Quattro anni nel futuro, due volti noti si fronteggiano: sono Peter e Claire, stranamente uno contro l'altra. Peter tenta di spiegarsi con Claire, però la giovane non ascolta ragioni e gli spara. Ma il potere di Peter di piegare il tempo ai suoi voleri non permette alle pallottole di raggiungerlo, l'eroe sparisce e Claire resta da sola con la pistola tra le mani.
Inizio in media res quindi per la terza stagione di Heroes, subito lanciata nel pieno dell'azione.
Cosa ha causato la frattura tra Peter e Claire? Sarà presto facile comprenderlo.
Basta riandare al finale della stagione precedente e ritrovare Nathan Petrelli in conferenza stampa pronto a dichiarare di essere "diverso" e di appartenere ad un gruppo di individui in possesso di abilità speciali. Quella dichiarazione ha di fatto plasmato il futuro: i "diversi" saranno infatti oggetto di indagini, studi, discriminazioni. Trattati come cavie da laboratorio dovranno vivere in segreto, sottoterra. La Claire del futuro incolpa proprio Peter della situazione e il giovane ha un'unica via per poter risolvere le cose ed evitare la dichiarazione di Nathan: tornare indietro nel tempo e sparare al proprio fratello così da fermarlo.
Ed è proprio quello che accade perchè riallacciandosi sempre al finale della scorsa stagione, intuiamo che è lo stesso Peter l'autore dell'agguato a Nathan.
Portato in ospedale, l'uomo, nonostante le cure prestategli, non riesce a sopravvivere. Almeno così sembra, perchè in realtà si rianima proprio sotto gli occhi di Peter entrato nella stanza a dare l'ultimo saluto al fratello esanime.
La sorpresa maggiore è però non tanto la "resurrezione" di Nathan, gli eroi ci hanno abituato a questi colpi di mano, ma la presenza nella stanza di ospedale di una nostra vecchia conoscenza: il defunto Daniel Linderman. L'uomo, dotato del potere di guarire, si assume il merito della ripresa di Nathan e si pone subito come suo interlocutore.
L'essere stato a stretto contatto con la morte genera in Nathan un profondo cambiamento abbinato alla volontà di diventare una persona migliore e in grado di cambiare il mondo. Uscito dall'ospedale senza permesso, Nathan si reca in una chiesa e si abbandona alla volontà di Dio.
La "conversione" dell'uomo politico non passa sotto silenzio e i media si gettano con voracità sulla notizia dandole un'enorme cassa di risonanza fino alle alte sfere del Congresso: il governatore dello stato di New York si interessa a lui per un incarico.
La cosa che maggiormente sorprende è che l'assistente del governatore, nonchè sua compagna di letto, è una donna chiamata Tracy e che è identica a Niki Sanders.
Le condizioni fisiche di Nathan richiedono anche la presenza di sua madre Angela, ma la donna immediatamente si accorge che Peter, presente anch'egli in ospedale, in realtà non è il "vero" Peter e lo affronta per ottenere chiarimenti.
Il Peter del futuro spiega quindi il senso della sua presenza nel passato, ma Angela biasima l'uso scriteriato nei viaggi nel tempo che sono capaci di modificare il futuro rendendolo instabile. Il potere di Angela, e cioè vedere attraverso i sogni le cose che devono ancora avvenire, è inutile in presenza di alterazioni del corso degli eventi. La donna paventa quindi sconvolgimenti irrecuperabili, capaci di gettare il mondo nel caos.
L'inquietudine di Angela è rivolta anche verso la sorte del "vero" Peter, scomparso dopo l'arrivo del suo ego futuro, ma questi la rassicura affermando che il Peter "contemporaneo" è in un posto sicuro.
Ma Angela non è l'unica ad essere consapevole della reale identità di Peter, anche Matt Parkman, presente sul luogo dell'attentato a Nathan, si rende conto della diversità del giovane, ma Peter lo assale e lo tramortisce.
Al risveglio, Matt si ritrova in un vasto deserto, solo e confuso e non riesce a comprendere in che modo ci sia finito o se quella sia la vera "realtà".
Hiro riesce appena a stringere il prezioso documento tra le mani, quando un ladro misterioso glielo sottrae. Ad Hiro non resta altro da fare che fermare il tempo rendendosi conto subito che il ladro è dotato a sua volta di superpoteri.
La responsabile del furto è, infatti, una ragazza bionda capace di correre a velocità incredibile e Hiro non può fare nulla per fermarla. La sconosciuta si dilegua quindi portando con se la parte di formula e l'unica soluzione che viene in mente al nostro eroe è viaggiare nel tempo.
Memore però di quanto accaduto con Adam nel passato, Hiro decide di andare avanti nel futuro per non creare sconvolgimenti, ma in questo modo assiste ad una colluttazione tra il suo IO futuro e quello di Ando e l'amico, oltre ad essere inequivocabilmente malvagio, lo deruba dell'importante formula arrivando anche, alla fine dello scontro, ad ucciderlo grazie ad una potente scarica elettrica. Ando ha dunque dei poteri?
Ma il viaggio di Hiro nel futuro non riserva solo questa sorpresa, il nostro eroe si ritrova, infatti, a fronteggiare ancora una volta la visione di una disastrosa esplosione che distruggerà l'intera città di Tokyo. Bisogna quindi mettersi alla ricerca della velocissima ladra, recuperare la formula ed evitare l'esplosione. Il problema però sarà anche continuarsi a fidare di Ando.
Intanto problemi anche per Claire da sola in casa soprattutto quando ci si trova Sylar alla porta. L'uomo ha tutta l'intenzione di portare a compimento la missione che si prefigge sin dai primi episodi: impossessarsi dello straordinario potere rigenerativo di Claire così da rendersi immortale o comunque indistruttibile.
Claire tenta in ogni modo di difendersi, ma le capacità di Sylar non le lasciano scampo.
Bloccata su un tavolo in una scena molto intensa, Claire sente, impotente, Sylar armeggiare con il suo prezioso cervello messo a nudo. I
In questo passaggio riusciamo anche a scoprire cosa accade di preciso alle vittime dell'assassino perchè alla domanda di Claire se egli avesse intenzione di mangiarle il cervello, Sylar risponde che non sarebbe capace di fare una cosa tanto disgustosa. L'uomo infatti si limita ad accarezzarne le varie aree fino a quando si rende conto di aver trovato quella giusta, quindi si estrae dal petto il coltello che Claire gli aveva piantato nel torace durante la feroce colluttazione avvenuta poco prima. La ferita, ovviamente, si rimargina immediatamente.
Sylar si prepara ad andare via, ma Claire gli chiede se ha intenzione di ucciderla. La risposta dell'uomo è sicuramente "strana" perchè Sylar afferma che Claire è così speciale da non poter morire. Poi la lascia da sola, ma prima di andare via le appoggia sul cervello la calotta cranica con i capelli biondi che le aveva tagliato via.
La scoperta rivoluzionaria permetterà infatti a chiunque si inietti la sostanza di acquisire le straordinarie abilità degli "eroi", non precisamente le stesse, ma combinate con i geni di ognuno, le proprietà del siero genereranno istantaneamente i più disparati poteri.
Tutto ciò sconvolge Maya, soprattutto la manifesta intenzione di Mohinder di sperimentare il siero su se stesso per osservare le reazioni, ma anche per poter provare finalmente cosa vuol dire avere abilità speciali.
L'episodio si chiude, quindi, con Mohinder che dopo l'iniezione si risveglia per strada incredibilmente forte e in sottofondo possiamo ascoltare la lettura di una profezia che indica chiaramente l'avvento di tempi difficili per l'intera umanità con il sorgere di un nuovo temibile avversario e che fa riferimento ad un misterioso disegno che lo stesso Mohinder osserva dipinto sul muro poco lontano dal luogo dove egli stesso ha ripreso i sensi.