La quarta stagione della serie televisiva Star Wars: le guerre dei Cloni (4), composta da 22 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 16 Settembre 2011 al 23 Marzo 2012. Disponibile in Italia dal 23 Marzo 2012 al quarto trimestre 2012.
Gli abitanti del pianeta Mon Calamari si ritrovano sul ciglio della guerra civile. I cavalieri Jedi capiscono che avranno bisogno di un alleato potente per fermare la guerra e gli invasori Separatisti.
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Mentre il Principe Lee-Char e Ahsoka stanno scappando da Riff Tamson e i Separatisti, il Maestro Yoda deve trovare un modo per mandare assistenza su Mon Calamari. Le forze della Repubblica sono già sparse per tutto l'universo e la Grande Armata di Gungan sembra la scelta più logica.
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Anakin e le forze di Gungan sono imprigionate da Riff Tamson, Ahsoka e il Principe Lee-Char devono unire le forze del popolo di Mon Calamari contro gli invasori Separatisti.
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Anakin, Padme e Jar Jar scoprono un piano di Rish Loo per far sì che i Gungans aiutino i Separatisti nel loro assalto a Naboo. Jar Jar deve convincere l'armata di Gungan che sono stati ingannati. Le cose si complicano quando il Generale Grievious arriva sulla scena.
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La legione di cloni di Plo Kloon, R2-D2 e C-3PO sono mandati a riparare i sistemi di energia e comunicazione del pianeta Aleen in seguito a una serie di devastanti terremoti. I droidi scoprono uno scompenso nell'equilibrio dell'ecosistema sotterraneo del pianeta e la sua superficie.
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Nel viaggio di ritorno da Coruscant, la nave di R2-D2 e C-3PO viene attaccata dal Generale Grivieous. I droidi cercano di tornare alla sicurezza del pianeta Coruscant.
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Anakin è costretto a cedere il comando delle sue truppe di cloni a un nuovo comandante, il cavaliere Jedi Pong Kreil che è incaricato di liberare la capitale di Umbara.
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Il Generale Krell ordina al Capitano Rex e alle sue truppe di conquistare la base aerea di Umbaran. E' una missione suicida e i cloni dovranno contare sulla loro astuzia per uscirne vivi.
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Dopo che le forze della Repubblica conquistano la base di Umbara, il Generale Krell ordina a Rex e ai suoi uomini di prendere la capitale. Un gruppo di cloni ribelli però, ha un piano migliore e decide di ammutinarsi per metterlo in atto.
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Due uomini del Capitano Rex stanno affrontando un processo per aver disobbedito agli ordini. Rex è costretto a confrontarsi con il Generale Krell per via di quello che è successo su Umbara.
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Gli schiavisti di Zygerrian sono i responsabili della sparizione id un'intera colonia di persona sul pianeta Kiros. Anakin e Ahsoka si stanno occupando di una serie di minacce dinamitarde mentre Obi-Wan si scontra con il leader dei nemici.
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Anakin, Obi-Wan, Rex e Ahsoka sono in missione sotto copertura per infiltrarsi nel gruppo degli schiavisti di Zygerria per trovare i coloni mancanti. Obi-Wan viene catturato mentre sta cercando di aiutare un colono a scappare e la Regina di Zygerria organizza un'esecuzione pubblica per lui.
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Anakin cerca di convincere la Regina di Zygerrian che anche lei non è che una schiava e una fantoccia dei Sepraratisti. Obi-Wan e Rex sono catturati e portati al pianeta Kadovo e gettati nei campi degli schiavi.
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Una conferenza di pace tra delegati della Repubblica e Separatisti viene interrotta da Lux Bonteri, figlio di Mina Bonteri, una senatrice dei Separatisti. Lux coinvolge Ahsoka nella sua missione per scoprire chi ha ucciso sua madre.
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Obi-Wan finge la sua morte per andare in missione sotto il nome id Rako Hardeen in una prigione della Repubblica, per poter avere informazioni su un rapimento organizzato ai danni del Cancelliere Palpatine. Nel frattempo Anakin chiede vendetta per la morte del suo mentore.
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Dopo essere scappato di prigione, Obi-Wan, Cade Bane e Moralo Eval sono inseguiti da Anakin e Ahkosa. Obi-Wan deve trovare un modo per comunicare con i suoi amici e avvisarli che se fermano la loro fuga rovineranno la sua copertura.
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Il Conte Dooku invita alcuni dei migliori cacciatori di taglie della galassia, incluso Obi-Wan sotto copertura, a competere in una gara a ostacoli nota come La Scatola. Il premio per il vincitore è la partecipazione al rapimento del Cancelliere Palpatine. Obi-Wan, Cad Bane e altri due sopravvivono e Bane riceve l'incarico di guidare l'operazione di rapimento su Naboo.
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Il Cancelliere Palpatine si reca a Naboo scortato dai Cavalieri Jedi. Nel frattempo Cad Bane, Obi-Wan e un gruppo di cacciatori di taglie organizzano il piano per il rapimento del Cancelliere che fallisce quando Obi-Wan riesce ad allertare i Jedi. Purtroppo il Conte Dooku viene a sapere delle azioni di Obi-Wan e cerca di rapire il Cancelliere da solo.
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Dopo aver fallito nell'uccisione di Dooku, Asajj Ventress viene consigliata da Madre Talzin ad abbandonare la via dei Sith e ricongiungersi ai Nightsisters. Tuttavia il Conte è determinato a vedere la fine di Ventress e comanda a Grievious di lanciare un attacco con i suoi droidi soldati. Madre Talzin crea una bambola voodoo per uccidere Dooku mentre Ventress e Grievious si affrontano in battaglia.
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Ventress si unisce a un team di cacciatori di taglie sotto la leadership di un giovane Boba Fett. Il gruppo si reca su un pianeta alieno dove i loro limiti vengono testati. Alla fine di queste avventure Ventress trova un senso di chiusura e una speranza per il suo futuro.
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Il fratello di Darth Maul, attualmente in stato di sospensione criogenica, riceve un amuleto magico da Madre Talzin per trovare Maul, perduto da tempo. Attraverso la galassia, Sith e Jedi sentono che qualcosa di sinistro sta per accadere.
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Savage e Maul stanno organizzando la loro vendetta costringendo Obi-Wan a fare squadra con Asajj.
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