figlia Elle, manifestandole l'intenzione di tenerla lontana dall'azione nel prossimo futuro.
Con disappunto la ragazza tenta di rendersi utile e, trascorso del tempo, si reca nuovamente nello studio del padre per suggerire il piano adatto a catturare Sylar. L'idea è di usare come esca i pericolosi "mutanti" rinchiusi nei sotterranei del livello 5 e catturati durante il corso degli anni dagli uomini della Compagnia, ma mentre tenta di esporla a Bob, la ragazza comprende che nel padre c'è qualcosa di strano. Bob, infatti, è seduto sulla sua poltrona privo di vita e con la calotta cranica asportata.
Sylar è dunque vicino, Elle non può fare altro che rivolgersi a Noah Bennet, anch'egli rinchiuso in una delle celle di massima sicurezza del livello 5.
Mentre la ragazza passa davanti ai prigionieri, uno di questi le urla di essere Peter Petrelli e infatti il Peter del futuro ha nascosto la coscienza del suo IO contemporaneo nel corpo di Jesse, uno dei pericolosi criminali affidati alla Compagnia.
Elle ovviamente non tiene conto delle urla dell'uomo e tenta di liberare Bennet, ma Sylar interviene e mette fuori gioco la ragazza. Bennet prova a fermare l'assassino, ma i devastanti poteri di Sylar hanno la meglio e lo tramortiscono. Però, mentre Gabriel tenta di rubare anche il potere di Elle, una scarica elettrica di inaudita potenza si sprigiona dal corpo della ragazza lasciando Sylar esanime al suolo.
La stessa scarica elettrica che ha atterrato Sylar fa nello stesso tempo interrompere l'energia elettrica in tutto l'edificio, le celle si aprono e tutti i pericolosi prigionieri possono in questo modo evadere, compreso Peter/Jesse.
In tutto questo marasma di intrecci è giunto il momento di dedicarsi ad Hiro Nakamura che sta tentando di recuperare la metà della formula rubata e per farlo ha contattato un gruppo di investigatori privati. Le ricerche del team rilevano un'impronta digitale all'interno dell'ufficio di Hiro grazie alla quale si riesce a risalire all'identità della misteriosa ladra. Il suo nome è Daphne Millbrook e vive a Parigi, Hiro non può fare altro che partire accompagnato dall'onnipresente Ando.
Una volta arrivati all'appartamento della ragazza, Hiro e Ando capiscono che la ladra più veloce del mondo ha una discreta collezione di oggetti d'arte (la Gioconda fa bella mostra di se in un angolo) e beni vari, ma dopo aver guardato in giro non trovano nessuna traccia della formula. L'unico modo per rientrarne in possesso è attendere il ritorno di Daphne studiando un piano per costringere la ragazza a restituire il documento. Ando deve fare da esca e, vedendo le rimostranze dell'amico, Hiro gli svela quanto visto nel futuro. La rivelazione sconvolge Ando che afferma di non essere capace di fare del male al suo migliore amico, ma l'atteggiamento di Hiro nei suoi confronti resta comunque diffidente.
Mentre i due discutono tra loro, Daphne ritorna a casa. Hiro la ricatta minacciando di sottrarle una medaglia vinta al college in una gara di velocità, ma la ragazza riesce a fuggire anche questa volta portando con se sia medaglia che formula. La cosa che Daphne però non sa è che nella medaglia Hiro ha nascosto un minuscolo segnalatore gps che rivelerà la posizione della ragazza ovunque si trovi. La caccia quindi continua.
Negli uffici del governatore intanto si discute se sia opportuno affidare a Nathan la carica di senatore junior per lo stato di New York, a caldeggiare la nomina dell'uomo è Tracy Strauss, l'assistente del governatore "gemella" di Niki Sanders. La somiglianza tra Tracy e Niki non è sfuggita nemmeno ad un giornalista che attende la donna nel garage dove Tracy ha l'automobile parcheggiata.
Le intenzioni del giornalista sono chiare: scrivere un articolo dove si svela il passato di spogliarellista dell'assistente Strauss. Tracy però lo minaccia, affermando di non avere nulla da commentare in proposito e parte determinata in auto per andare a discutere con Nathan dell'incarico al Senato.
Lo stesso Nathan in ospedale è sicuro di trovarsi in presenza di Niki e ironizza anche sul fatto che la donna non lo riconosca, ma Tracy lo tenta con il prestigio dell'incarico di senatore junior e Nathan chiude il colloquio affermando di doverci pensare prima di accettare.
Uscita la donna, riappare Linderman (compagno costante di Nathan in questa fase) che gli consiglia di accettare la proposta del governatore facendo leva sui nuovi sentimenti religiosi sbocciati nell'uomo.
Mentre è a telefono con Nathan, Tracy è avvicinata nuovamente dal giornalista che la minaccia di diffondere il video di Niki e dello stesso Nathan girato nella camera d'albergo a Las Vegas. L'ira di Tracy è devastante: le basta toccare l'uomo per congelarlo e mandarlo in pezzi.
Siamo ormai all'epilogo dell'episodio, Noah, finalmente libero, torna a casa da Claire e le spiega che il suo compito sarà andare a caccia dei prigionieri evasi dalle celle della Compagnia. Claire gli chiede di seguirlo come sua partner, ma il padre preferisce tenerla al sicuro insieme al resto della sua famiglia. A sorvegliare sui suoi cari ci sarà Meredith Gordon la madre naturale di Claire.
Alla Compagnia, invece, arriva Angela Petrelli a prender il posto di comando appartenuto a Bob e come prima mossa la donna manda via Elle considerandola responsabile dei disastri accaduti. Non conta che ormai Sylar sia prigioniero e ben legato, molti altri criminali sono liberi di devastare le città con i loro incredibili poteri.
Tra questi lo stesso Peter, aggregato al gruppo di evasi e certamente intenzionato a fermarli in qualche modo.