La terza stagione della serie televisiva Scrubs (3), composta da 22 episodi, è stata trasmessa per la prima volta dal 2 Ottobre 2003 al 4 Maggio 2004. Disponibile in Italia dal 2 Ottobre 2004 al 1 Gennaio 2005.
Trama di Scrubs 3. Per JD, Turk e Elliot è il terzo anno al Sacro Cuore e il secondo da medici. Elliot, che ha adottato un look più aggressivo, si mette insieme a Sean, con il quale costruirà poi una relazione a distanza. JD ha una breve liason con Danni, però per tutta la serie rimane convinto di essersi innamorato di Elliot, e così alla fine provocherà la rottura della "sua ragazza americana" con Sean. Dopo un bel po' di malintesi, Turk e Carla si sposeranno nell'ultimo episodio.
Kelso per una volta veste i panni della vittima, da quando Cox, con un pugno, gli ha provocato una distorsione del setto nasale, comportandogli un grottesco "fischiettare" alla respirazione. Benché giunto al suo terzo anno, JD ha ancora bisogno dell'aiuto di Cox per una diagnosi. Finché Elliot che, a seguito di una serie di gaffe, ha deciso di imporsi un look aggressivo, non risolve il caso salvando JD.
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Quando Turk e Carla annunciano la data del loro matrimonio, JD si deprime perché sa che non potrà più mantenere la sua speciale relazione d'amicizia con Turk. In più la presenza di un gay dichiarato tra i pazienti, mette per un momento in crisi l'identità sessuale di Turk e la vera natura del suo rapporto con JD. Elliot si mette insieme a Sean, ma deve fargli capire che il suo lavoro di medico è più importante della loro relazione.
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In difficoltà con i suoi specializzandi, JD chiede aiuto a Elliot cercando di distoglierla da Sean. Al contrario, Elliot lo consegna nelle mani del suo ragazzo che, in qualità di ammaestratore di delfini, può essergli di valido aiuto come trainer. Cox trova il pediatra per suo figlio, il dottor Norris, un feticista di pupazzi, pari a Cox per arroganza. Grazie a uno specializzando, Elliot reagisce alle critiche di Kelso.
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Sean starà via per sei mesi e, poi, venuto a conoscenza della storia che hanno avuto JD e Elliot, annuncia a Elliot stessa che vorrebbe troncare con lei. Cox, che compete per il ruolo di Direttore Sanitario, deve smorzare la sua arroganza. Carla è felice di fare da assistente in sala operatoria, così sarà vicino a Turk; questi però è infastidito dall'idea. Elliot raggiunge Sean in partenza e lo convince a proseguire la loro relazione. Giusto in quel momento arriva JD che, dunque, rinuncia all'idea di confessare il suo amore a Elliot.
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JD chiama suo fratello Dan per avere un consiglio su come riconquistare Elliot, ma, per contro, se lo ritrova a casa intenzionato a invadere ogni sfera della sua vita. All'ospedale, però, Dan resta sconvolto dal cinismo che JD, sulla scorta dell'insegnamento del dottor Cox, dimostra di avere nei confronti dei pazienti. Elliot trova un secondo lavoro per permettersi di andare a trovare Sean, che è in Nuova Zelanda, ma viene subito scoperta da Kelso.
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JD conosce Danni, che da lì in poi incontra ripetutamente nel corso della giornata. Sempre JD si rifiuta di seguire le direttive di Cox, nuovo Direttore Sanitario, ma poi dovrà ricredersi. Il fratello di Carla è in visita; Turk se la dovrà vedere con una persona che lo odia profondamente, colpevole di averlo scambiato per un parcheggiatore al funerale della madre. JD si rende conto che forse quella Danni non era così male: la rivede, ma poi capisce che Danni è la sorella di Jordan.
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JD e Danni fanno sesso. Ma, essendo Danni la sorella di Jordan, ciò significa che Cox e JD passeranno del tempo insieme anche fuori dal lavoro: Cox ne è infastidito. Danny poi si arrabbia con JD perché non lui l'ascolta. Sentendo ciò, JD capisce che la soglia di attenzione di un medico, 15 secondi, non gli ha permesso di intuire che una sua paziente aveva tentato il suicidio. Kelso, ferito ai timpani da uno stetoscopio, perde l'udito per qualche giorno. Elliot e Carla litigano perché Elliot ha seguito, sbagliando, un consiglio di Carla su come curare una paziente. Le due poi si riappacificano.
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I rapporti tra JD e Elliot peggiorano dopo che lui ha salvato un paziente al posto della ragazza. Turk cerca di eludere il desiderio di avere un figlio da parte di Carla, mentre Cox deve fare i conti con l'età che avanza (si è fatto male alla schiena esibendosi in una schiacciata spettacolare a basket). JD scopre che l'inserviente ha recitato ne Il fuggitivo e alla fine si riappacifica con Elliot, permettendole di intervenire su un paziente in crisi respiratoria.
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Elliot non riesce a nominare le parti intime dell'uomo; poi supera la sua idiosincrasia con Sean. Carla propone a Turk di astenersi dal sesso fino alla loro prima notte di nozze; poi cambia idea. Turk e JD ricevono una grande lezione sull'amore da parte di un paziente. JD fa da baby-sitter al figlio di Cox, permettendogli una notte d'intimità con Jordan. JD guarda alla TV un porno, mentre intrattiene il neonato con un giocattolo.
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Terrorizzata per aver assisito a un rapporto sessuale tra Cox e Jordan, Danni chiede a JD se può trasferirsi da lui. Questi inizialmente accetta, poi però vorrebbe rifiutare. Turk e Cox si scontrano a proposito di un paziente amico di Cox. Elliot e Carla cercano un gigolò per un malato terminale, una donna che è ancora vergine. Finiscono in carcere, ma la donna riesce lo stesso a trovare un uomo con cui condividere un fugace rapporto: Ted, l'avvocato dell'ospedale.
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Danni confessa a JD il desiderio di vivere con lui. Queste parole gettano nel panico JD che vorrebbe lasciarla, ma ne è incapace. Danni, però, capisce che per JD è più importante Elliot e si fa da parte. JD è entusiasta, perché per la prima volta ha lasciato una ragazza. Cox si rende conto che, solo incutendo terrore, può farsi rispettare dagli altri. Dopo un'indecisione, Elliot decide che manterrà il suo look, anche se ciò significherà essere considerata, per molti, prima di tutto una bella ragazza e poi un dottore.
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In ospedale arriva Casey, un medico pieno di tic, che però dimostra delle grandi capacità. Cox, che un tempo è stato assistente insieme a lui, va in crisi, perché trova un medico che gli è superiore. Anche Turk è invidioso di Casey, poiché questi è più rapido di lui in chirurgia. JD vede in Casey il mentore che Cox non è mai stato, ma è anche infastidito dalla sua perfezione, finché non trova Casey in bagno a lavarsi ossessivamente le mani. È la dimostrazione di una debolezza sconcertante, che confina con l'autolesionismo.
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JD e Casey scoprono un wc che l'inserviente ha messo sopra il tetto e che, presto, diverrà indispensabile per tutti: chiunque, infatti, seduto su quella tazza, riesce ad avere una rivelazione. Turk chiede a JD di fargli da testimone alle nozze. Elliot ha un blocco: non riesce più a intubare i pazienti. Sedendosi sul famoso wc e con l'intervento "fantasmatico" di Casey, che nel frattempo ha lasciato l'ospedale, riuscirà a risolvere il problema.
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Ci si prepara per la festa del primo compleanno del figlio di Cox. Ci sono anche i due fratelli di Jordan: Danni (la cui presenza imbarazza JD) e Ben, molto legato a Cox. Un paziente muore, mentre Cox è assente. Questi ne è sconvolto e accusa JD di incapacità. Elliot si prepara al ritorno di Sean facendosi togliere un gigantesco callo, mentre Carla e Turk si riappacificano dopo aver discusso a proposito del neo che Turk ha sopra il labbro. Alla fine Cox, quasi come ne Il sesto senso, capisce che è Ben a essere morto e che si deve celebrare il suo funerale.
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Cox ancora non ha superato il lutto della morte di Ben e non sopporta che Jordan abbia invitato in casa due sue amiche. Carla tiene un corso sulle molestie sessuali, mentre Turk si trova ad avere a che fare con un nuovo medico, la dottoressa Miller che lo accusa di maschilismo. Alla fine Cox e Jordan si riavvicinano.
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L'episodio è diviso in due, basato sul butterfly effect e cioè sulle diverse conseguenze che un battito d'ali può apportare al destino: nella prima ipotesi Turk perde la sua bandana fortunata, JD prende per un giorno il posto di Cox e Elliot non riesce a trovare il peluche di una bambina che deve operarsi; nella seconda versione Turk ha la bandana, Cox resta il superiore di JD e Elliot trova il peluche. Ma in entrambe le storie un paziente muore comunque.
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Carla esce con un vecchio spasimante. JD, che sa tutto, fatica a stare zitto con Turk. Entrambi sono vittime di un patetico scherzo dell'inserviente che finge di avere un gemello. Elliot si scontra con Cox a proposito di un paziente: al contrario di Cox, lei non crede che l'uomo che ha in cura finga di stare male perché drogato. Avrà ragione Cox, ma solo perché anche lui tempo prima era rimasto vittima dell'inganno. Carla capisce che Turk è l'unico che fa per lei.
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L'episodio invece che da JD è narrato da Turk, perché JD è senza lavoro per un paio di giorni. Turk fa un errore con un paziente ma non vuole ammetterlo. Sarà Carla a fargli confessare la sua défaillance. Cox e Kelso si litigano i favori della sexy e sagace dottoressa Miller. JD copre Elliot, che ha un impegno, sostituendola come clown in pediatria. Elliot gli è grata e, quasi inconsapevolmente, i due finiscono per fare sesso. Un attimo dopo, torna Sean dalla Nuova Zelanda.
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JD è depresso e incattivito perché, ora che Sean è tornato, Elliot ha occhi solamente per lui. Resiste però dal confessare a Sean quel che è successo tra lui e Elliot. Quindi si rimette controvoglia insieme a Danni. Cox si accorge di avere una cotta per la dottoressa Miller, ma la supera grazie all'intervento di Jordan.
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Cox è in guerra con Kelso, perché questi vuole lucrare sulle TAC. Carla è sempre più stressata per l'avvicinarsi del matrimonio e ha qualche screzio con Turk. Sean e Elliot stanno per andare a vivere insieme, quando JD, che si è nuovamente lasciato con Danni, confessa il suo amore a Elliot, mettendola in crisi. Elliot lascia Sean e corre da JD, ma questi, proprio nel momento in cui è riuscito ad avere la ragazza che sognava, si accorge che non la vuole più.
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Nonostante JD sia già consapevole di non amare Elliot, decide di non dirle nulla. Cox non riesce più a litigare con Jordan, trovando perciò monotona la vita familiare. Paragonando Jordan alla madre, scatenerà la reazione della donna e ritroverà il giusto equilibrio. Alla cena di vigilia delle nozze, Turk prima fa un discorso copiato da Henry ti presento Sally (suggeritogli dal fratello di Carla, per odio), poi però rimedia. JD, vedendo quanto Turk e Carla siano felici, dice a Elliot che non la ama. Elliot lo scaraventa oltre il tavolo.
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Per avere una luna di miele più lunga, Turk resta a lavoro, ma arriva tardi alla cerimonia del suo matrimonio. JD va a cercare Sean per provare a farlo rimettere insieme a Elliot. Ma la cosa non funziona e ormai i rapporti tra Elliot e JD sembrano definitivamente rotti. Turk e Carla si riappacificano e decidono comunque di fare il viaggio di nozze. Prima di partire i due passano in ospedale per un controllo a un paziente e scoprono che questi è un prete. Turk e Carla si sposano.
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