La quinta stagione della serie televisiva Scrubs (5), composta da 24 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 3 Gennaio 2006 al 16 Maggio 2006. Disponibile in Italia dal 12 Ottobre 2006 al 4 Gennaio 2007.
JD è diventato medico di ruolo e come tale deve occuparsi di un gruppo di specializzandi. Nel frattempo Turk deve affrontare i timori della paternità. Elliot viene invece assunta in un nuovo ospedale dove, per timore di non venir accettata, cercherà di spacciarsi per la persona che non è.
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JD scopre che i suoi specializzandi ridono di lui mentre Jordan deve vedersela con una vecchia conoscenza del Sacro Cuore. Dal canto suo Elliot, per paura di compromettere la propria immagine, non vuole che Carla venga a trovarla sul lavoro.
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Giunto alla soglia dei trent'anni, JD decide di stilare una lista di cose che avrebbe voluto fare prima della fatidica data. Turk nel mentre ambisce ad una promozione, pur di ottenerla sarà disposto ad affrontare un intervento rischioso e decisamente fuori dal comune.
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JD deve preparare un discorso introduttivo ad una manifestazione dove verrà premiato il dottor Kelso, cerca dunque di trovare gli aspetti positivi del primario per avere qualcosa da dire durante la cerimonia. Carla e Turk aiutano invece Elliot ad essere riammessa al Sacro Cuore.
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Al Sacro Cuore giunge Paige, la sorella di Cox fervente religiosa. Elliot nel frattempo decide di aiutare Turk a rendere più romantico il concepimento del bambino. L'inserviente dal canto suo inganna nuovamente JD fingendo di diventare suo amico.
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JD ha in cura una donna anziana afflitta da una grave malattia ma non riesce a capire le vere ragioni della paziente, quest'ultima chiederà dunque il parere medico di Cox. Carla vuole a tutti i costi scattare una foto che ritragga tutto il personale dell'ospedale.
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È il giorno libero di JD ma per una serie di circostanze il giovane medico non riuscirà a starsene in casa propria. Carla teme di non essere all'altezza come madre mentre Elliot dovrà affrontare una riunione difficile.
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JD, Turk, Elliot e Carla vengono interrogati a proposito della morte di un paziente, per stabilire se qualcuno di loro abbia delle responsabilità nell'accaduto. A quanto pare tutti erano impegnati altrove.
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JD conosce Julie e tra i due nasce del tenero, Elliot lo aiuterà fornendogli consigli su come ci si comporta con le donne. Nel frattempo Carla cerca di scoprire i lati nascosti del dottor Cox. Ted, Turk e l'inserviente invece danno vita ad una band.
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La relazione tra JD e Julie incontra le prime difficoltà, Elliot e Turk cercheranno di aiutare l'amico in difficoltà. Carla si sente vecchia e teme che avere un figlio non possa far altro che peggiorare la situazione.
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JD ha appena rotto con Julie mentre la vita in ospedale si presenta ancora più difficile del solito, tra pazienti in pericolo di vita e colleghi particolarmente irritanti. Carla frattanto muove mari e monti affinché la palestra dell'ospedale diventi agibile anche alle donne.
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JD non sopporta Keith e tenta in ogni modo di farlo licenziare. Sarà invece costretto a mandare via il suo specializzando preferito, poiché evidentemente poco tagliato per il mestiere. Nel frattempo un uccello si aggira nell'ospedale con la complicità dell'inserviente.
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Le condizioni di una paziente non accennano a migliorare costringendo JD e Cox ad attraversare "i cinque stadi del dolore". Turk, per volere di Carla, è costretto ad uscire con altre coppie mentre Elliot e Keith si scoprono realmente innamorati.
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La relazione tra Elliot e Keith suscita qualche perplessità all'interno del Sacro Cuore. L'ego di Cox diviene incontenibile dopo aver scoperto che una rivista lo definisce "il miglior medico della città". Intano proseguono i tentativi di Carla per rimanere incinta.
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JD predica un maggior coinvolgimento dei medici verso i propri pazienti, il dottor Cox non mancherà di metterlo in difficoltà utilizzando le sue stesse armi. Turk e Carla fanno di tutto per rimediare allo stress che li opprime da quando hanno deciso di avere un figlio.
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Turk scopre che Carla è rimasta finalmente incinta. Lei non lo sa ancora, così il giovane chirurgo decide, in accordo con JD, di dare la lieta notizia all'intero ospedale per farle una sorpresa. Le cose non andranno esattamente come previsto. Elliot e Cox sono invece ai ferri corti dopo una serie di reciproci dispetti.
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JD vorrebbe passare più tempo insieme all'amico del cuore Turk, ma questi sembra pensarla diversamente. Kelso è in depressione per la morte del suo cane ma non vuole farsi vedere vulnerabile, Carla sarà incaricata di coprirlo.
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A sorpresa giunge Dan, il fratello di JD, ancora convinto che Elliot sia invaghita di lui. Carla e Turk stanno cercando un nome da dare al bambino mentre Cox è costretto ad assistere Ted nelle cause in corso.
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Il vero protagonista della puntata questa volta è l'inserviente. Elliot cerca di incastrare uno specializzando colpevole di grave negligenza, mentre Turk e Cox portano avanti una serie di battibecchi.
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Al Sacro Cuore ci sono tre pazienti in gravi condizioni che necessitano urgentemente di un trapianto. La situazione è a dir poco critica e le conseguenze saranno tragiche. Alla fine Cox viene colto da una violenta crisi depressiva.
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Cox affoga i dispiaceri nell'alcool mentre i suoi amici fanno a turno per stargli accanto. JD infine sarà l'unico capace di risollevarlo veramente.
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JD nota come all'interno del Sacro Cuore ci siano eventi e situazioni che si ripetono di continuo. Cox nel frattempo è tornato al lavoro. Carla s'innervosisce poiché le sembra che il bambino in arrivo stia influenzando più lei che Turk.
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JD è fortemente attratto da un'affascinante urologa che ha curato un suo paziente. Carla tenta invece di fare da mediatrice nella relazione tra Keith e Elliot, mentre l'inserviente e Kelso ingaggiano l'ennesimo duello.
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JD ha in progetto un appuntamento con la bella urologa di cui si è invaghito ma Elliot ci mette lo zampino. Jordan si scopre nuovamente incinta, torna dunque dai Turk ai quali, convinta di non averne più bisogno, aveva regalato le vecchie cose di Jack.
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