La seconda stagione della serie televisiva The Borgias (2), composta da 10 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 8 Aprile 2012 al 17 Giugno 2012.
Il papa Alessandro VI ha una nuova amante e organizza una grande festa pagana per i cittadini di Roma per festeggiare il ritrovamento di una serie di antichi manufatti. La rivalità tra Cesare e Juan cresce a dismisura, Lucrezia si occupa del suo neonato mentre Della Rovere, di nuovo prete, scampa per un soffio a un tentato assassinio.
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Lo stalliere padre del figlio di Lucrezia si reca a roma per un incontro con lei, ma incontra un infausto destino per mano di Juan. Giulia e Vittoria, le amanti del papa, lo portano in giro per Roma sotto mentite spoglie per svelargli la realtà dei poveri che vivono nella città.
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Alessandro VI rifiuta la sepoltura cattolica a Paolo, nonostante ci siano forti dubbi sul suicidio dello stalliere. Lucrezia, per protesta, comincia uno sciopero della fame che minaccia la vita del suo bambino. I francesi sono di nuovo in viaggio verso Roma, mentre Della Rovere sta organizzando un piano contro il papa.
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Cesare recluta una banda di mercenari e con l'aiuto di Micheletto cerca vendetta sulle truppe francesi che stanno battendo in ritirata dopo aver incendiato il convento dove si trovava Ursula. Il Papa forgia nuove alleanze strategiche, Lucrezia si aggrega a Giulia per aiutare i poveri di Roma.
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Cesare se la vede con gli Sforza, Alessandro arriva a Firenze per ascoltare il Savonarola e non si rende conto che Della Rovere sta cercando di portare il sant'uomo dalla sua parte.
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Alessandro è convinto che un fulmine che ha colpito la Basilica durante la messa sia un segno di disapprovazione da parte di Dio. Cesare cerca di provare il suo valore come leader militare. Il Papa fa pressioni su Lucrezia affinchè accetti un altro matrimonio politico.
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Il ritorno trionfale di Juan dalla Spagna viene oscurato dall'assedio, infruttuoso, del castello degli Sforza. Lucrezia mette a punto un piano per evitare il matrimonio con un ricco mercante Genovese. Le forze di Savonarola organizzano l'infame Falò delle Vanità.
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Lucrezia accetta la proposta di matrimonio di Calvino. Juan ritorna a Roma e dichiara che le sue ferite sono il frutto del suo valore sul campo di battaglia a Forlì. Cesare sospetta che suo fratello stia mentendo e riceve conferma dal figlio di Caterina Sforza. Cesare organizza un incontro con il Papa per sapere la verità sull'assedio. Della Rovere manda Antonello a Roma. Cesare riceve una dichiarazione che accusa il Savonarola di eresia.
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Alessandro organizza una festa memorabile per la Pasqua. L'assassino di Della Rovere si avvicina sempre di più al Papa. L'amante di Lucrezia chiede la sua mano in matrimonio a suo padre. Il comportamento sconsiderato di Juan mette in pericolo la vita del figlio di sua sorella.
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Savonarola viene torturato per ottenere la confessione di eresia e dopo aver falsificato il documento viene preparato per essere mandato al rogo. Il corpo di Juan viene scoperto e il Papa rifiuta di organizzare i funerali fino a quando non verrà scoperto il killer, costringendo Cesare a confessare la verità a suo padre. Lucrezia sceglie un marito da sposare. Antonello fa la sua mossa e il Papa viene avvelenato.
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