La sesta stagione della serie televisiva X-Files (6), composta da 22 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 8 Novembre 1998 al 16 Maggio 1999. Disponibile in Italia dal 21 Marzo 1999 al 2 Aprile 2000.
Trama di X-Files 6.
Gli X-Files sono bruciati, l'ufficio distrutto, niente è rimasto di tutto il lavoro di Mulder e Scully che vengono riassegnati ad altre mansioni. Ma il peggio deve ancora arrivare, gli X-files vengono affidati all'agente Spender e all'agente Fowley. Mulder non si arrende e continua ad indagare insieme a Scully per ottenere le prove sulla cospirazione del Sindacato, anche se Dana è costretta a collaborare con un nuovo partner. Grazie ai loro sforzi e a una stupefacente scoperta di alcuni scienziati, forse i due agenti potranno finalmente ottenere le prove da usare per smascherare le trame dell'Uomo che Fuma e dei suoi soci.
Dopo la distruzione di tutti gli X-Files a opera di un incendio doloso, Mulder e Scully vengono separati e riassegnati a differenti mansioni. A peggiorare le cose le indagini sugli X-files vengono affidate all'agente Spender e all'agente Fowley. Gibson Praise ricompare per chiedere aiuto a Mulder e Scully i quali cercano di continuare la loro inchiesta nonostante le enormi difficoltà che si trovano ad affrontare.
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Mulder è intrappolato in un'auto con un uomo che soffre di un grave disturbo all'orecchio che riesce a lenire soltanto guidando molto velocemente in direzione ovest. Mentre Scully cerca disperatamente di trovare una cura, Mulder e il suo rapitore si avvicinano sempre di più all'oceano.
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Mulder si reca nel Triangolo del Bermuda quando viene a sapere che la Queen Anne, una nave Britannica scomparsa durante la Seconda Guerra Mondiale, è riapparsa nel bel mezzo del Mar dei Sargassi. La barca di Mulder incorre in una tempesta e lui è costretto a gettarsi in mare; è recuperato dai marinai della Queen Anne che è caduta sotto il controllo dei nazisti. I tedeschi sono in cerca dell'uomo che nel futuro costruirà la bomba atomica. Mulder cerca di convincere l'equipaggio che sono approdati nel futuro, ma in realtà è lui che è tornato indietro nel passato. Anche in quest'epoca distante nel tempo, Mulder si trova circondato da nemici, ma per fortuna troverà anche una persona amica di cui fidarsi.
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Mentre è tenuto in stato di fermo nei pressi dell'Area 51, Mulder scambia il suo corpo con quello di un Man in Black che lavora all'interno dell'Area. Il fenomeno sembra essere stato generato da un velivolo che ha sorvolato il deserto creando una strana onda d'urto. Mentre il Man in Black è compiaciuto e approfitta della situazione per sfuggire alla monotonia della sua vita, Mulder invece si trova ad affrontare le difficoltà familiari e non dell'individuo di cui ha adottato l'identità. Mulder contatta Scully per spiegarle cosa è successo e cerca di incontrarla per farle avere la scatola nera del velivolo, ma il suo alter ego usa i contatti dell'FBI per farlo arrestare.
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Mulder viene sbattuto in cella nell'Area 51, ma è rilasciato non appena si scopre che la scatola nera in suo possesso era fasulla. Scully finalmente realizza che il Mulder che ha sotto gli occhi non è il suo partner e torna nel Nevada con l'impostore come prigioniero. Nel frattempo il meccanismo che ha causato tutto il fenomeno sta tornando indietro come una sorta di elastico. Forse questa è l'unica occasione per rimettere le cose nel giusto ordine.
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Mulder convince Scully a esaminare una casa "infestata" che ogni anno, alla vigilia di Natale, manifesta le sue entità. All'interno della casa i due vengono separati da ogni sorta di trabocchetti e intrappolati dai fantasmi dei due amanti che in origine stipularono un patto d'amore suicida. I due vecchi spettri cercano di convincere Mulder e Scully a uccidersi a vicenda.
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Una coppia scopre che il feto del loro bambino ha delle strane protusioni sul cranio, di notte la donna si sveglia in preda a un orribile incubo in cui un demone infuocato le "ruba" il bambino, solo per ritrovarsi in una realtà ancora più terrificante. L'agente Spender non prende neanche in considerazione l'ipotesi di occuparsi del caso, mentre Mulder decide di indagare per scoprire la verità.
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Degli strani fenomeni metereologici si abbattono su una piccola cittadina destando l'interesse di Mulder. L'agente speciale crede che dietro i bizzarri avvenimenti ci sia un uomo che si occupa delle previsioni del tempo, innamorato segretamente di una sua collega. I suoi sentimenti si riflettono sulle condizioni climatiche e quando la donna fa gli occhi dolci all'agente Mulder la cittadina deve fronteggiare la minaccia di un tornado.
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Skinner è vittima di una malattia creata dal governo Ombra. Ricoverato in ospedale in gravissime condizioni, Mulder si mette sulle tracce del leader del gruppo per ottenere una cura. Nel frattempo Scully rimane accanto al vicedirettore nel tentativo di aiutarlo.
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Il vicedirettore Kersh cerca di dividere Scully e Mulder assegnando a Dana un nuovo partner. Insieme i due si occupano di Alfred Fellig, un fotografo della polizia freelance che riesce in qualche modo a trovarsi nelle vicinanze di morti imminenti. Mentre il nuovo agente è convinto che Fellig sia in realtà un serial killer, Scully segue una pista di tipo "alternativo".
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L'Uomo che Fuma si ritrova a raccontare i dettagli più segreti della sua vita ad un ascoltatore occulto, mentre Cassandra Spender ricompare sconvolgendo i piani del governo Ombra che cerca di eliminarla. Cassandra si rivolge a Mulder e gli chiede di ucciderla perchè lei rappresenta il risultato di 50 anni di esperimenti. La Spender afferma di essere un ibrido umano-alieno e che se gli alieni vengono al corrente della sua esistenza darebbero il via alla colonizzazione.
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L'Uomo che fuma rivela a suo figlio, Jeffrey Spender, tutti i segreti governativi degli ultimi 50 anni e gli chiede di collaborare con lui. Mulder scopre che lo stadio finale della cospirazione comincerà presto e inizierà proprio con la trasformazione in ibrido dei membri del Sindacato Ombra. L'agente Spender inganna suo padre e fa in modo che Mulder e Scully vengano riassegnati agli X-files, cosa che causerà la sua morte.
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Arthur Dales chiede l'intervento di Mulder e Scully per delle misteriose scomparse che sono avvenute nel vicinato della sua casa residenziale in Florida. Nonostante l'avviso di un incombente uragano, i due si recano sul posto per indagare e scoprono che le sparizioni sono opera di una creatura marina che si è insediata nel sistema fognario.
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Una ragazza è costretta a rivivere lo stesso giorno in modo perpetuo e ogni giorno tenta di avvertire Mulder e Scully del fatto che saranno uccisi in una rapina in banca compiuta dal suo fidanzato. Nonostante la follia apparente che sta vivendo, la donna riesce in qualche modo ad attirare l'attenzione di Mulder.
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Mulder e Scully sono tornati ufficialmente alla guida degli X-files e in occasione del loro primo caso i due si trovano a indagare sulla scomparsa di alcune persone in un centro residenziale. Per ottenere più informazioni decidono di recarsi sul luogo sotto copertura, come una coppia di sposini che si è appena trasferita. Dopo una calorosa accoglienza Mulder e Scully cominciano a perquisire la casa dell'ultima vittima e scoprono un residuo organico che mandano in laboratorio. Nel frattempo, l'amministratore consegna ai nuovi arrivati il regolamento interno del parco, consigliandogli di attenersi alle regole al fine di evitare spiacevoli incidenti.
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Uno scienziato cattura un esemplare di cane selvatico creduto estinto. Nel tentativo di portarlo in America dall'Asia, il cane evade e comincia a disseminare morti lungo la sua strada. Mulder e Scully tentano di eliminare la minaccia.
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Un tornado distrugge un campo di prigionia e uno degli detenuti scompare dalla cella di isolamento. Il direttore della prigione viene assassinato e Mulder e Scully sono chiamati per contribuire alle indagini. Mentre sono sulle tracce dell'evaso, i due agenti dell'FBI scoprono che il prigioniero ha la facoltà di passare attraverso la materia solida.
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Uno scrittore, che vive nell'appartamento a fianco a quello di Mulder, sviluppa un'attenzione ossessiva nei confronti di Scully e le confessa che sta scrivendo un racconto che ha lei per protagonista. Scully rimane affascinata dall'uomo, anche se scopre che è il primo indiziato in un caso irrisolto di omicidio sul quale lei e Mulder stanno indagando.
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Mulder incontra il fratello dell'agente Arthur Dales che gli racconta una storia ambientata nel 1940 che vede protagonista un talentuoso giocatore di baseball originario di Roswell, New Mexico. Dales sospetta che il giocatore non fosse altro in realtà che un alieno fuggito dalla sua colonia per amore del gioco.
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Mentre si trovano a Las Vegas per una Convention, i Pistoleri Solitari incontrano di nuovo Susanne Modeski, la donna misteriosa scomparsa anni addietro in occasione del loro primo incontro con Fox Mulder.
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Le autorità ritrovano le ossa appartenenti a una coppia scomparsa da poco meno di una settimana. Mulder è convinto che recenti fenomeni paranormali nella zona possano essere la spiegazione per l'avanzato stato di decomposizione dei cadaveri.
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Due scienziati discutono su degli oggetti metallici ritrovati in Africa e teorizzano che i due artefatti facciano parte di un puzzle che potrebbe essere la prova inoppugnabile che la vita umana, le piante e gli animali siano in realtà di origine aliena. Quando uno degli scienziati viene ucciso, gli agenti dell'FBI intervengono nelle indagini, ma Mulder comincia ad avvertire intensi dolori di origine neurale causati dagli oggetti rinvenuti.
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Quali sono gli episodi da recuperare in vista della nuova serie, prossimamente sui nostri schermi?