La seconda stagione della serie televisiva Star Wars: le guerre dei Cloni (2), composta da 22 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 2 Ottobre 2009 al 20 Marzo 2010. Disponibile in Italia dal 16 Aprile 2010 al 25 Giugno 2010.
Per riuscire a penetrare nel Tempio Jedi e rubare l'Holocron, Cad Bane ingaggia un cacciatore di taglie, ma una volta all'interno dell'edificio, Bane deve affrontare Ahsoka e il resto dei Cavalieri.
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Anakin e Ahsoka riescono a intrappolare Cad Bane sul pianeta di Devaron, ma Bane, con un inganno, spinge Anakin ad aprire l'Holocron.
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Cad Banes, grazie all'Holocron, riesce a rintracciare quattro bambini che sono molto sensibili alla Forza su quattro pianeti diversi. Anakin e Ahsoka, insieme al resto del Consiglio Jedi cercano di rintracciare Banes prima che faccia del male ai bambini.
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Il Consiglio degli Jedi chiede a Padmé di raccogliere informazioni sulla cospirazione dei Separatisti all'interno del senato.
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Anakin, Ahsoka e Ki-Adi-Mundi sono in missione per distruggere una fabbrica di droidi che Poggle ha ricostruito su Geonosis. Purtroppo le cose si mettono male quando i Separatisti attaccano le astronavi della Repubblica. Nonostante le gravi perdite, Anakin e Ki-Adi-Mundi devono completare la missione prima che la fabbrica cominci la produzione di droidi.
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Ahsoka si unisce al Padawan di Luminara, Bariis Offee per completare la missione di distruzione della fabbrica di droidi, mentre Anakin e Luminara mettono in atto un piano per distrarre i nemici.
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Mentre è sulle tracce di Poggle. Luminara viene catturata e portata nelle catacombe di Geonosis. Anakin, Obi-Wan e una squadra di cloni organizzano un piano per salvarla, ma scoprono un orribile segreto.
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Ahsoka Tano e Barriss Offee si recano a una stazione medica su Cestus e scoprono che le loro truppe di cloni sono state contagiate dallo stesso organismo che Obi-Wan e Anakin hanno trovato su Geonosis.
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Il Generale Grievous cattura Eeth Koth, un membro del Consiglo Jedi. Anakin, Obi-Wan e Adi Gallia decidono di fermare il regno del terrore di Grievous una volta per tutte.
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Obi-Wan Kenobi guida delle truppe di cloni in cerca del Generale Grievous. Intanto, Rex incontra un clone disertore di nome Cut Lawquane e comincia a interrogarsi sui motivi che lo spingono a combattere.
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In seguito al furto della spada laser di Ahsoka, quest'ultima si rivolge a un saggio Maestro Jedi per aiutarla a ritrovarla.
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Obi-Wan indaga su una possibile cospirazione in Mandalore e durante le sue indagini scopre delle informazioni su un piano segreto.
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Anakin scopre un segreto che riguarda il passato della Duchessa Satine e Obi-Wan, proprio mentre i Jedi si stanno occupando della protezione della Ducehssa.
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La Duchessa Satine viene falsamente accusata di aver creato un gruppo di terroristi. Per provare la sua innocenza, lei e Obi-Wan cercano di scoprire le vere origini della minaccia.
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Padmé è impegnata nelle indagini per scoprire la verità dietro la morte di un suo collega al Senato.
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Il Senatore Bail Organa è intrappolato sul pianeta Separatista Christophis. Durante la missione per soccorrerlo, Anakin e Obi-Wan incontrano il pericoloso Ammiraglio Trench.
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Hondo Onaka è tornato e Anakin, Obi-Wan e Ahsoka devono allearsi con i cacciatori di taglie per per fermarlo prima che faccia ulteriori vittime.
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Un'arma della Repubblica risveglia una Bestia mortale e i Cavalieri Jedi devono trovare il modo di catturarla.
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Dopo essere sfuggito da una prigione della Repubblica, la Bestia deve affrontare un'esecuzione da parte dei Cavalieri per salvare numerose vite innocenti.
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Un ragazzo dalla faccia familiare decide di diventare cacciatore di taglie per pareggiare i conti con i Jedi.
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Mace e Anaking sono rimasti in trappola e R2 deve tornare a Coruscant per informare il consiglio degli Jedi.
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Plo Koon e Ahsoka Tano si alleano per rintracciare un fuggitivo. La pista li porta sul pianeta Florrum.
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