La quinta stagione della serie televisiva Star Wars: le guerre dei Cloni (5), composta da 20 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 29 Settembre 2012 al 2 Marzo 2013. Disponibile in Italia dal 10 Maggio 2013 al 12 Giugno 2013.
Anakin Skywalker, il suo Padawan e il capitano Rex si recano sul pianeta Onderon che si trova sotto il controllo del CIS. I tre sperano di poter addestrare i ribelli locali per poter riconquistare Iziz.
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I ribelli di Onderon conquistano la capitale e mettono a segno una serie di attacchi. I ribelli scelgono il loro nuovo leader nonostante il loro Re, un Separatista, cerchi di fare un accordo con loro.
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Il precedente Re di Orendon viene rapito dai Ribelli e rischia di essere giustiziato dal Generale dei Droidi, attuale Re di Onderon. Senza nessun aiuto dalla Repubblica, Ahsoka, Steela e Lux Bonteri organizzano un piano per recuperare il vecchio Re e il fratello di Steela dal Palazzo dove sono prigionieri.
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I Ribelli di Onderon fanno fatica a riconquistare il loro pianeta per via del Generale dei Droidi di Dooku. La Repubblica e il Consiglio dei Jedi rifiutano di dare assistenza ad Ahsoka e ai ribelli. Anakin persuade Hondo Ohnaka, un boss criminale di Florrum, a fornire delle armi ai ribelli per combattere i Separatisti. Nel frattempo il Re viene ucciso dai droidi al comando di Dooku. I Ribelli hanno successo, almeno fino a quando Steela, il loro leader, sta per cadere da uno strapiombo, un incidente che coinvolge Lux Bonteri e Ahsoka deve intervenire per salvare entrambi.
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Ahsoka e Yoda portano un gruppo di bambini in una caverna per un rito di passaggio Jedi dove ognuno di loro dovrà affrontare le loro paure e recuperare un cristallo per poter costruire la loro spada laser.
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I giovani Padawan ritornano a Courscant con i loro cristalli per costruire le loro spade laser, ma sono attaccati da Hondo che vuole rubare i cristalli per venderli al mercato nero. Ahsoka deve difendere i giovali allievi a ogni costo.
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Ahsoka viene catturata da Hondo ma i gioviani allievi Jedi organizzano un piano di salvataggio andando contro gli ordini di Obi-Wan Kenobi. Tuttavia prima che lui possa intervenire per aiutare i ragazzi, viene attaccato dal Generale Grievious.
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Il Generale Grievous attacca Hondo su Florrum costringendo Ahsoka e Hondo ad allearsi per sopravvivere all'attacco.
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R2-D2 fa parte di un team di droidi della Repubblica scelto per un'importante missione guidata dal colonnello Gascon per ottenere un modulo di codifica dai Separatisti. Ma i droidi dovranno affrontare numerosi ostacoli prima di portare a termine la missione.
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Dopo aver subito un danno da una cometa, R2-D2, il Colonnello Gascon e il resto dei droidi atterrano su un pianeta desolato e dovranno attraversare una vasta area deserta per portare a termine la loro missione.
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In una cittadina quasi deserta su un pianeta solitario, gli intrepidi membri della D-Squad scoprono Gregor, un clone che ha perso la memoria e sta lavorando come lavapiatti. La squadriglia e il suo leader aiutano Gregor a recuperare la sua memoria così che possano rubare uno shuttle e ritornare alla base.
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La D-squad scopre una nave abbandonata piena di esplosivi diretta verso una stazione orbitante che ospita una conferenza della Repubblica.
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Maul e Savage continuano a creare il caos nella galassia. I Sith intanto stanno ingaggiando una banda di pirati che farà parte del piano di Maul. Obi-Wan guida i suoi cavalieri in uno scontro micidiale con Maul.
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Darth Maul e Savage Opress formano un'alleanza con un gruppo di terroristi Mandaloriani, i Death Watch più un nutrito numero di altre associazioni criminali, compreso i Black Sun, per distruggere i nemici che hanno in comune.
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L'allenaza con Maul aiuta i Death Watch e il loro leader, Pre Viszla, a conquistare Mandalore e imprigionare la Duchessa Satine. Ma le ambizioni di Viszla si fanno sempre più prepotenti mettendo a dura prova l'alleanza.
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Usando la Duchessa Satine come esca, Darth Maul attira Obi-Wan in una trappola, ma sembra che il cacciatore stia per diventare preda invece.
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Ahsoka e Anakin indagano su un attacco ai danni di un tempio Jedi e sospettano che sia a opera di un cavaliere Jedi solitario.
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Ahsoka viene accusata dell'omicidio di Letta Turmond quando si viene a sapere che lei è l'ultima persona ad averla vista in vita.
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Ahsoka è in fuga e fa un patto con Asajj Ventress mentre è a caccia di informazioni che possano provare la sua innocenza.
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Anakin è convinto dell'innocenza di Ahsoka e va in missione per rintracciare il suo padawan e scoprire la verità.
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