Stargate: Atlantis - Stagione 3

Due astronavi Alveari Wraith hanno catturato McKay e Ronon e si dirigono verso la Terra. Sheppard è nascosto nel suo 302 in prossimità di una dei vascelli e viene contattato da Michael che gli offre il suo aiuto. Insieme riescono a salvare il resto della squadra e a sabotare una delle due navi. Una volta tornati a bordo della Daedalus decidono di seguire il piano originale e trasformare i Wraith della seconda nave in esseri umani.

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Il piano ha funzionato e l'equipaggio dell'astronave Alveare è stato trasformato in esseri umani. La squadra deve ora occuparsi del loro destino. Nel frattempo la Dottoressa Weir si trova sotto lo scrutinio di Richard Woolsey e dell'I.O.A.

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Lucius, un uomo incontrato su un altro pianeta e venerato come un eroe nonostante sia una persona del tutto comune, ha uno strano effetto sui membri della spedizione di Atlantide. Tutti, eccetto Sheppard, cominciano a trattarlo come una specie di superuomo e ad accordargli totale fiducia. John capisce che Lucius sta usando una droga derivata da una pianta e rapisce Carson per costringerlo a trovare un antidono prima che la situazione peggiori ulteriormente.

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Sheppard, Teyla e Ronon vengono attaccati e catturati su un pianeta dagli abitanti di un villaggio che anni addietro ha offerto asilo a Ronon. Il villaggio subì le conseguenze della sua ospitalità venendo distrutto dai Wraith. Adesso il capo-villaggio intende consegnare Ronon ai Wraith in cambio di protezione.

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La Dottoressa Weir si unisce al team esplorativo per incontrare una civiltà che potrebbe discendere direttamente dagli Antichi. Una volta arrivati sul posto si trovano di fronte a una città incredibile, ispirata chiaramente all'architettura e tecnologia degli Antichi. Tuttavia, quello che sembra essere un popolo amichevole nasconde un oscuro segreto...

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Elizabeth si risveglia in un ospedale psichiatrico in Washington D.C. e il suo dottore le dice che gli ultimi tre anni della sua vita sono soltanto frutto della sua mente, rimasta traumatizzata dalla morte di Simon.

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John Sheppard viene catturato da Kolya il quale cerca vendetta e pretende di scambiare John con Ladon, l'attuale leader degli Genii. Kolya minaccia di uccidere Sheppard e lo tortura in diretta usando un Wraith tenuto in cattività. Mentre si trova in cella John si ritrova a parlare con il Wraith che si sta cibando di lui e i due decidono di unire le forze per scappare.

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La sorella di McKay, Jeannie, riesce a risolvere una prova matematica di fondamentale importanza per la spedizione che si trova nella Galassia di Pegaso. Rodney torna sulla Terra per convincerla a unirsi alla missione e una volta ritornati ad Atlantide si mettono subito al lavoro. Tuttavia, le cose si complicano quando un altro Rodney McKay compare da un universo parallelo.

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Durante una missione su un pianeta, Sheppard, Ronon e Carson subiscono gli effetti di un macchinario Wraith che altera le percezioni sensoriali e rischiano di uccidersi l'uno con l'altro.

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Mentre stanno effettuando un test di efficienza per il Ponte Intergalattico McKay-Carter (una catena di Stargate che permette di viaggiare dalla Galassia di Pegaso alla Via Lattea in trenta minuti), il team scopre una nave degli Antichi che sta viaggiando a velocità luce. Una volta stabilito il contatto, gli Antichi ringraziano sentitamente i Terrestri per aver salvaguardato la città, ma gli chiedono cortesemente di liberare Atlantide e ritornare sul loro pianeta.

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Il Generale O'Neill e Richard Woolsey, rimasti ad Atlantide per negoziare con gli Antichi, rimangono intrappolati in città dopo che i Replicanti hanno lanciato un attacco uccidendo i loro creatori. Sheppard, Weir, Carson e McKay rubano uno Jumper che si trova all'SGC e partono per una missione di salvataggio.

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Le balene che abitano gli oceani di Lantea (il pianeta dove si trova Atlantide) migrano verso la città. Teyla è la prima a subire gli effetti devastanti delle loro onde sonore che minacciano di uccidere gli abitanti. Tuttavia sembra che le balene stiano cercando di comunicare con gli umani per avvertirli di un pericolo..

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Il team si reca su un pianeta per indagare la leggenda locale che parla di un supereroe dai poteri incredibili. Una volta arrivati in città, Sheppard e gli altri s'imbattono in una vecchia conoscenza: Lucius.

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McKay e Zelenka stanno perlustrando la città per spegnere tutti i sistemi secondari attivati dagli Antichi quando hanno ripreso possesso di Atlantide. Rodney viene colpito da un raggio di energia mentre sta manovrando una consolle e comincia a sviluppare delle abilità tipiche degli antichi: potere di guarigione, telepatia, telecinesi. Ma ovviamente c'è un prezzo da pagare per questi doni e Rodney ha le ore contate.

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Per trascorrere il tempo, Sheppard e McKay si sfidano con un gioco scoperto al tempo del loro arrivo in città, una sorta di gioco di strategia in tempo reale. Tuttavia, ben presto scoprono che quello che sembrava essere un innocuo divertimento è in realtà un elaborato esperimento scientifico e che i villaggi che hanno governato negli ultimi tre anni esistono anche nella realtà.

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La squadra scopre una stazione spaziale costruita all'interno di un meteorite in orbita attorno a un pianeta disabitato. McKay mette in funzione i sistemi e si scopre che i sopravvissuti del pianeta si trovano in sospensione animata all'interno di un macchinario.

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La squadra si gode un giorno di relax e ognuno si dedica alle sue attività preferite. Disgraziatamente la serenità dura poco e la città viene devastata da un'esplosione. Indagando sulle cause dell'incidente, la squadra perde uno dei membri più amati della spedizione.

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La squadra si reca in missione nelle profondità oceaniche sotto la città per esplorare un complesso geotermico degli Antichi. Una volta arrivati all'interno del laboratori, Teyla avverte la presenza di un Wraith, anche se i sensori non indicano nessun segno vitale.

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Atlantide ha perso i contatti con i Taraniani e dopo aver perso i contatti anche con la squadra di ricognizione, Sheppard e il suo team decidono di indagare sulla situazione. Arrivati sul pianeta scoprono che Michael ha ucciso tutti gli abitanti, usandoli come cavie per degli esperimenti genetici per creare una nuova razza di esseri viventi.

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Ad Atlantide arriva il Colonnello Abe Ellis al comando della nuova astronave Terrestre, la Apollo. Ellis è al capo di una missione per operare un attacco preventivo ai Replicanti. Elizabeth è convinta che si tratti di un errore che potrebbe scatenare una minaccia terribile per Atlantide, ma i suoi dubbi non sono tenuti in considerazione. Disgraziatamente la missione scatena esattamente la reazione temuta da Weir e Atlantide viene attaccata da un potente raggio di energia che minaccia di disintegrare gli scudi in poco tempo. Per salvare la città e i suoi abitanti Elizabeth è costretta a prendere una drastica decisione.

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